桃園機場自由貿易港區內，一個裝有中國郵件的貨櫃消失一個多小時，才重回貨櫃棧。首次發生這樣的案件，讓關務署內部人員也嚇了一大跳。消失的貨櫃也凸顯目前自由貿易港區管理上的闕漏。
日前桃園機場遠雄自由貿易港區發生裝有中國郵包的貨櫃晚間十點從港區消失後，不知去向一個多小時才再度回到貨櫃棧裡。中間究竟去了哪裡？貨櫃內的物品是否遭到調包？目前仍待警方追查釐清。而宛如電影的情節令人震驚，連關務署內部人員都驚訝「第一次發生這種事！」行政院也就此召開治安會報，要求關務署須提出相關檢討報告。
消失的貨櫃是在5月7日從基隆港上岸準備「海運轉空運」，接著要從桃園機場離境。貨櫃從基隆港T6碼頭上岸後，隨後便進入桃園機場遠雄自由貿易港區內的貨櫃棧。據了解，從基隆港到桃園機場這段路程，貨櫃都有電子封條追蹤動向，進了自由貿易港區後電子封條才撤下。
當年推動的「自由經濟示範區」六港一空自由貿易港區，為了提高貨物流通性，因此「國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區時，通關模式原則採免審查免檢驗方式進行。」貨櫃棧交由私人業者「自主管理」，因此現場並沒有派駐關務署人員，關務署僅會不定時抽查貨櫃棧裡的倉庫是否存放可疑物品。貨櫃消失事件發生後，關務署也針對遠雄裁定停業二個月的罰則。
這次消失的貨櫃在進入港區後，沒有按照步驟立即開櫃進倉，「一般應該是要馬上打開貨櫃，分拆後將貨物放進倉庫，之後再分包上飛機轉運走。但這次卻沒有開櫃。」關務署通關業務組組長葉松茂對此也感到相當疑惑。
第二個疑點在於：貨櫃被拉走後，順利的出了自由貿易港區的門哨。葉松茂解釋：「正常來說貨櫃車頭得要有『放行單』才能出去。」目前檢察官的初步調查，已確認消失的貨櫃並未取得「放行單」，將進一步追查究竟是遠雄人為疏失或有其他可能。
消失的貨櫃讓人聯想去年7月關務署臺北關查驗一批來自泰國的「彎板機」（彎板機，金屬加工時使用的工具機），掃描發現貨物下方疑似有其他內容物，但海關人員卻未留置物品並依程序，透過鑽孔來檢查是否內含違禁品，而是讓這批「彎板機」出關，後續再由海關派員去工廠查驗。但「彎板機」出關後便消失無蹤，究竟是否內藏毒品，警方也還在追查中。整起事件讓外界質疑海關「誤放毒品」，關務署隨後也因作業疏失遭到監察院糾正。
這次貨櫃消失雖非直接與關務署有關，但事件發生後財政部次長吳自心也立刻檢討，認為這凸顯了目前自由貿易港區管理流程上的闕漏。葉松茂坦言，過去「轉運」的貨品關務署大多沒有抽檢掃描，只有針對「進口」的貨物才相對嚴格。頭一遭出現「轉運」貨櫃在中間過程被拉走的事故。事件發生後關務署決議，未來也將針對這次出事基隆港T6碼頭上岸的「轉運」貨物一律掃描檢驗。
事發後關務署隨即回應管理上的不足，或許是因為過去便曾因為管理紕漏導致走私風險升高，因此二〇一五年遭監察院糾正。當時的糾正文指出金門料羅港從〇一年到一五年發生十八件進口走私和兩件出口私運案，走私頻仍肇因於料羅港一直沒有「自動通關系統」，加上港埠設備簡陋，才成了走私高風險地區。而關務署卻也沒有積極加強稽查檢驗貨物，導致監管的缺口。
除了管理上的問題，時有所聞的貪污弊案也讓外界緊盯著關務署。像在一一年與一三年，關務署底下的基隆關和高雄關分別傳出內部人員收受賄絡，不但讓管制品因此得以通關，還偽造報關文件讓業者能降低進口貨物的稅賦。一一年的弊案甚至延燒到當時關稅總局（關務署前身）的副局長；而高雄關的機動隊則是每個小隊推派「小總務」，定期向進口業者收取「涼水費」，收到的款項再上繳「大總務」分配給隊員，儼然已是結構性貪污，涉案人員也高達四十三人。
「會來賄賂的主要就是想進口管制品，或是想要逃稅這兩種。其中又以逃稅的為主」一位在關務署服務二十年的海關人員說， 也因為經手的利益龐大，因此關務人員的確容易遭遇誘惑。他也分析，收受賄賂的人員多是透過「偷斤減兩」低報貨物重量，或是撿相近物品「A物報成B物」這兩種手法來降低稅額。
加上關務特考進入的公職人員，職務特性與其他公務體系差距過大，「因此關務人員的調動基本上都在內部輪替，其他單位的公職人員也很少調進來。」人員流動封閉，一旦內部出現收賄風氣，新進人員也容易被拉下水。
該名海關人員說，雖然一般三年得要輪調一下職務位置，不過若上面長官不想調動，還是能一直留在同一單位裡。當年基隆關爆發的貪污弊案，業者為了不讓「長期合作」的海關人員被調離原單位，才會把主意動到關稅總局副局長身上，透過買通副局長來干預人事調動。
該名海關人員認為過去貪污問題一再爆發，內部也已有整頓，近年風氣已逐漸改善。但這次貨櫃消失事件讓關務署再度登上媒體版面，究竟案件真相如何，涉及層面多廣，是否又有關務署有關聯？都得等檢警追查水落石出後，才有定論。
關務署歷年爭議案件：
1993～1994年：基隆關爆發政風、稽查人員接受招待喝花酒
2011年：基隆關爆發賄賂案，牽涉層級上至關稅總局（關務署前身）副局長
2013年：高雄關發生集體收賄案，高達四十三人涉案，內部還區分「小總務」、「大總務」，向業者收取「茶水費」、「涼水錢」等規費
2015年：關務署遭監察院糾正，指金門料羅港設備老舊卻未能增加稽查，使當地成為走私高風險區
2016年：關務署遭糾正內部人員未按規定處理可疑農產，誤焚毀業者進口香菇，導致後續國賠業者兩千五百萬元
2017年：業者從泰國進口「彎板機」，掃描後發現疑似藏有「內容物」卻未留置檢查，放行後該批「彎板機」下落不明
