本土疫情爆發，由於人數增多、疫調混亂，醫護、勞工在難以確認感染源的狀況下，可能無法透過疫調資料舉證自身是因工作而染疫，進而無法獲得職災給付、補助等補償。
日期：2021-06-30
台南市於前日（6/27）出現一起家族群聚感染事件，打破了連續11日的「零確診」紀錄。據悉，這起家族群聚源自於台南市安南區，從上到下祖孫三代一共8人確診，外界擔憂感染源是否為印度Delta變異毒株；今（29）日基因定序出爐。
日期：2021-06-29
新竹縣政府近期結合產官學研成立「科技防疫網小組」，運用AI、AIOT、大數據、5G與科技分析築起「科技防疫網」，未來可用於快篩檢測、疫調、居家隔離人員監測追蹤、負壓隔離能量建置及重症患者收治、確診者安置等。這套計畫不僅能阻斷病毒傳播鏈，也能降低第一線人員壓力，該計畫的幕後推手、前交通部長林佳龍今（29）日接受《今周刊》專訪時指出，防疫三級警戒影響經濟活動的代價太高，不管警戒延長多久，「都是用時間來買與病毒作戰的空間」。他認為，台灣應積極建構「與疫共存的安全網」，利用科技有效的追蹤病毒。
日期：2021-06-29
中央流行疫情指揮中心今(29)日公布國內新增54例COVID-19確定病例，均為本土個案；另確診個案中新增8例死亡。另外，針對屏東Delta病毒群聚案件，指揮官陳時中指出，枋寮果農（案14734）的基因定序提前出爐，確定感染了Delta變異病毒株！而該名患者的妻子（案14816）也染疫，不過目前基因定序結果尚未出爐。
日期：2021-06-29
本土疫情蔓延，三級警戒至今已逾一個半月，夜市、攤商全休業，不少民眾懷念夜市的美食小吃，北市部分夜市明起將陸續恢復營業。北市長柯文哲今表示，扣除南萬華地區的非疫情熱區，授權個地方自治會自行決定。
日期：2021-06-28
前立委、醫師林靜儀近期臉書頻頻「監督」台北市長柯文哲，她認為台北市政府沒有落實做好防疫工作；北農近日爆發群聚，柯文哲下令北農的工作人員都接種疫苗，林靜儀更大酸柯文哲，「當疫苗是事後避孕藥，事先沒戴罩，打了就有效？」林靜儀27日又在臉書發文，查看過衛福部疾管署的台北市疫調資料，至今為止都還未上傳，是空的！
日期：2021-06-28
屏東祖孫自秘魯回國感染Delta病毒，目前共造成12人的群聚感染，其中有8位的基因定序已經出來，確認感染的是Delta病毒！台北市長柯文哲在臉書上爆料，衛生局在今（27）日上午10點，接到疾管署臺北區管中心通知，一位感染Delta病毒的枋寮鄉居民，與兩位台北市民有過近距離的接觸；目前已先立刻安排至陽明醫院進行採檢，並且到檢疫所進行隔離，也已進行PCR採檢。
日期：2021-06-27
屏東祖孫自秘魯回國感染Delta病毒，截至昨（26）日共造成12人的群聚感染，當中指揮中心公布包含秘魯祖孫總計6人確認「感染的是Delta病毒」，另外4起，分別是白牌車司機，及司機乘客與其同住者祖孫。今（27）日疫情記者會上公布部分基因定序個案結果，再新增2人驗出Delta病毒株，目前確認共8位；雖然結果還未全數完成，但指揮官陳時中口頭表示，「群聚12人中，有驗出來的都屬於Delta病毒株。」可見傳染力相當的驚人！
日期：2021-06-27
中央公布，今天台北市有30例本土案例，全島死亡人數是13例。在下午的台北市防疫記者會中，市長柯文哲表明今天主軸的兩個議題：台北市在疫情中的戰略思考以及北農案子。
日期：2021-06-26
中央流行疫情指揮中心今(26)日公布國內新增78例為本土個案，死亡案例則有13例。由於屏東自秘魯返台祖孫確診感染印度Delta病毒，加上後續接觸者有12人群聚事件，今日病毒基因定序結果出爐，其中6例經基因定序後，均為Delta印度變異株。
日期：2021-06-26
