台鐵第6432車次普悠瑪號，2018年10月21日出軌，造成18人死亡事故，國家運輸安全調查委員會在事故兩周年前夕（10月19日）公布最終補強調查報告。運安會針對交通部、台鐵局、鐵道局及普悠瑪列車供應商「日商住友商事株式會社」提出27項改善建議，尤其根源是台鐵未能提供司機員、檢查員及調度員完整手冊及程序以為作業依循、完整訓練等。
報告還指出，台鐵未能提供司機員、檢查員完整訓練、考驗及獨立檢定制度，致第一線執勤人員對列車系統及操作不熟悉；台鐵局也未落實已訂定規範之管理，導致ATP有被違規隔離及列車有超速行為；另外台鐵局以營運為由刪減列車零件更換項目及延遲維修時程，致列車主風泵發生強制停機及性能不佳仍投入營運等。
運安會還發現，司機在出軌之前手忙腳亂，司機員要看儀表板、要聽外面指示，看得到司機員在各種壓力下，若是二線司機員來開一線的車，風險更高，這也牽涉到台鐵的組織管理問題。
另外，普悠瑪的面板上、日商設計的介面，反映資訊不一致，例如主風泵、高壓裝置等，卻發生同一個東西用不同名詞，給的資訊也沒有對點，所以有種種問題。因此運安會給台鐵18項建議、日商住友商事5項待改善項目，交通部與鐵道局則共4項改善事項。
運安會調查時，先確認「車輛是否超速」。運安會查了三個資料來源：TCMS、ATP的轉速計、TC的轉速計，這三個資料的來源都證實，出軌時的車速約140公里，且誤差僅約1公里，因此非常精準與確認這輛車就是超速。
運安會還發現，原廠手冊有寫到一件事：「主風泵停機時，司機員應該先看壓力表，若壓力表低於6.5 bar，應該馬上停車等待調度指揮。」因此運安會做了記錄器解讀確認後，才進行案件的分析。
綜觀這些問題，從司機、維修人員到調度單位，運安會主任調查官林沛達發現三大重要的組織文化疏失導致事故。
首先，「因營運理由忽略安全」。台鐵沒有依原廠手冊要求三年定期更換濾心，且台鐵為了營運調度為由簡化維修項目及更換進場排程。
第二，「未落實SOP」。運安會發現，司機員未通報及未登錄動力交接簿，檢查員未有規範依循檢查動力交接簿及TCMS、失去更化列車編組機會，代表台鐵沒有通報規範、初步檢查程序不完整、出車標準不一致。
林沛達說，事實上，原廠手冊很完整，但台鐵都沒有內化遵循原廠手冊。檢查員檢查很多東西但沒有檢查重點、司機員未查看並即時通報壓力表數值，通訊也沒有用標準用語及覆誦確認。但詢問現場人員時，許多司機員與機務段人員都不曉得原廠手冊的存在，自然無SOP可遵循。
第三項問題為「內部管理疏失」。台鐵人員檢定制度未完善，考過EMU的司機員就可以開普悠瑪號，更沒有建立訓考分離制度。此外，司機員運轉壓力及分心造成超速，因為注意運轉定義及限速標誌需有呼喚應答規範，冗長通聯排除故障致分心未注意列車運轉，加上司機員超速或關閉ATP，卻無明確管理規範，顯然內部管理有疏失。
對於如何督促台鐵改善，真正避免事故再發生，運安會主委楊宏智強調，法規規定，台鐵90天內要提出回應報告，行政院接到列管項目，技術細節由運安會掌控，滿意就解除列管，不符合安全改善細節部分要持續改進，就保持列管狀態。
楊宏智以飛安事故列管內容舉例，1千多項改善建議，至少95％解除列管。沒辦法解除的，可能會牽涉場站徵收等問題，政院會以同樣概念考量。至於組織問題，楊宏智表示，法規是根本問題。他舉例，飛安會成立前的大園空難，民航局是執行單位，卻又負責行政監理調查，混淆在一起，就無法好好展現出來。
鐵道部分也看到完全類似狀況，交通部之下台鐵局是運轉單位，上面有鐵道局行政監理，但根據飛航監理單位，會三不五時到單位看單位是否遵循手冊等，「我們希望這樣的監理可以在台鐵實踐。」楊宏智說。
面對這些問題，絕對不是換台鐵局長或將高層換掉就能解決，政府是否能痛定思痛，從調查過程與改善建議中，讓台灣鐵道安全更上一層樓，有賴相關單位真正面對，改善組織文化，才能避免事故再次發生。
