指揮中心公布9/3至9/9日共14例境外移入的基因定序，只有1例是染Alpha，其餘13例都是Delta。當中，有一例為國內首例出現的混打，還被「突破性感染」的案例。
日期：2021-09-10
台大醫院昨（7）日爆出一名麻醉護理師，因與幼兒園群聚個案住同一社區被感染，讓台大醫院逾千人緊急擴大篩檢，而中央流行疫情指揮中心專家小組召集人張上淳證實，該名護理師已於7月8日接種完第二劑，這次確診屬「突破性感染」，也成為國內首例施打莫德納疫苗後突破性感染！由於近期染疫機師與幼兒園群聚事件，基因定序皆為Delta病毒株，指揮官陳時中呼籲，民眾如果有「發燒、呼吸道症狀及嗅味覺異常、腹瀉」等症狀，請不要上班上課，也請各企業單位能夠配合。
日期：2021-09-08
新北市幼兒園群聚案擴大，新北市長侯友宜昨宣布升強化二級警戒，不料今早中和某國小又爆出確診，侯友宜上午緊急召開內部疫情，指出經過擴大匡列採檢後，可以確定除10人染疫之外，今天再增加2名幼兒及3名家長共5人確診。侯友宜說，這次幼兒園染疫事件，視同Delta病毒來襲，在幼兒園老師確診後，這部分不容等閒視之；一圈二圈方面及第三圈調查，就是希望在第一個時間，就能做好充分迎戰的準備，所以昨天下令強化二級警戒。同時呼籲如果真的有Delta出現，建議中央「該升三級就升三級」。
日期：2021-09-07
近日爆出長榮機師群聚案鬧得沸沸揚揚，截至目前，已累計3名機師「突破性感染」，且病毒定序驗出來全是傳染力強大的「印度Delta變種病毒」；然而，其中一名機師更是傳染給自己正在就讀桃園北科附工的兒子，使得該學校目前全面停課中。指揮中心於4日緊急針對全校師生含隔離生及家人共2800人進行採檢，採檢出的結果全為「陰性」，目前北科附工全校停課至16日；至於為什麼需要全校停課？有醫師點出關鍵原因—無症狀期。
日期：2021-09-06
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中今（6）日公布，本土新增9例確診個案，且全都在新北市，值得注意的是，當中8例都是幼兒園的幼童，1例則是幼兒的母親，引發外界關注。另外，指揮中心公布長榮突破性感染機師基因定序結果，染疫機師的兒子（案16122）也確定感染Delta病毒。
日期：2021-09-06
中央流行疫情指揮中心今（5）日公布國內新增6例COVID-19確定病例，分別為2例本土及4例境外移入；另確診個案中無新增死亡。
日期：2021-09-05
繼長榮航空出現首例機師（案16066）「突破性感染」印度Delta變種病毒後，本月3日又爆出2名機師完整接種2劑疫苗後仍染疫，其中1名機師甚至傳染給正在唸高職的兒子，害得該校緊急全面停課，消息引發轟動。針對國內機師又染疫的事件再度發生，有醫師表示「很遺憾」，但卻直言這次「比較沒有這麼擔心」！
日期：2021-09-05
長榮航空日前3機師確診，當中一名機師的兒子也被傳染，Ct值11（病毒含量高），才開學才2天就緊急停課14天，2800多人檢疫，其中142人必須入住防疫所，其餘居家管理14天。對此，毒理學專家招名威表示，機師破口再度出現，是有必要仔細檢討這個政策的問題了！
日期：2021-09-04
先前長榮完整接種2劑疫苗的機師（案16066）仍遭感染新冠病毒，屬於突破性感染；指揮中心公布其病毒定序結果，確定該機師中鏢的是印度Delta變種病毒，相關接觸者已全數PCR採檢完畢，結果皆為陰性。今（3）日驚傳，長榮又有兩名接種完兩劑疫苗的國籍機師，從澳洲返台後確診。
日期：2021-09-03
中央流行疫情指揮中心今（9/1）記者會首度公布「V-watch」監測結果，發言人莊人祥表示，只要新的疫苗加入國內公費接種後，都會針對前3萬人鼓勵加入「V-watch」系統，以利主動監測疫苗所產生的相關副作用。
日期：2021-09-01
