浩鼎案是中研院第一起針對技轉（技術轉移）案正式起訴的刑事官司，從二○一六年四月十五日檢調發動搜索，到一審宣判「翁啟惠、張念慈貪污罪無罪」，九百八十七天的調查與審判，「複雜」是所有人面對案情的第一個印象。
也就是說，和中研院談授權之前，浩鼎已經有了研發新藥所需的技術，可以製備出自己所需要的原料Allyl Globo- H，「檢察官說我們當時臨床做到二期，急需中研院的技術做臨床要用的藥。」張念慈解釋，臨床二期早已開始，不可能邊進行試驗邊生產所需藥劑，必須事先製備，針劑光是常規穩定期就要六個月，且浩鼎當時還有五千針藥劑，足供臨床試驗使用，並不急於獲得中研院的技術。
當時想改良技術的初衷是因原料成本高昂。張念慈說明，「一克原料原本要八十萬美元，即使改良一鍋法製程，將一克成本降到十二萬美元，將來要做成癌症疫苗商業化還是很貴。」張念慈和翁啟惠討論，欲尋求更好、更有效率量產的生產方法，降低合成醣分子的成本。
翁啟惠認為，實驗室裡有博士生恰巧正在研究類似題目，值得一試。於是，中研院在一二年八月公告尋求廠商合作。當時，台灣醣類新藥公司僅浩鼎一家，浩鼎的製造夥伴潤雅成為中研院簽署授權備忘錄談判對象，潤雅要求中研院先交付材料成果，以進一步評估量產的可能性。
實驗室數據不代表已能商業化 浩鼎承接中研院成果 研發輔助技術
「生產疫苗的技術，浩鼎已經有了，這個中研院合作案是改良生產方法的合作。」張念慈說。更何況，潤雅經過一年評估，最終放棄，因為從交付的材料、流程與技術觀察，中研院技術尚不成熟，只能在實驗室裡操作，無法商業化量產。
派員評估，是產學授權中常見的必需環節，喧嚷之中卻成了「翁啟惠大方開放實驗室予潤雅參觀、涉嫌技術流出」。
當時，中研院交付材料後，也收到四百萬元，並非無償取得。
潤雅與中研院解約當日，浩鼎當天就與中研院簽約，「Allyl Globo-H除了我們在做，沒有別人在做了。」張念慈解釋，浩鼎把技術承接下來，到現在過了三年時間，還沒有實現量產。
翁啟惠指出，若張念慈為了一個尚未商業化的技術行賄他，於理不合。「直到今天，我還是不知道檢察官主張張念慈行賄我的『對價』是什麼？」在一八年八月結辯後，翁啟惠發出聲明，丟下了最關鍵、也至今無人有解的問題。
在這樁官司之中，另一個沒有被大眾看到的脈絡，是生技新藥研發的艱辛以及風險。技術授權後從研發到上市，磨劍十年是常態，失敗更是家常便飯，因此授權不只要考量金額，更要考量廠商後續發展的能力。
生技研發須考量諸多條件 浩鼎是當時唯一適合技轉廠商
以當時的產業環境而言，浩鼎是此案唯一適合的技轉廠商。檢方所指稱另一有能力技轉的醣類新藥公司醣基，是翁啟惠技術授權所成立、中研院擁有三分之一股份的公司。只是，在中研院公告技術期間（一二年），醣基尚未成立（醣基成立於一三年），檢方在自己的起訴書中，出現了張飛打岳飛的尷尬情境。
此外，檢察官起訴書中以翁啟惠郵件回覆浩鼎合作案相關訊息，作為他「干涉」技轉的證據，但檢方卻忽視了翁啟惠既是技術創作人，也是中研院院長的雙重身分。
在技轉過程中，一定會牽涉三方，一是中研院、一是合作業者，另一個就是技術創作者，翁啟惠以技術創作人身分被中研院智財技轉處徵詢，是技轉的正常流程；而中研院技轉案由智財處處理後，最高僅到至副院長決行，不會到院長層級。對此，翁啟惠表示，檢方曾在一六年十二月徵詢中研院技轉流程，但還未等到中研院回覆，檢方就起訴翁、張兩人。
除了中研院技術對浩鼎的重要性、急迫性之外，另一個案件重點就是翁啟惠女兒翁郁琇名下的三千張浩鼎股票，是否由張念慈出資？
檢察官之所以認定翁啟惠與張念慈有不正當的金錢往來，是因為張念慈與翁啟惠深交四十年，從一一年起，翁的投資都有張念慈幫忙，其中的金錢往來盤根錯節，被檢察官認為有違法的可能。
