為落實大學自治精神，《大學法》規定國立大學校長由校方自行遴選；教育部卻仍以行政命令規範，必須有兩位以上合格候選人接受遴選。這項規定美其名是讓遴選委員能有多元選項，實務上卻使校長遴選流程更為複雜。
現任政治大學校長吳思華任期將於今年八月一日屆滿，校方自去年十月組成遴選委員會，展開新任校長遴選作業。然而，花了大半年走完流程後，只有政大財管系教授周行一通過遴選委員審查與學校代表過半數同意，不符合教育部規定的「遴委會應就兩人以上之合格候選人審議，始得選定校長人選」；遴選作業因此得從頭來過，待產生其他「合格」候選人後，遴選委員會才能從被保留資格的周行一與其他人選中，挑出下屆校長。
教部規定候選人須兩位以上
由於新任校長無法如期在八月一日前產生，政大在六月底的校務會議上通過決議，由吳思華及其團隊代理校務至新任校長就職前一日，以免出現行政空窗。但令人疑惑的是，為什麼一位同時獲得遴選委員與全校代表過半數認可的候選人，不能直接當選校長，卻必須苦候第二輪遴選產生的「挑戰者」出現？
一切都得從歷史說起。早年的國立大學校長，皆由教育部直接指派，但解嚴以後，社會要求實現「大學自治」、「校園民主」的聲浪不斷，教育部於是開放國立大學先自行遴選二到三位合格的校長候選人，再呈報教育部部長圈選最終人選的「二階段校長遴選」。但教育部部長擁有最終決定權，仍屢屢爆出政治干預學術的爭議。
二○○五年十二月，立法院三讀通過《大學法》修正案，將國立大學校長改為一階段遴選，由學校代表、校友與校外公正人士、教育部代表組成的遴選委員會確定人選後，只要資格符合，教育部就必須予以聘任；教育部也授權各校自行設計遴選流程，試圖將政治干預降到最低。唯一的限制是，教育部以行政命令《國立大學遴選委員會組織及運作辦法》規定，遴選委員會必須在兩名以上合格候選人中選出校長。
為何制定這項行政命令？教育部人事處長張秋元解釋，當年修法將國立大學校長遴選改為一階段，就是為了落實校園民主制度，將校長人事全權授與遴選委員會處理；以行政命令規定遴選委員會必須在至少兩名以上的合格候選人中挑出人選，則是為了確保遴選委員擁有充分選擇權，「如果只有一個人，不就等於強迫當選？」
但這樣的說法顯然並不完全正確。以政大遴選流程為例，去年十二月公開向外徵求校長之後，先由遴選委員對報名人士進行資格審查，隨後主動邀請符合資格的十一人到校座談，交流治校理念。遴選委員充分交換意見後，在三月二十三日經投票表決，「推薦」得票過半的三人成為正式候選人。
三名候選人在四月分別以公聽會向教職員及學生說明治校理念，隨後由七五三名學校代表，在五月十三、十四日對三人行使同意權。獲得過半同意票的候選人，即可由遴委會做最後遴選。由此可知，三位正式候選人，無論經歷、背景、治校理念都已獲得過半遴選委員認可，所以就算只有其中一人獲得半數校方代表同意，進入最終遴選階段，也不應稱為「強迫當選」。
但因為三位候選人僅有一人獲過半校代同意票，根據遴選辦法，政大必須保留已通過同意票門檻的候選人資格，並由遴委會再次對外徵求參選人、審查資格、交流治校理念、舉辦公聽會、行使同意權；直到候選人名額併同原獲保留的候選人達兩人以上，再由遴委會決定新任校長，最快也要等到十月才能完成遴選。
落實大學自治 教部應放手
落實大學自治 教部應放手
「這項規定明顯背離了民主機制。」長年關心大學自治的政大社會系退休教授顧忠華直言，一位同時通過遴選委員審核，並且獲得過半數學校代表同意的校長候選人，竟然無法當選校長，其中道理令人費解。「大學校長必須由教育部圈選的時代看起來已經過去了，但這類的『威權遺緒』卻還沒完全消失。」
但張秋元堅持，遴委會應從兩人以上合格候選人中選定校長人選的規定並沒有問題，政大無法在第一時間選出新校長，應該思考修改校內遴選流程，而非行政規範。
然而，實務上國立大學的校長遴選辦法不得牴觸行政命令，因此若教育部不修改法規，校務會議並無法片面改變現狀。政大傳播學院院長、政大校長遴選委員會發言人林元輝表示，遴選委員會只負責執行遴選作業，無法針對制度發表意見，若有人認為遴選制度需要修正，也應交由校務會議討論；但本屆遴選已經有周行一出線，仍須循同樣規則遴選其他候選人，才符合公平原則。
政大在七月十五日公布第二次徵選結果，共有九人遞件參選，遴選委員會必須重啟審查，預計九月再次推薦合格候選人。
儘管各界對於大學校長是否應由普選產生仍未有共識，但政大校長難產，確實顯見現行的大學校長遴選制度存在缺陷，未來難保不會再有其他學校發生類似狀況。既然教育部已願意尊重大學自治，釋出校長人事權，又有什麼理由以一紙行政命令緊緊箍住校長遴選流程，而不讓校方與遴選委員會以更靈活、有效率的方式，找出治校人才呢？
