每年有三十萬名國中畢業生參加基本學力測驗，苦讀三年，只為能申請到好高中；其中更有十八萬人，因為第一次成績不理想，而得在炎熱七月再考一次。然而政策在實施了七年後，卻被發現分數計算不公，受影響學生累計超過二百多萬人。
林妙香指出十五項缺失，直言國中基測量尺分數根本計算不公，「所謂的量尺是一把量不準的尺。」分數經過人工微調等於是劫貧濟富，不考二次基測的學生肯定吃虧。
每年三十萬名國中畢業生投入基測戰場，近二十萬名考生應考兩次基測，七年來超過二百萬名考生，原來一直都在這場騙局中奮鬥。
林妙香獨力研究發現，「量尺分數不公」、「二次基測分數一定比第一次進步」的結果，讓教育部長久以來建立的威信因此破功；更有許許多多中等程度二百分左右的考生，就因為相信教育部的說法，不考二次基測而從公立掉到私立學校。
國中基測從升學門檻變為升學分發的惟一依據，早已違背設計當初的原意。教育部一直心知肚明「遲早會被拆穿」，但礙於長久建立起的公信力不容被打破，於是一邊和負責基測研發和試務承辦的台師大心測中心，召開記者會反批林妙香的統計方法「是錯的」，一邊則在盤算如何轉移焦點來掩蓋基測不公的事實。
美國康乃爾大學教育統計學博士、中研院統計所研究員林妙香說，自己是看到二○○一年基測開辦後，家長為了扣分問題傷透腦筋又求助無門的情形，才決定進行量尺分數的研究。
「投入基測量尺計分研究，完全出自善意，從沒想過、也不擔心會得罪人。」中研院研究員林妙香表示。
考二次基測最多可高出八分
至今單身的林妙香並非為了自己的孩子要考基測才進行研究。她說，當初是為了多了解基測公平性，才開始研究基測量尺分數。她不斷跟負責基測研發及各項事務的心測中心索取資料，心測中心多以機密的理由回絕，最後僅拿到九十到九十三年度的基測統計資料。
林妙香根據國中基測九十年到九十三年三萬筆考生資料分析，提出的「國中基測量尺及等化程序缺失」報告，發現基測計分並不公平。各科計分每年每科不同，經過「人工微調」搞到科科最高六十分，導致同樣錯一題的考生卻扣分不同；而二次基測平均可進步一到八分，「不考絕對吃虧！」
中研院公布此研究當日，邀請心測中心列席。林妙香透露，心測中心肯定她的研究，會後坦承量尺分數需要改進；沒想到當天晚報一登出來研究結果，教育部與心測中心聯手召開記者會駁斥她的研究。設計量尺的心測中心前主任林世華承認，確實有以人為的方式「微調」學生的量尺分數，但是出發點有考量到合乎人情與合理性。
心測中心主任宋曜廷則強調，量尺設計並未違背學理，只是反映考生在所有考生中的程度為何；但心測中心私下卻說：「若有必要，不排除將小幅改進。」至於怎麼改進，心測中心說，如果有人可以提供更好的基測計分方式，該中心願意受教。
教育部拒絕公開所有資料
教育部七年來建立的基測威信，難道就像皇后的貞操一般不容懷疑？林妙香徹底對教育部失望，與心測中心展開一次又一次的「隔空交手」。心測中心高傲地說，每年兩次基測考題難易度等化作法跟著名的托福、ＧＲＥ考試一樣，完全符合標準。林妙香批評：心測中心是「東拼西湊」，不要跟托福、ＧＲＥ考試嚴謹計分方式相比。
面對官員的傲慢心態，林妙香壓抑著憤怒的心情，再指出基測十五項缺失，並要求心測中心不能「球員兼裁判」，應公布歷年考生詳細成績資料。她也願意接受挑戰，花時間研究，看是否可為心測中心找出最好的計分方式，「你做你的，我做我的，看最後誰比較正確。」
教育部官員面對此事相當頭大，不願再針對基測公平性說明，除了表示將邀林妙香與心測中心「坐下來談」，更轉而宣布自二○一○年開始，基測成績回歸入學門檻；換言之，基測不再是入學的惟一標準。等於間接承認：以量尺作為入學的惟一標準，顯然是錯誤的。
基測的想法、立意都是對的，但執行顯然出現了偏差。林妙香跑了三萬筆資料，跑出這麼一個全台大震盪的結果。她只是鍥而不捨地找出更精密的量尺，測量出基測量尺根本不公平，而教育部和心測中心從頭到尾仍不敢承諾「公布所有數據資料」！
七年來心測中心自封「絕對公平」的基測統計，原來還需要人工微調，被林妙香看破手腳。正當教育部發覺猛吹的「基測公平大氣球」被戳破後，才猛然想到：可以把基測回歸入學門檻，當成十二年國教的正當化理由，藉此逃避媒體關注的焦點。
教育部這樣的風險管理，並沒有還給考生一把公平的量尺，只是希冀把問題交給下一個十二年國教的大氣球罷了。下一波的教育改革，能否更嚴謹地為難以逃避升學壓力的學生，至少創造出一個公平的競爭環境，而不是營造出更大的騙局？
