頂新案促成《食管法》再度修正，從罰則加重到舉證責任都已改進，雖能解決部分食安問題，但專家、立委卻憂心指出，新法仍有三大未能修正的缺憾，食安危機仍然未能解除。
十一月十八日，立法院三讀通過《食品安全衛生管理法》（簡稱《食管法》），這是今年以來第二次修正，也是近三年內第五次修正，足見每次修法都無法徹底解決問題。若為剛出爐的修正案下結論，可謂「惡人可以得到惡報，但好人仍無法得到保護。」
過往《食管法》最為人詬病之處，就是罰則太輕，與黑心食品的高額利潤相比，罰單顯得微不足道。本次修法後，罰則的確大幅提高，若廠商生產食品中含有害違法添加物，或涉嫌以廉價食材摻偽假冒高價食品，足以危害人體健康者，將加重刑期，從修法前的七年以下有期徒刑，改為一年以上、七年以下有期徒刑。
若致人於死，可被求處無期徒刑或七年以上有期徒刑、最高二億元罰金；對黑心公司法人，最高可開罰二十億元。
新概念：追討「不法利得」
此外，這次修法也導入「不法利得」概念，除了違法所該付出的懲罰代價外，販賣黑心食品所得，也可被追回繳入國庫。以頂新這次黑心油事件來說，《食管法》修法前最高只能罰到二千萬元，但修法後，罰金加上不法所得繳回，就可能達到數億元。
最後，修法也讓訴訟過程中的「舉證責任」反轉。消基會曾代替消費者向塑化劑廠商求償七十八億元，這個團體訴訟案在去年宣判，就因法官認為消費者無法證明健康有損，甚至有廠商僅被判賠九元。
舉證責任反轉，即是由過往要求消費者負責證明自己健康受損，改為「廠商必須證明產品無害」，或已在生產過程盡一定的注意義務，讓消費者能在訴訟時減輕舉證責任，較有可能循法律途徑實現市井小民的「食安正義」。
不過，從食品安全角度來看，部分專家與稽查員持續悲觀。
台大公衛系教授吳焜裕指出，僅靠嚴刑峻罰絕不足以解決問題，台灣食品問題若持續缺乏風險管理、事前預防的觀念，恐怕還是會產生食安漏洞。
參與修法的立委尤美女也指出，雖然修法可懲罰惡質廠商，但卻無法賠償消費者、保護吹哨者（檢舉人）。
缺憾一：對吹哨者保護不力
從過往多次經驗可以得知，食品安全的魔鬼，往往藏在公司經營的細節裡。如果沒有類似「屏東老農」或「資深員工」等知曉內情的角色出面爆料，檢調恐怕查無不法證據。而屏東老農不敢出來領獎金，就知道民眾不信賴政府可以保護吹哨者。
但新法中，僅規定「公務員」對於檢舉人的身分資料應保密，否則將依法追究刑事及行政責任，法條規範太過模糊。
修法前夕的「立法院黨團協商結論」第十項可見，原本欲給吹哨者的保護與獎勵，還有更詳細的規定，如「受理揭發機關、單位及權責機關對揭發者之姓名、年齡、住居所等足資辨識其特徵、身分之資料及揭發內容應予保密」，但最終修法結果卻僅將這些規範寫入行政規則，位階不夠，留給不肖公務員太多洩密的空間。
「各地方政府當然都有跟廠商關係良好的基層公務員，你規定越模糊，他越好通風報信。」不願具名的資深稽查人員表示。除非原本就抱著徹底離開食品業的打算，否則幾乎沒有員工願意出面檢舉黑心老闆。
缺憾二：食安基金無代償制
新版《食安法》雖然有助於消費者提起團體訴訟，但尤美女不滿地指出，團體訴訟曠日廢時，勝訴之後，又必須面對廠商可能已倒閉、消費者債權排序在銀行之後的問題，恐怕求償無門。
立委提案中原有設計機制，在消費者團體訴訟勝訴後，食安基金即預先代墊、賠償給消費者，再由國家向廠商進行代位求償，最後卻未能通過。
缺憾三：食安資料庫仍不足
林口長庚毒物科醫師顏宗海批評，食安受害者認定不易，台灣相關研究又不足，甚至也很難證明對人體造成的傷害，「法條是訂得很漂亮，但恐怕是英雄無用武之地。」
吳焜裕說，與其不斷修法提高罰則，他建議仿效日本的食品安全委員會，再修法組成獨立「食品安全委員會」；另向美國看齊，建置食源性疾病調查資料庫。
前者以獨立專責機構，防範黑心產品於未然；後者則可以透過長期的研究，釐清食品中的有害物質究竟對人體造成多少傷害，「否則《食管法》再怎麼修，廠商只要主張消費者的慢性疾病與他無關，一切都是枉然。」
