慈濟內湖園區開發案爭議引爆連串風暴，幾乎摧毀慈濟的社會公信力，也迫使慈濟接連開兩場記者會止血。
在風暴中，最令人非議的是台灣慈濟基金會財務透明度不足。不少人質疑，同樣是二○一三年財務報告，每年接受捐贈超過百億元的台灣慈濟，公告在網站僅半頁Ａ４紙的內容，且不見會計師簽核；新加坡分會財報則有三十二頁，並有新加坡會計師事務所簽證。
而部分批評者指控慈濟在美國的不當投資如基改公司孟山都，逼得慈濟承諾剔除「不適宜公司」，顯然慈濟美國總會的財報也十分詳細。為何慈濟在台灣與美國、新加坡財務透明度有天壤之別？關鍵還是台灣對非營利組織管理太鬆散。
美國經歷兩次醜聞後，即立法規範慈善團體的財務透明度。台灣若要從慈濟風暴找到建設性的結論，就是趁民氣可用，要求非營利組織財務透明，主管機關也應加強檢核。
政大法律系教授陳惠馨表示，《民法》已給政府監督機關權力如檢查權，對於超過一定規模的慈善、宗教團體，應有符合比例原則的要求，以強化對非營利組織的管理。長遠而言，喊了十幾年的《宗教團體法》應盡速完成立法，改善法令不周產生的弊端。
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