二○一八年十二月二十八日，士林地院宣判翁啟惠涉嫌貪污一案無罪，但士林地院的新聞稿特別指出，翁啟惠時任中研院院長，未如實揭露女兒持有三千張浩鼎股票一事，「已嚴重影響民眾對其個人及政府施政作為之信賴」。
言下之意是，雖無法律問題，卻有道德瑕疵。
政府技轉做半套
挖洞給研究人員跳
回顧翁啟惠屢次說明女兒持股時，均表示他已依據中研院內規揭露，並無問題。照翁啟惠所言，為什麼一個合乎中研院程序作業的利益揭露，會在司法解讀下成為貪污的嫌疑，化為動搖人民信任的陰影？
事實上，這已經不是中研院第一次因利益衝突出事。一○年，最高學術殿堂的中研院首度遭檢調搜索，起因是院士陳垣崇將研發成果技轉給親屬擔任重要職位的世基生醫。在捲入這場官非以前，陳垣崇被視為人間天使，他所研發的龐貝氏症藥物，每年救回上千名新生兒的生命，卻一夕之間跌落人間的司法爭端中。
因技轉案未違反《政府採購法》，陳垣崇案最後不起訴處分。時任中研院院長翁啟惠看到法規背後的模糊地帶，大力為其背書，並奔走修正《科學技術基本法》（簡稱《科技基本法》）。事後立法院通過「陳垣崇條款」，明文研究成果不再受限《國有財產法》、研究人員兼職也排除《公務員服務法》的部分限制，鬆綁學者研究成果商業化的限制。
但沒有想到的是，多年後翁啟惠自己也捲入官司之中。一次陳垣崇、一次翁啟惠，為什麼一位位享譽國際的知名學者，回到台灣都栽在利益衝突上？
源頭，要從和翁啟惠及陳垣崇都有淵源的《科技基本法》談起。「《科技基本法》是承襲美國拜杜法案的精神而來。」銘傳大學財金法律系教授王偉霖指出，政府補助所產生的研究成果不再歸屬國有，「從此學校或研究機構，可以和業界接洽產學合作、技術移轉等。」但是他話鋒一轉表示，台灣技轉事實上只做半套。
政治大學法律系副教授劉宏恩也認同，「早在院士陳垣崇出事之前，政府就一直鼓勵產學合作、技術移轉，卻疏忽了利益衝突的規範。」並說明：「國外在推產學合作、技轉時，會同時推動利益衝突的配套程序，並且非常重視。」
