教育部長吳茂昆今（29）天請辭獲准！
根據自由時報報導，吳茂昆認為，藍營一直全面攻擊他，帶給執團隊很大困擾，且上任以來沒有把事情做好，覺得很抱歉，因此主動向賴清德請辭。
吳茂昆4月20日上任迄今，剛好滿40日，他也是2000年之後任期最短的教育部長。對於吳茂昆請辭，行政院預計下午將召開記者會宣布。
四月二十日，前教育部長潘文忠在台大校長遴選爭議中請辭，三天內旋即由吳茂昆接任，定調台大校長選出管中閔一案有重大瑕疵、要求重啟遴選。
吳茂昆曾發現世界第一個高於液態氮溫度的超導體：釔鋇銅氧超導體，被提名諾貝爾物理獎，也曾擔任扁政府任內國科會(現科技部)副主委。當時吳茂昆上任僅一周，火速駁回台大校長遴選管中閔案，面對台大未來至少1、2年沒有校長，恐嚴重影響校務運作，他以「那不是教育部的問題」回應。面對教育部在處理不同大學校長爭議的「差別待遇」，國立大學校院協會呼籲政府還給大學自治、莫干預校長遴選結果，也引發台大「新五四運動」，後續由台大提起的行政訴訟，道路還漫長。
被外界認為是專為拔管而來的吳茂昆，早在上任前，就參與在台大校長案的跨部會諮詢小組中，據聞「拔管」立場堅定。然則作為教育最高權責機關的負責人，吳茂昆專業上、個人操守的適任與否，不斷成為話題。
2014年，監察院曾正式彈劾吳茂昆在擔任東華大學校長任內一連串弊案，認為他「疑利用職權使自己獲聘為專任教授，每年加領講座教授獎助金、學術獎勵金並享有一切福利；嗣又修改校內規定，免除自己授課義務，涉有違失」。
由於拔管理由中，包含質疑「管中閔在廈門大學不當兼職」，然則吳茂昆相關爭議也不少，例如未跟學校申請就兼任基金會董事；曾前往中國大陸兼課，還在中國科學院擔任顧問。近期，國民黨籍立委柯志恩以一紙行政院函指證歷歷，吳茂昆2005年赴杭州參加「高科技論壇高峰會」未獲行政院同意，違反當時法令「政務官不能參加大陸機關舉辦的非國際組織會議或活動」。
吳茂昆請辭，創下1996年台灣民選總統後，最短的教育部長任期，並留下諸多個人爭議未解。從潘文忠到吳茂昆，都未能為近年台灣教育面臨「國教燒完高教燒」的諸多困難，帶來階段性改革成果，也讓民進黨執政下的教育部長一職，再次掛上懸缺。
