兩家公司的整合，是併購能否成功的挑戰。
整合成功的併購案，可以給股東帶來的投資回報，比其他併購案要高6到12％。
併購牽涉到企管、財稅、法律三個專業的知識與協同合作，甚至是跨越國境的行為，故併購的困難度很高，但它仍是企業取得市場、技術或是降低成本的快速方式。因此，併購是企業追求成長不可或缺的選項之一，而為了確保併購達成以及併購完成後的整合成功，以達到策略目標，併購前後的管理皆是併購成功與否的關鍵。
首先，在併購前，買方應有效、完整地進行實地查核（Due Diligence），除了一般比較容易取得的財務資料外，相關的採購和維修合約、訴訟等法律文件亦應審慎檢視，以了解或有負債和可能的法律風險，並作為出價的參考。同時，查核團隊也應該對於被併公司的員工和企業文化有所觀察，以提供未來整合策略的參考。
其次，併購交割完成後，兩家公司的整合，是併購能否成功的挑戰。根據研究，整合成功的併購案可以給股東帶來的投資回報，比其他的併購案要高六至十二％。雖然，整合流程有制式的劇本可供參考，但是不同的併購策略目標，可能也需要量身訂製整合程序。例如，當併購雙方的企業文化差異很大，被併公司的核心業務與買方的差異較大，或是被併公司的規模較併購方大，往往就必須因地制宜。
一般而言，如何進行兩家公司的整合，常常是在下列五個構面上去執行，並根據併購的形式和策略目標，而調整具體內容。
一、治理結構：由誰領導及如何領導。
二、整合管理辦公室的架構：由誰協調整合工作和組織。
三、整合範圍：哪些事項必須整合？整合到什麼程度？
四、整合的速度和節奏：整合速度多快？協調工作如何進行？
五、被併購公司文化保護及人才留任。
