台灣一年花費超過三千億新台幣資金投入研發領域，政府、學校，甚至企業大舉燒錢搞研發的結果，卻換來每年必須再付出一千多億新台幣的專利金，向其他國家購買專利。到底是台灣投入科研的經費不及國際水準？還是資源配置出了問題？
智財專利布局差，問題究竟出在哪裡？專家學者普遍認為，國內科研相關投入經費已不算低，但就官方所付出的科研預算來看，從開始的資源配置到資金運用，其實已經為這樣的結果埋下伏筆。
據二○一二年預算，政府投入的科研預算約千億元，加上教育部獎勵頂尖大學所編列的「五年五百億元」計畫，官方一年投入科研的經費早已超過千億元。
事實上，近幾年國家財政吃緊，但官方投入的科研預算的確呈現一路成長。根據統計，近十年來，國科會科研預算成長幅度達三三％，不僅高於其他部會，也遠高於整體中央政府總預算（成長幅度約二成）。
錯誤一：淪為預算替代品
表面上看來，台灣科研經費投入金額已不輸先進國家，但成效與實質對產業的貢獻上，落差相當大。台大國發所教授劉靜怡直指關鍵原因，「目前科研預算有很大比率是拿來『養人』，但這些常態性的人事費用，根本不該放在科研經費裡。」
根據統計，一二年科技發展計畫經費編列約九四一億元，除了占大宗的國科會、經濟部、中研院、衛生署、農委會、教育部外，國史館、原民會、體委會、客委會、陸委會、僑委會、勞委會、新聞局、人事行政總處、法務部甚至故宮博物院、研考會、公共工程委員會等也都編列金額不等的科研預算。
其中，包括原民、客委、僑委、體委、人事行政總處、陸委等六部會，都是近年科研預算開始增加後才陸續加入分食大餅。而在一二年，連「保訓會(公務人員保障及培訓委員會)」也加入朋分行列。
相對於上述各單位近年陸續增列科研預算，與產業關聯度最高的經濟部，分配到的科研預算卻一年比一年少，○九年仍有二九三億元預算，至一二年，則已降至二七一億元。與產業關聯度低的單位愈編愈多，核心的經濟部卻愈編愈少，凸顯政府科研預算資源錯置的根本問題。
立委鄭麗君說，從保訓會也可以分配科研預算，就可看出科研經費早已淪為其他部會預算不足時的救火隊。台經院三所所長林欣吾也提出評論：「科研預算不是補貼，科研經費是要投資在對產業及生產力有貢獻的事情上，不是救急救窮的費用！」
除了資源錯置問題之外，科研經費的運用也必須檢討。
錯誤二：淪為學者升等籌碼
造成上述結果的原因，在於國科會評估經費發放的關鍵績效指標（ＫＰＩ）流於表面。近年來，學者或教授要向國科會申請科研經費，前提必須是在國際論文期刊上的曝光度夠高，這樣的ＫＰＩ，造成許多學者把「寫論文上國際期刊」當做研究目標，進而形成惡性循環：有足夠曝光度就能申請經費，經費用來寫論文維持曝光度，才能繼續申請。
當科研經費淪為「寫論文上國際期刊」的資源，造成的後果就是「台灣科研成果與產業連結度太低」，台大電機系教授、現任國家實驗研究院院長陳良基，以數據佐證這樣的說法！
從近年各大學「育成中心智財收入」及「新創公司家數」等兩個指標來看，就能清楚看見台灣科研預算虛擲的結果。根據教育部大專院校產學合作績效評估調查顯示，○九年政府資助國立大學的研發經費高達二六八億元，當年度所創造的智財總收入才三億元，投報率為一．○二％，遠落後於美國六．七％。
至於在新創公司部分，○九年進駐或未進駐各大學育成中心，有技轉新創公司共三十九家，這與○八年美國各大學孕育有技術授權的新公司達五九五家相比，「正足以凸顯台灣科研成果與產業鏈脫鉤。」陳良基說。
為改善現狀，經濟部已初步確定科研預算運用的調整方向，未來提出申請的計畫，若能夠做完整的專利布局規畫，將優先處理。林欣吾認為，經濟部的調整方向正確，但就像政府長期以來許多產業升級轉型計畫一樣，最怕的就是空有口號，沒有執行。
為重建台灣智財布局，經濟部無論如何已經跨出一小步，但國家科研經費究竟應該怎麼重新配置與運用，其實需要更宏觀的全盤調整。
