中興大學校長彭作奎被檢舉學術抄襲案，經國科會「學術倫理審議委員會」調查後，確定其在十年前獲得國科會優等論文獎的「農產貿易自由化對台灣農業生產與農民所得比例影響」一文， 確實有多處抄襲自美國馬里蘭大學教授 Gardner的著作，讓曾經喧嚷一時的中興大學校長選舉爭議，再度波濤洶湧。
兩件涉及「違反學術倫理」的案子先後成立，彭作奎至今卻一直保持緘默，除了對媒體表示願意尊重國科會裁示外，不願再多表示任何意見，獨留中興大學三長及校長遴選委員會對外喊話，表示校內沒有處理此案件的立場，最後圈選出校長人選的教育部不應將彭是否應續任的裁定責任推給校方，而教育部部長曾志朗則一再澄清，教育部沒有「後見之明」的責任，彭的兩件抄襲具名檢舉案都是在評選結果決定後才發生，當初的處理程序絕對沒有問題，至於彭是否適任，應由學校先出決議再由教育部做出決定。
依照程序來看，教育部圈選出彭為校長的過程自然沒有問題，然而，彭文涉及學術抄襲一事，已超乎一般學者違反學術倫理的問題，還牽涉到國立大學校長的學術領導地位、整體校園學術倫理、甚至台灣學術界的國際聲譽問題，茲事體大。前年九月中旬，教育部已接獲檢舉函、展開調查工作，當時的輿論亦對此事高度關注，教育部原可多等一個月，待調查報告出爐後再做最後定奪，卻一味以「程序原則」為名，率先確定、對外公布人事案，現在才在為彭之去留而傷腦筋，實在有缺「政治智慧」，而第二階段遴選過程全由教育部主導，如今卻以「尊重大學自主」為由，要中興大學內部「先行處理」，立場搖擺，難免引來「選擇性執法」之譏。
依照興大校長遴選辦法中「校長應具高尚品德及學術成就」，以及教育人員任用條例中「教育人員不得有行為不檢、有損師道行為」之規定，彭作奎恐怕從一開始就不符合參與校長遴選的資格。當初為了爭取國科會學術獎不惜「抄襲」，爾後又甘冒被舉發的風險堅持參選校長，這種作法，也令人不禁感嘆，難道權力和名利比名譽重要？如果彭作奎真的願意尊重國科會的決議，不論是校內先行處理還是教育部自行決定，是否也應拿出學者應有的風範，自動請辭，或至少公開向興大師生道歉，而不是繼續保持沉默，辜負興大聲援學生高呼「校長，加油」的美意？
