食品安全問題除了製造商、農民責無旁貸外，政府管理法規的混亂更是一大問題。《今周刊》發現，現行農藥殘留檢驗方法和標準的法規，竟同時存在兩套機制和標準，令人無所適從。
《今周刊》於九三一期特別企畫《一杯茶 竟含二十二種農藥》中，揭露了市售罐裝茶、茶包有農藥殘留超標及支數過多的現象，凸顯台灣在農藥管理上的缺失；然而除了農民、進出口商、製造商責無旁貸外，本刊發現，政府主管機關在農藥法規的紊亂，更是造成管理漏洞的一大元凶。
台灣的農藥殘留檢測和容許標準，在過去一年多來，都遵照衛生署（現為衛福部）於二○一三年元旦公告施行的食品中殘留農藥檢驗方法─「多重殘留分析方法四」來執行，直至今年，衛福部將辦法更新為「多重殘留分析方法五」，並於一四年七月三日生效。
但問題是，在新制上路兩個多月後，衛福部直到九月十二日才宣布要將舊制──「方法四」預告廢止，但至今仍未公告廢止日期，造成了這段期間新舊法規同時並行；也就是農藥檢驗方法，目前同時存在著兩套機制。更嚴重的是，由於「方法四」和「方法五」除了檢驗方法不同，對於農藥殘留的容許標準也略作修正，也因此造成目前有不少農藥的安全容許值竟然是兩套標準。
對此，衛福部表示，「如果用『方法四』檢驗就以『方法四』的容許值為標準；反之用『方法五』驗，就得遵照『方法五』的殘留規定。」但這項說法卻產生極大的矛盾和爭議，以農藥芬普尼來說，在「方法四」中，規定殘留在茶葉容許值為○．○○五ppm，但「方法五」卻修正為○．○○二ppm，假設某項茶產品若用兩種方法都檢出○．○○四ppm，到底合不合格？除了令人無所適從，更容易讓有心人士大鑽法律漏洞。
更大的問題是，據了解，目前台灣民間的檢驗機構（如SGS）皆未取得「方法五」的認證；換言之，所有的民間實驗室都不具合法資格可以用「方法五」來執行檢驗，惟有官方的農委會農業藥物毒物試驗所才能合法執行；如此一來，一旦舊法退場後，將出現沒有民間機構可以執行檢驗農藥的空窗期，而藥毒所接單的胃納量，勢必無法全然接收來自全台的檢驗案件。
儘管衛福部表示，「『方法四』預計在十一月底正式廢止，目前已加速審核民間檢驗機構關於『方法五』的認證資格，不會有空窗的問題。」但據了解，實驗室要取得認證須經文件、人員、設備等層層稽核，衛福部能否在不到一個月內完成認證，仍待觀察。
