中央流行疫情指揮中心週四（12/9）證實，一名在中研院P3實驗室工作的20多歲女性人員確診感染Delta病毒，初步懷疑該名員工可能是被P3實驗室的老鼠咬到才致感染。對此事件，美國毒理專家、中原大學生物科技學系副教授招名威表示，該研究員是莫德納完整接種者，被Alpha老鼠咬到卻得了Delta？理論上新冠病毒應該是飛沫傳播才是，又不是像HIV走血液...。另外，實驗室SOP應該也是出了問題，如果是被特殊老鼠咬到，為什麼第一時間沒有進行通報機制？ 招名威說，P3實驗室嚴謹規格之高，在這種情況下卻還能確診，過程非常不尋常， 到底Delta從何而來，還是得要再確認清楚。
日期：2021-12-09
台灣本土已經連續34天零確診，但今天卻傳出，北市南港的中研院P3實驗室，一名研究員在試驗中不慎染疫確診，目前指揮中心與北市衛生局也都高度戒備中。
日期：2021-12-09
中央流行疫情指揮中心今（29）日表示，昨（28日）經我國「衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)」專家會議討論，為提升社區群體免疫力，確保國內防疫安全，國人應按時程接種第二劑COVID-19疫苗，並建議已接種第1劑BioNTech COVID-19疫苗且無發生嚴重不良反應之12-17歲青少年族群，接種第2劑BNT疫苗，並建議兩劑間隔12週以上。後續將由指揮中心與地方政府衛生局規劃安排於校園接種。
日期：2021-11-29
COVID-19新變種病毒Omicron來襲！世界衛生組織（WHO）快速於14天內將其列為高關注變異株，Omicron是否會取代Delta為主流病毒？具有更毒、更強的傳染力、及疫苗對其是否還有效力、該如何因應？對此，台大感染科前醫師林氏壁發表一篇有關Omicron的懶人包，讓大眾對Omicron有更深的了解，已做好準備因應後續可能的疫情到來。
日期：2021-11-29
中央流行疫情指揮中心宣布第14輪加開混打，今（19）日開放預約，28萬人符合首波資格，上午10點開放1小時，已有16萬人湧入預約；值得注意的是，首波預約混打僅開放6小時，將於今（19）日下午4點結算。此外，接種時間原本僅11/20、11/21兩天，指揮中心也宣布延長到24日。
日期：2021-11-19
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中，今（10）日在立院透露，已經向美國藥廠默沙東（Merck）完成簽約，購買全球首款新冠肺炎口服藥「莫納皮拉韋」；指揮中心發言人莊人祥下午記者會表示，預計購買1萬人份，不過一切得等該藥品通過緊急授權（EUA），再與專家諮詢小組進一步討論相關指引。
日期：2021-11-10
6日運抵台灣的59.4萬劑AZ疫苗，因為效期只到11月30日，遭到外界痛批花錢買「即期品」，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥說明，國際疫苗供貨不足，交貨時程難以確定，被台北市長柯文哲砲轟「白癡理由，智商不到70是不是？」對此，指揮官陳時中今（8）日再次解釋為何會決定購買這批疫苗，也隔空回應柯文哲「人不是只有智商而已...我們講的是全人，這樣汙名化別人不好」，並表示會縮短民眾接種第2劑疫苗的時間。
日期：2021-11-08
六月二十九日，高雄鳳山某一社區大樓，有五名住戶感染新冠肺炎，當時屏東傳出Delta病毒案例，經過高雄市政府疫調，研判搭乘同一部電梯傳染，高雄市長陳其邁召開專家會議討論後，當天下午決定啟動「大樓住戶清零計畫」，並在二十四小時內完成。陳其邁在記者會上形容：「這是很痛苦的決定。」高雄市府的精準疫調，有效揪出外縣市傳播感染源，讓高雄市獲選為「最佳防疫表現」獎項。
日期：2021-10-27
第12輪疫苗接種22日開打，不過中央流行疫情指揮中心日前宣布，第13輪起將開放AZ混打BNT方案，引發外界憂慮恐會讓即將接種的民眾掀起棄打潮；對此，指揮官陳時中今（23）日記者會中表示，AZ疫苗並沒有打氣低迷的現象，根據昨日數據顯示，接種率有89.3%。另外，台北市長痛批指揮中心混打方案根本是「整死大家」，陳時中也回應「請不要有這種錯誤的感覺」。
日期：2021-10-23
中央流行疫情指揮中心今（22）日公布國內新增8例COVID-19確定病例，分別為2例本土個案及6例境外移入；另確診個案中無新增死亡。
日期：2021-10-22
