教育部昨晚駁回台大校長聘任案，對此管中閔透過臉書發聲，指出4月27日是台灣高等教育的轉折點，台灣大學的校史和中華民國的歷史都將記下這個日子。
管中閔表示，教育部否定台灣大學校長遴選委員會今年 1 月 5 日合法選出的新任校長資格，既無視 1 月 31 日遴選委員會針對校長遴選結果所做「毫無疑義」的決議，更漠視 3 月 24 日臺大臨時校務會議對於質疑遴選過程的提案所做「擱置」的決議。這是臺灣爭取大學自治歷程中的重大挫敗，教育部的這項決定也將因違法踐踏大學自治而被載入史冊。
並表示過去三個多月，為了阻止教育部發聘，各種對他無所不用其極的抹黑，鋪天蓋地襲來。這些不實指控不僅企圖毀滅他的人格與尊嚴，更在學界與社會塑造了恐懼的氛圍，使許多人對這種不公義的現象噤若寒蟬。面對一波波的媒體攻擊，多數時候沈默以對。但沈默不代表默認，清白也不能由自己口述；選擇的是讓校方的調查與事實證明謠言的錯誤。
管中閔坦承，在面對持續數月的毀滅式攻擊時，的確因此而身心俱疲。但也知道不能因為龐大壓力而放棄，更不能在威脅恐嚇下低頭。若放棄，多年來學界前輩們努力爭取的大學自治就將成為泡影。所以堅持從來不是為了校長這個職位，而是為了大學自治得以延續，以及臺灣曾經信仰的公義和正直能夠伸張。
但他強調，政府的權力或許可以阻礙學校的決定，但不能改變我們捍衛大學自治與學術自由的決心；政府或許可以恣意濫用權力於一時，但終將無法逃過人民和歷史的審判。在這個關鍵時刻，將和臺大師生站在一起，面對威權，絕不妥協，堅持保衛臺灣大學九十年來的光榮傳統。我們必將贏回大學自治，臺灣大學也將因此屹立不搖。
