企業完成併購後，多少會造成內部組織的不安，出現許多難以預見的風險變數，尤其是整合被併購公司的營運、衡量併購後整體效益的挑戰，才正要開始！
併購交割完成之後，兩家公司的整合，才是併購能否成功的關鍵。如何進行兩家公司的整合，經常會在下列五個構面上執行，並且根據併購的形式與策略目標，調整具體的內容。
首先，如何在合併的兩家公司之間分配決策權力，應依據併購策略目標而調整。一般而言，併購方的人員與決策權應該較大。但若併購的目的是擴張海外市場，被併方的規模較大，或是期望留任被併方的優秀人才等原因，則會賦予被併購公司的人員有較大的決策權力。
其次，整合辦公室規模。若併購小公司，業務也相對單純的話，則辦公規模可以較小，甚至由買方公司的相關部門擔任即可。相反地，若被併方的業務較複雜，原有客戶關係的維繫重要，或牽涉到跨國業務等，此時整合辦公室規模可能就須擴大。
第三，整合的範疇，以廣度與深度規畫，例如：銷售、行銷、研發與新產品開發等企業機能的整合。若併購的目的在取得新技術，面臨的決策是要讓被併購的公司獨立運作，還是盡快整合至新公司？或是採取中庸之道，只將人事、會計、財務等支援部門執行整合？實務上，可以依據被併購公司的規模大小、產品或服務的相似度等，決定整合的範圍。
第四，整合的速度。為了避免摧毀被併購公司的關鍵核心能力，或避免減緩該企業的動能，整合團隊可以依據各部門或事業體的屬性，機動調整整合的步調，以確保綜效的取得。例如：一般併購的整合，往往先從支援部門開始，業務部門因契約的關係可以延後，以確保業務的穩定。另外，營業收入的整合會先行，以提升財務的績效；而有關成本部分，如員工合約或工會等勞工法令的因素，會較晚執行。
