學者認為，選後至政權交接前，馬總統應退居虛位元首，由國會多數黨組閣。他過去數度表態尊重雙首長制，是否兌現？大家都在看。
依據目前各家民調，一月十六日總統與立委選舉，台灣不但極可能第三度政黨輪替，甚至國民黨在立法院長期過半的政治生態也將一舉翻盤。
倘若民進黨同時取得行政權與國會多數，台灣政局將由目前的國民黨一致政府（行政首長與立法部門屬同一黨），轉變為民進黨一致政府。迎來的第一項挑戰，將是二月一日新國會就任至五月二十日總統交接期間，長達近四個月處於新、舊民意並存的狀態。
回顧二○○○年首次政黨輪替，當時看守期僅兩個月，且國會多數與舊總統皆屬國民黨；○八年第二次政黨輪替，儘管國會多數與新總統皆為國民黨，行政院長張俊雄在新國會上任時依慣例提總辭，當時總統陳水扁退回。由於看守期也是兩個月，新國會與舊內閣並存的問題並未太嚴重。
「馬英九總統面對一個很好的憲政機會。」台大政治系教授王業立分析，這次選後，馬英九可比照○八年，退回毛內閣總辭，不過與其依循前例，「此時更是馬英九真正回歸《憲法》、半總統制（又稱雙首長制）的歷史時刻。」
左右共治 不乏國際案例
根據《憲法增修條文》第三條，行政院有向立法院提施政方針、施政報告之責；立委有向行政院長及各部會首長質詢之權。王業立認為，舊內閣在新國會開議後，如何提施政方針、施政報告？「馬上要下台的內閣去告訴新國會要做什麼，不是很奇怪嗎？這幾個月在憲政上完全變成空窗，有違責任政治的精神。」
由在野黨主政、總統退居二線的情形，在國際並不罕見，即政治學理上的「左右共治」。當在野黨於國會過半，總統任命在野黨推舉的人選擔任總理，是名副其實的雙首長制。王業立以雙首長制運行已久的法國為例，至少有過三次「左右共治」，都是在國會改選後，由總統提名國會多數可接受的人選組閣。
「在台灣儘管談不上左右共治，但三個月『藍綠共治』，也是回歸憲政很重要的時刻。」王業立說，馬英九退居等待交接、虛位元首角色，一如法國左右共治時期；總統仍掌握國防、外交、兩岸與大政方針，一般事務則由對新國會負責的新行政團隊來執行。
馬英九過去數度表示會尊重雙首長制的憲政運作，也多次表明將提名國會多數黨組閣。一向自詡守法守憲的馬英九，卸任前有絕佳的機會，落實憲政精神、責任政治與個人誠信。馬總統做得到嗎？
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