除了第一線醫療困境，醫界內部反對《勞基法》的意見，還同時來自物質與精神層面。
衝突三：影響物質報酬、牴觸核心價值
國內受雇醫師薪資，有相當部分來自與醫療機構針對健保給付費用拆帳（PPF）。儘管PPF占醫師收入比率隨各醫院及科別有所差異，但醫師所得與執行業務量確實存在連動關係，限制工時，可能讓部分醫師荷包縮水。一位外科醫師減少手術量，每月與醫院拆帳所得金額，自然也跟著下降。
但比起有形收入，許多醫師更在意《勞基法》與醫師養成教育之間的價值衝突。
馬旭指出，醫師接受的訓練是：無論何時何地，都要將救人擺在第一位、以病患為優先。《勞基法》精神顯然牴觸醫師天職，「我搭飛機、坐捷運的時候可以救人，只有在自己醫院的病人不能救。如果我為了救人而犧牲休息，卻要被處罰，這樣合理嗎？」
九月中，在屏東縣醫師公會舉行的政策座談會，一位資深醫師氣憤地說：「把醫師當勞工，是不尊重醫學專業。」
「當醫師真的很辛苦，但這個社會沒有虧待我們。」台北榮總醫務企管部主任李偉強說得斬釘截鐵。
訪談數十位主治醫師的楊銘欽，也建議衛福部考慮以《醫療法》另立專章，多方考量醫師的工作特殊性，訂定合乎實務的合理工時，作為保障醫師勞動權益與維護民眾就醫品質的折衷方案，以免造成「醫病雙輸」的結果。
其實，以專法規定特殊行業工時，《船員法》已有先例。
台大醫學院麻醉科教授王明鉅也認為，從政府為醫護人員分別立定專法，就知道這項行業非常特殊；沒道理資格受專法規範，工作條件卻受通則性的《勞基法》限制。
美國《公平勞動基準法》就對醫師、律師和教師三類專業人員工時另有特別規定，對一般勞工也設定「薪資標準檢驗」（salary threshold test），年薪或周薪超過一定門檻，且主要工作內容包含經營、管理和高階專業，得不受工時限制。
衝突四：醫療養成訓練質量恐下滑
正因為難以確保在醫師全面納入《勞基法》後，能維持既有醫療服務品質，再加上醫界對於自己是否屬於勞工、願不願意被「保障」也莫衷一是，衛服部長陳時中9月初參加台北市醫師職業工會會員大會時也首度鬆口表示，2019年會先將住院醫師納入《勞基法》，主治醫師則列為下一波目標。
由於住院醫師勞動條件已受「工時指引」（編按：去年3月起，住院醫師4周工時上限320小時）規範，納入《勞基法》後若工時維持不變，對醫療服務的影響相對輕微。但也有人擔心，兼具「受訓者」身分的住院醫師，納入《勞基法》以後，可能被剝奪自主學習權利，導致訓練不扎實，在更長遠的未來，拖垮國內醫療水準。
新光醫院行政副院長洪子仁舉例，依目前「工時指引」精神，一位外科住院醫師到了下班時間，眼前的手術還在進行，這時他有權自行評估，這台手術對未來執業或專科資格有無助益，再決定是要留下來「自主學習」或直接離開，「未來主管機關變成勞動部，依現在勞檢對護理師工時的嚴格標準來看，恐怕不容許『自主學習』空間存在，這對醫院與住院醫師訓練，都是很大的挑戰。」他說。
洪子仁強調，即使住院醫師或主治醫師納入《勞基法》，勞檢人員都不該以檢視勞工或行政人員的標準看待醫師專業。
