對於流感季的存在，有幾種可能解釋。其中最著名的一種與人們聚集的方式有關：稱為「室內傳染理論」
根據該理論，在冬天人們大部分時間待在室內，而且人與人之間密切接觸的機率更高。舒適的環境和近距離接觸促進病毒傳播，使流感病例數量上升。這在學院和大學校園中最明顯，年輕人住在一起，在較小的範圍內一起生活、學習、活動。
許多網站採用該理論，作為對流感季出現的解釋。這一事實進一步說明，要對網路上的資訊持謹慎態度。因為這種解釋聽上去似乎很有道理，但當仔細推敲時，便會發現許多問題。對於大多數西方成年人來說，我們與他人一起待在室內的時間並不隨季節而變化。我們一整年都會去上班，如果天氣暖和，我們會一起出去吃午飯，但除此之外我們的社交活動量不會有任何變化。學生於八月或九月初返校，與其他人群一樣，他們會在十一月開始出現疼痛和發燒症狀。我們在夏季使用大眾交通工具的頻率高於冬季，從而更容易接觸到打噴嚏或咳嗽的人，然而夏季卻很少有流感病例，這實在令人費解。英國病毒學家克里斯多福．安德魯斯寫道：「如果密切接觸是導致流感的唯一因素，那麼倫敦交通系統全年都會造成疫情爆發。」安德魯斯是一九三三年首次發現人類A型流感病毒團隊的一員。郵輪全年都在運行，儘管乘客之間密切接觸，但郵輪上的流感模式與陸地上的流感模式並無差別。
英國天體物理學家弗雷德．霍伊爾認為，流感與太陽黑子有關。太陽黑子是太陽磁場的爆發，會使太陽表面變色。可以肯定的是，霍伊爾是一位頗具爭議的理論家，他曾經認為病毒和細菌不是在地球上進化而來，是藉由彗星到達地球，就像搭便車一樣。霍伊爾駁斥得到廣泛認同的大爆炸理論，相信始終存在一個處於穩定狀態的宇宙，因此當他提出流感大流行與太陽活動有關時，這並不奇怪。一九九○年，他在著名的科學期刊《自然》上發表一篇文章，指出太陽黑子活動與流感爆發之間的關係，他推測兩者間可能存在關聯。霍伊爾指出，英國最近一次流感疫情與有史以來最大的一次太陽黑子爆發，在時間上有一致性，並提供一張顯示全球流感大流行與太陽黑子活動之間的關係圖表。太陽黑子周期中的每個峰值都伴隨流感大流行。霍伊爾認為，來自太陽的強烈電子耀斑進入地球軌道，從而可能使帶電病毒顆粒從較高的大氣層進入到我們的鼻孔中。
你很可能對此觀點不屑一顧，但請從科學角度保持耐心。太陽活動增加確實會對地球產生影響，用美國國家航空暨太空總署（NASA）的話來說，如果太陽活動能夠「使電網中的變壓器爆炸」，那麼我們難道不應該至少考慮一下霍伊爾的觀點嗎？既然我們可以預測增強的太陽活動周期，那麼我們是否應該將其應用於對流感季的解釋？太陽黑子理論的主要問題是，流感大流行的定義具有過高的主觀性，因此人們可以隨意對其下定義，以適應任何模型或論證。因此，霍伊爾的理論仍然處於邊緣地帶，這並不奇怪。相反地，對於流感季節性的解釋，流行病學家並不太關心太陽黑子，而是更關注太陽光，以及它控制人體內維生素D含量的方式。
維生素D理論與冬季的免疫功能喪失有關。在北半球的冬季，太陽在天空中處於較低角度，導致日照時間減少，因此人體產生較少的褪黑激素和維生素D，從而導致免疫力下降，這使我們患病及感染流感的幾率上升。換句話說，流感疫情可能與白天的長短，和我們接觸日光的時長有關。
維生素D對我們的健康至關重要。雖然可從飲食中攝取部分維生素D，但人體中的大部分維生素D都來自陽光。在人體合成一種叫做7‒脫氫膽固醇（7-dehydrocholesterol）的膽固醇後，它會被運送到皮膚，陽光中的紫外線在那裡將其轉化為維生素D。維生素D可以促進白血球對抗入侵的微生物。一些被稱為巨噬細胞和自然殺手細胞的白血球，將（peptide）和細胞激素釋放到感染了流感病毒或細菌的細胞中。如果沒有維生素D，作為免疫系統核心的這些白血球便不能順利發揮作用，實際上可能根本發揮不了作用。如果自然殺手細胞不能發揮作用，我們便很容易受到各種病毒性和細菌性疾病的侵害。
在冬季日照時間極短的地方會發生什麼狀況呢？我在倫敦長大，在倫敦陰沉的冬季裡，太陽可能早上八點才升起，下午四點便已落山。在黑暗中上下學不僅令人沮喪，對我的免疫系統也造成威脅。英國人的維生素D含量低於那些生活在陽光充足地方的人。從某種程度上說，陰暗冬季的死亡人數是夏季的兩倍，這個問題對英國的老年人來說尤其嚴重，他們的長袖衣服雖可抵禦寒冷，卻使他們無法接觸陽光。低維生素D含量的現象，在非裔美國人中也比在像我一樣面色蒼白的英國人中更為常見，事實上他們的維生素D水準可能比我們低七倍以上，因為他們皮膚中的黑色素會降低陽光將7‒脫氫膽固醇轉化為維生素D的能力。我們不知道這是否會導致非裔美國人流感發病率增加，但他們的肺炎和流感死亡率比白人高一○％。此事實也印證我們觀察到的維生素D、陽光，以及人體與陽光間的關係在改變人體免疫反應中發揮的重要作用。
四十年前，蘇聯研究人員做了以下假設：生活在遙遠北方的俄羅斯人在日照時間很短的冬季，比在陽光普照的夏季更容易感染流感病毒。為了驗證該假設，他們讓兩組患者接種含有弱化病毒的流感疫苗。一組患者在白天很長的夏天接種疫苗；另一組在冬天接種疫苗，因為他們住在北極圈附近，因此日照極少。他們發現，在冬季接種疫苗的患者因疫苗副作用而發燒的可能性，是另一組患者的八倍。日照量的減少使人體產生較少的維生素D，從而導致免疫系統功能減弱，因而流感疫苗會產生更多副作用。
維生素D可使我們的免疫系統功能運作良好，那麼我們在飲食中補充額外的維生素D就能完全預防流感嗎？也許可以。在一項實驗中，研究人員讓日本的一組小學生分別服用維生素D補充劑或安慰劑，服用維生素D那組的流感病例數量明顯減少。然而，針對健康的紐西蘭成年人展開的類似研究，未發現病毒感染數量有任何減少。當老年人補充額外的維生素D時，並沒有改善他們對流感疫苗的免疫反應，這非常令人失望（尤其是對英國的老年人來說）。
面對這些相互矛盾的研究，臨床醫師可以將所有結果彙集在一起，然後進行分析，這稱為「整合分析」。有一項整合分析匯總了十一項維生素D研究的結果。分析顯示，維生素D確實能夠有效減少類流感疾病的數量，但不能保證人們可以完全阻止其發生。換言之，你可以攝入大量維生素D，但仍然會感染流感。
維生素D理論認為，流感的季節性特徵不是由病毒的特性造成的，而是由我們人體免疫系統的特性造成的，如果我們能夠實現人體對流感病毒的全年性防禦，那麼冬季流感患者的數量便不會增加。與此相反，一些研究人員認為，一些與人體免疫系統或太陽無關的因素，能夠最貼切地解釋流感的季節性特徵，比如天氣。
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