距離「國立陽明交通大學」正式掛牌僅剩四個月，陽明學生與校友雖理解合併效益，卻也憂心喪失既有光環與優勢，甚至失去與台北榮總的長期合作關係。
涉及一千五百名教師、兩萬名學生權益的陽明大學與交通大學合併案，將於明年二月一日正式生效。九月二十六日，「國立陽明交通大學」掛牌倒數一二六天，陽明大學學生會公布全校學生針對「是否同意與交通大學進行最終合校程序」的投票結果，此案雖獲約六成學生支持，卻也有不少人抱持疑慮。
讓陽明學生「支持卻又怕受傷害」的理由是，課程統整、系統整合，以及資源分配細節尚未明朗；校友則憂心，陽明大學與榮民總醫院長期以來的合作默契，將因此生變。
課程、本部、經費 沒定案
兩所學校與主管機關教育部支持合併的理由非常明確：「BioICT（生醫電資訊）」與「智慧醫療」是未來趨勢。陽明大學校長郭旭崧在最近一次合校說明會強調，陽明擅長生醫，交大專攻電子、電機，兩校可整合物聯網、大數據、臨床醫學與生醫科技資源，讓台灣的智慧醫療產業更具競爭力。
相較於主事者勾勒出的遠大願景，學生更在意眼前的實際問題。陽明大學學生會會長陳德範指出，兩校合校後將開設整合性的跨領域課程，未來是要透過網路修課或是學生通勤跑堂還沒有眉目；兩校短期內雖沒有系所整併計畫，但重複或相似的課程如何整合、學分數如何相抵等問題，也都還沒有明確方向。
陳德範也提到，兩校合校後參與任何校際競賽，依規定必須整合成一組校隊，但如何選拔整併、還是由其中一校校隊代表出賽，至今仍無定論。
由於「陽明交通大學」是近年首件跨縣市的大專院校合併案，連畢業校友都高度關注。陽明校友、前監委張武修今年一月提出一份調查報告，內容直指併校案大勢底定後，兩校校友紛紛到監察院陳情，盼行政院、教育部必須在國家政策的層次進行縝密規畫。
