長庚風暴越演越烈，在輿論的強大壓力下，衛生福利部態度轉強，表態財團法人要徹底公益化的堅定立場，2天後長庚醫院發出聲明稿，再隔天台塑集團發聲明稿，仔細端看內容會發現，兩派人馬角力劍拔弩張，就只差誰先出手而已。
長庚醫院近年來行政中心權力高漲，引發一連串宛如電視劇荒腔走板的脫序行為，嚴重影響民眾就醫權益，董事長王瑞慧親拔原先外界認為的主事者李石增後，火仍未熄，外界將矛頭指向董事會。
醫療改革基金會、消費者文教基金會等民間團體強烈呼籲，要求董事會不能將「行政凌駕醫療」外，董監事也不能互派、持股不得有表決權，避免讓醫院淪為控股公司。
消息人士也透露，醫師出身的行政院長賴清德，對於行政凌駕醫療、醫療績效導向非常有意見，希望衛福部能強硬一點。
千呼萬喚後，衛福部終於硬起來，要求董事會不得淪為「家族會議」。原本外界以為，在《醫療法》尚未通過前提下，以長庚與台塑的資源大可以說於法無據，甚至繼續「做自己」，結果長庚竟然隔2天發出聲明，重點聚焦在控股與董監事部分，且全盤接收衛福部的要求，表示長庚代表將請辭台塑關係企業董事，所有持股也不行使董監事與選舉投票權，以示改革決心。
有醫界大老解讀，此舉是將球丟給台塑相關企業，表面上是醫院與企業劃清界線，實際上是將輿論引導到衛福部與台塑相關企業的對立，閃避解決「行政凌駕醫療」的問題，致使林口長庚內部跌到谷底的氣氛仍然依舊。從董事會角力來看，王瑞慧拉住醫師董事自成一派，其他王家成員則是另一派態勢亦趨明朗。
台塑集團接到燙手山芋後，隔日發出聲明稿澄清，只是保守的傳統企業，罕見直接表達出對長庚醫院主事者的不滿，聲明中直指「此案肇因於長庚醫院部分主管之人謀不臧問題」。
雙方的微妙關係，外人實難理解，一則報導或許可以更清楚解釋雙方立場的歧異。7月1日的《蘋果日報》報導，今年4月的長庚董事會，長庚院方提出「雲林分院病人數不夠建議縮編」的議案，希望將雲林分院縮編來降低成本，遭台塑集團總裁王文淵反對。從這則報導可看出，力主縮編是長庚醫院本身，王文淵反倒是未將成本考量在前，挺醫療優先與病患優先。
這樣的說法似乎禁得起檢驗，醫界也傳出，台塑高層曾在餐敘上說，長庚毛利根本微乎其微，醫療好好做就好。
只是這樣的情況與外界想法有出入。外界認為，長庚醫院為台塑四寶的前十大股東，董事會成員有7名來自台塑四寶，自然會把企業營利的觀點帶進董事會，讓長庚以營利為導向。
但知情人士反問，過去40年的董事成員背景大致相同，以往長庚醫院是公益形象的招牌，並非現今唯利是圖的單位，這也是為何台塑高層認為事件風波根本是主事者的問題，就連事件爆發後，還讓王家倚賴的重臣張昭雄含淚辭職，主因就是不願行政凌駕醫療，顯示主事者態度並未改變。
據了解，事件發生後，被長庚醫師認為最懂創辦人王永慶經營長庚醫院理念的王瑞瑜，以及王文淵都向王瑞慧反映，但都無效，王瑞瑜更是一再將向員工心聲表達給自己的母親、創辦人夫人李寶珠聽，但李寶珠仍力挺王瑞慧，讓王家其他成員非常無奈。
衛福部出手後，業界也傳出有王家二代成員明確指出，這麼多事件下來，問題在王瑞慧，真正與醫師對抗王瑞慧的是來自相關企業的董事們，若他們退出，問題只會更糟糕。
衛福部應該萬萬沒想到，逼長庚不再控股的同時，卻意外讓二代角力檯面化，從長庚與台塑的聲明內容來看，兩者尚未「同心協力」，王家最大家長李寶珠究竟能否聽得進衛福部的提醒「別讓王創辦人蒙羞」、走回王永慶的核心價值，還是繼續護著女兒王瑞慧，不僅王家成員關心，外界也瞪大眼睛看；同時如何讓家和萬事興，落實醫院專業經營，考驗王家二代的智慧。