在媒體報導中，張念慈屢次被指為翁啟惠「帳房」，幫翁啟惠處理財務，聽到這形容，張念慈苦笑不已。
張念慈說，他幫翁啟惠處理財務總共就四次。第一次是從一一年高鑫零售（編按：尹衍樑為高鑫大股東之一，主要業務為大潤發賣場）在香港公開上市時開始。
翁啟惠對財務無感 張念慈經手老友投資
張念慈與尹衍樑熟識多年，「尹衍樑寫信來要我買大潤發的股票，給我四百五十萬股的大額度。」張念慈趕緊找人分買股票，十幾個人成立了一家投資控股公司Alpha，而翁啟惠雖說要投資，卻直到高鑫上市都忘了匯錢，過了一個月才補齊股款。
「上市後，大家都把股票賣了作鳥獸散，他又放在那邊不動！」張念慈無奈地說，翁啟惠對財務數字很不敏感，因此很多筆投資是他代為處理。
檢察官認為有異的三千張浩鼎股票，其實也和潤泰集團總裁尹衍樑有關。一二年十二月浩鼎掛牌興櫃前，尹衍樑自浩鼎母公司Optimer認購六萬張浩鼎股票，透過張念慈要求創辦人翁啟惠購股、承擔風險。而當時翁啟惠認為中研院院長身分不宜購進股票，張念慈轉而詢問翁啟惠女兒翁郁琇。
翁郁琇雖同意認購三千張，但沒有所需的九千三百萬元新台幣股款。由張念慈代為向尹衍樑商借。
而後，張念慈代翁啟惠售出掛在投資公司Alpha下的六百多張浩鼎股票，及自己名下兩百多張股票，以還款予尹衍樑。翁啟惠之後也賣出借名持有的兩百多張浩鼎股票，以償還張念慈先前代墊部分。
「所有的浩鼎股票都由家庭信託基金購買，受益人為子女，不是張念慈出資。」翁啟惠強調。而這筆金錢的帳戶往來最終也獲法官釐清。
儘管，金錢賄賂的指控被證實不存在，但是翁啟惠在浩鼎解盲前代女兒賣掉十張浩鼎股票，正說明了他實質掌握了翁郁琇的三千張股票。這與先前翁啟惠不斷強調女兒已是成年的獨立個體，揭露女兒的財產是侵犯隱私的說法有矛盾，但此「瑕疵」僅在於利益揭露範圍，士林地方法院的新聞稿也寫明了此為申報問題，為主管機關權責，而非《貪污治罪條例》的範疇。
「《科學技術基本法》講得很清楚，我們在做技轉的時候，不受《國有財產法》、不受《政府採購法》，也根本不受《公務人員服務法》的限制。用《貪污治罪條例》來整我，我根本不適用。」接受《今周刊》訪問時，翁啟惠語重心長地解釋，「我的案子是台灣第一個技轉官司，這是學習過程；假如說，因為我的遭遇會讓整個社會跟這些執法的人員更了解技轉，那也是一個正面的發展。」
翁啟惠是否曾指示中研院讓浩鼎取得專屬授權
——檢方指控
翁啟惠以中研院院長的身分，指示智財技轉處與浩鼎簽署Allyl Globo-H合成技術的專屬授權契約。
——一審判決
依照中研院技轉流程，創作人就其發明可洽詢廠商是否有意願簽專屬授權合約、或購買該發明的製成物，因此翁啟惠（編按：翁啟惠是以技術發明人而非中研院院長身分）在知悉浩鼎公司有意願購買Allyl Globo H醣分子時，要求浩鼎應與中研院簽署專屬授權，符合中研院規定。
浩鼎是否取得免費材料和技術
——檢方指控
翁啟惠主導使浩鼎在未與中研院簽署正式契約以前，即可私下獲得2.23克醣分子相關材料。
——一審判決
（註：士林地院新聞稿未論述這部分，以辯方觀點補充）
•根據浩鼎與中研院的「產學合作計畫」，浩鼎有權支付材料費取得相關材料等成果。
•浩鼎出資400萬元才取得醣分子，並非免費。
翁郁琇如何持有3千張浩鼎股票
——檢方指控
3千張股票是張念慈為取得中研院技術而行賄翁啟惠的對價；張念慈向尹衍樑借款321萬美元，再匯款給翁郁琇買股。
——一審判決
•3千張股票並非賄賂，因為翁啟惠事後支付股款予張念慈。
•翁、張之間，確實有張念慈以他人名義代替翁啟惠操盤投資股票的前例，過程中張念慈經常代為墊款，待結算後，翁啟惠再還款予張念慈。
•而翁啟惠以翁郁琇名義認購浩鼎的3千張股票，也是比照往例，股款由張念慈先代墊，事後張念慈再出售翁啟惠其他持股而拿回股款。
