北農日前傳出總經理吳音寧於去年提案北農員工加薪3%～5%，包括她自己也跟著加薪，年薪從250萬躍升成257萬，被質疑自肥。北農發出新聞稿，吳音寧也在臉書上發文澄清，總經理為公司員工，調幅為2.67%。
吳音寧於臉書粉絲頁回應調薪爭議，表示基層夥伴薪資調幅為4.17%，高階薪點夥伴的調幅為3.9%，而總經理身為北農團隊的一員，調幅為2.67%。
為什麼以基層薪水調幅最大？吳音寧解釋，因北農兼負農產拍賣團隊，有七成都是現場作業人員，颱風時也不能放假，寒流來也要徹夜工作。因此請公司研擬出負責任的調薪方案，給團隊更好的待遇，是總經理該做的事。
北農也在官網上發新聞稿澄清，指出北農自今年元旦起調薪，中低階薪點員工共計278人，佔總人數51%，調薪幅度為4.17%，中高階薪點員工共計266人，佔總人數49%，調薪幅度估為2.67%-4.1%，整體平均調幅約4%，
且此次調薪案基層調薪幅度較高，也不會對公司營運、股東權益造成影響，調薪後每月增加的薪資支出為104萬餘元。與台電、中油、台水和台糖四大國營企業，平均薪資6.8萬-5.9萬，北農調薪後平均薪資為47990元，仍遠低於上述國營企業。
新聞稿最後也強調，總經理為公司員工之一，自應適用調薪方案，其調幅為2.67%，每月增加3785元。
有網友仍認為吳音寧調薪是「自肥」，也有網友讚許「重視基層」、「堅持做自己認為對的事，不須理會外界的聲音。」
