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桃園諾富特飯店一館做為防疫旅館，又同時讓一般民眾、旅客入住，不法的「混住」，造成疫情爆發，但其實早在今年2月，就有人檢舉「混住」的事情，但因為還在「跑公文」，導致來不及阻止，外界許多聲音批評指揮中心的「效率太差」。
對此，陳時中則表示，「公文確實沒有辦法跑得比病毒快」；台北市長柯文哲今（9日）上午則回應「公文跑得比病毒慢，是我們的錯嗎？」
今（9日）下午疫情記者會上，有媒體問陳時中對於柯文哲的回覆，陳時中強調，自己沒有要責怪誰，自己有仔細看過柯文哲的回應，認為柯市長也沒有媒體標題所寫的「怒嗆」跟「酸」的意味；還說這就是在炒作新聞。
今（9日）下午疫情記者會上，有媒體問陳時中，「昨天你說過『公文確實沒有辦法跑得比病毒快』，柯文哲上午回應說『是我們的錯嗎？』請問部長怎麼看待這個說法？」
「你們這樣講法就有點炒作新聞了！」陳時中表示，好在他今天有好好看了電視新聞，「確實有記者問柯市長這句話，我看他是『愣』了一下，之後才有這樣子的回應！」陳時中說，看柯市長也沒有其他媒體說的什麼「怒嗆」意味，只是單純回應記者的話。
陳時中解釋，自己說的很清楚，沒有去責怪誰，他強調確實「公文就是跑得比病毒慢」！要不然疫情也不會擴展到全世界，更不會蔓延到台灣來。
陳時中更進一步詮釋「公文說」，他說很多事情的處理都需要程序，一定遠遠比不上病毒的擴散速度，指揮中心一定是希望能夠把病毒給抵禦住，「但是病毒就是這麼細小又無所不在」，所以防範上才會這麼困難。
「也沒有另外要去責備任何單位的公文，所以才說公文本來就比較慢， 很難追上這速度。」陳時中說，這段期間中央和地方的合作之下是成功的，「電視說什麼柯市長怒嗆啦什麼的，沒有啦！我有看我有看！。」一句話來化解「公文說」惹來的爭議。
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