二○一二年之後，原能會將改制為核能安全署，不僅調降組織層級，還把一千名核能研究人員轉移到其他部會，如同拔掉利爪的獅子，台灣核能管理是否能落實，令人擔憂。
只剩不到三百天，有五十六年歷史的行政院原子能委員會，就將走入歷史。
因應《行政院組織法》修正，自二○一二年元旦起，原能會將裁撤，併入科技部，改名為科技部核能安全署。這個看似微不足道的政府改組，其實牽涉甚大，因為台灣唯一具有監督管理核電廠功能的單位，將在這次改組之後，失去監督的武器，台電底下的核一到核四廠，將會變成管不動巨獸！
現有的原能會內部組織設計，其實處於一個尷尬的對立狀態。一方面既有執行核能安全管制、輻射防護及環境偵測，以及妥善規畫放射性廢棄物管理，以確保核能應用安全的管制監督責任；另一方面，卻也有積極推動原子能科技發展應用的功能。
例如有關核廢料最終處置的問題，二十年來始終原地踏步，原能會主委蔡春鴻就認為，這是中央部會權責不清的問題：「原能會有責無權，經濟部有權無責，於是問題都丟給台電自己去解決。應該藉著改組的機會，讓政府組織中同時有對等地位的管制機關和核能發展機關。」也就是核能安全署的地位應該和經濟及能源部平行，各自肩負核能管理與推動工作。
因此，蔡春鴻上任之後，就利用改組機會，積極推動核能管理和發展的劃分，他在核能研究所四十周年所慶時就公開表示：「未來原能會將把管制和發展的權責做一個釐清，使核能安全署回歸到一個獨立的管制機關，而發展的政策就必須由經濟及能源部來承擔。」
但立意良善的改組，卻未必是正面幫助，問題出在核能安全署的地位不升反降，無法與核能發展機關達到平衡，以及沒有配備足夠的研究支援人員。
問題一 從二級單位變成三級單位
「核能安全署」未來只是科技部下屬機構，簡單說，就是從現在的二級單位變成三級單位，但改組後的「經濟及能源部」，卻仍是二級單位，雙方地位不對等。
原能會內部人員表示，雖然從法理上來講，三級單位的核能安全署，還是可以依法監督二級單位的經濟及能源部，以及所屬的台電公司。
但清華大學核工系教授白寶實透露：「核災沒發生之前，原能會根本叫不動其他部會，召集會議時，就隨便派個人來應卯。」調整組織之後的核能安全署，以三級單位的身分，更加難以發揮監督的力量。
白寶實認為：「監管核能，要靠政府和原能會，要有力監管，就要提升原能會管理位階，不能併入科技部當中。」
問題二 核能管制少了研究人員支援
原能會內部也透露，降級為三級單位之後，最大的問題是員額的升遷和敘薪職等會受到影響，尤其核能研究需要一定的技術知識，不能招聘一般公務員，如果只是三級單位，能夠招聘的人力素質必然受到影響。
原本原能會底下有三個附屬機關，分別是核能研究所、放射性物料管理局、輻射偵測中心，改制成為核能安全署之後，核能研究所將切割出去，劃歸到經濟及能源部，換言之，原本作為原能會監管技術基礎的一千名研究人員，將成為其他單位編制人員，核能安全署只能和科技部共用三十餘名研究人員。
蔡春鴻也承認：「如果核研所隸屬科技部，還是能找到一個機制來維持核研所過去對管制工作的支援。」但核研所未來將改隸經濟及能源部，核能安全署將不再有管制工作和核能技術的支援。
以目前原能會一名檢查員的養成，就需要二年，到職前半年，都是在內部閱讀訓練手冊和文件，更何況核能管制和核能防護的專業人員，非一朝一夕可以養成。原能會內部人士指出：「核能監管需要高度的技術，如果沒研究單位支持，核能安全署將淪為官樣的監督單位」。
從原本的二級單位降為三級單位，加上千名的研究人員被移轉到經濟及能源部，負責核能安全管制的核能安全署，如同被拔掉利爪的獅子。
以美國為例，美國的核能管制委員會（ＮＲＣ），就是個獨立機構，只向國會負責和報告，而台灣的原能會，未來改組為核能安全署之後，層級地位卻反而調降，還把主要的科研人力移轉到其他部會，這樣的組織改造，不見行政效率，卻先自廢監督和管理的能力，對台灣發展核能恐怕埋下更大的隱憂。
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