馬總統上任一百多天，幾乎不曾直接打電話給閣員，有任何想法與意見，都是打電話給劉兆玄；想找官員問事情，也是劉兆玄帶著相關人員到總統辦公室，避免指揮體系紊亂，但結果是外界對馬政府的信心搖搖欲墜。
「大家這陣子辛苦了，很努力，但全民期許這麼高，還是需要再努力！」九月十日傍晚，在總統府二樓的會議室中，總統馬英九簡短地慰勉劉內閣財經團隊後，搶救經濟的最高「決策」會議正式啟動。
總統加持 老蕭重出江湖
看得出馬英九刻意要凸顯消聲匿跡多時的蕭萬長，每一位相關閣員提出報告後，蕭萬長不需「請示」馬英九，就可直接詢問閣員。
馬英九幾乎都沒有發言，他攤著那本已經「很有名」的小筆記本，閣員形容，就像一個最用功的學子，專注地記下所有的發言重點。
總統不多言，劉兆玄也沉默，偶爾提問一些細節，除了氣定神閒的央行總裁彭淮南外，從邱正雄以降的閣員，「像是面對論文口試一般，戰戰兢兢。」
「大會考」快三小時終告尾聲，勤記筆記的馬英九做總結很簡短，大意是：「好，大家就去落實，基本面最要緊，過程中，不要在外邊洩消息，讓人民覺得我們在動搖。」眾閣員於是收起文件，各自努力，同時馬英九也授權蕭萬長，在不違體制的前提下，介入行政院的財經政策。
這場會議，正是這一百多天新政府決策模式具體而微的寫照，都「很客氣」，相敬如賓，會而不議、議而不決。馬英九傾聽、蕭萬長提點、劉兆玄旁聽，這一場財經會議，參與者的層級夠高了，但是對振興台灣經濟能有多少幫助？答案卻很模糊。
但馬英九是個倔強的湖南騾子，他堅持用自己的方式「尊重體制」，不願意像陳水扁時代一樣，讓官邸與總統府辦公室「門庭若市」，力求「自制」；很少和過去的選舉和政見研擬團隊，特別是那些「不入府、不入閣」的競選團隊見上面。
因這樣的情況，總統府副祕書長高朗與一些府內文官，就變成總統對外的「耳目」，許多人想對總統建言都找他們。高朗等人倒也很盡責與本分，通常絕不會越權承諾什麼，只是規規矩矩地寫成公文呈報給馬英九。
不過，馬英九雖然不會到處找人聊天，但每日接收的資訊還是不少，且來源多元，各說各話，問題是，沒人敢也沒人可以幫他統整。
這種模式，讓許多人很不能接受。一位馬英九敬重的專欄作家，曾公開批評馬總統「二線總統」的作法不對。馬英九看了，特別請這位專欄作家進府懇談，從中午談到下午兩點多，但最後卻不歡而散。
因為該專欄作家針對馬英九的領導模式提出諫言，一再勸他，當領袖就該「身先士卒」，「授權」不能當藉口。但馬英九一再反駁，他認為陳水扁的失敗就是凡事都管、都要決定，馬總統自信以他和劉兆玄的默契和互動緊密，假以時日，必定可以順暢讓施政運轉。
施政被批 總統深感委屈
對於各界對施政的抨擊，馬英九深感委屈，他認為各界「太急了」！馬英九提出他當台北市長任內的納莉風災、邱小妹事件，甚至「特別費案」被起訴時的各界焦慮為例，他認為，最後一定可以證明「馬英九模式」是對的。
會後，專欄作家出了總統辦公室大門，一位女文官遞了張名片給專欄作家，還特別寫上行動電話號碼，告訴專欄作家，以後有意見，可以透過她轉達給總統，不要動不動就公開發言，這樣對總統威望不好；這席話讓專欄作家火冒三丈，從此不想再見馬總統。
馬英九「二線總統」的性格同樣也表現在「調降證交稅」事件。
早在執政黨與財政部長李述德放出調降證交稅方向前，馬英九與蕭萬長、劉兆玄在六月間已分別交換過意見；當時三人都認為，調降證交稅只是短線操作，對振興經濟沒太大意義，大致的結論都是，「原則上，可當應急政策工具，但未必有效。」
可是事隔三個月後，九月三日國民黨黨中央開始有中常委發動「調降證交稅」議題。列席國民黨中常會的行政院祕書長薛香川與政務委員蔡勳雄，在聽完國民黨立委與中常委連番炮轟後，回到政院後立刻向劉兆玄回報；劉兆玄向相關閣員表示，「現在是搞專業的時代，不必被他們弄亂自己的步調。」
但國民黨中常會並沒有就此罷手。
九月四日，工商團體發難了，還有立委說和總統府打過電話，馬總統「可能贊成」。五日，行政院開始召集幕僚再度研商，最後發現「必須經過國會修法」，行政院無法以行政裁量直接調降證交稅，國會至少須等到九月十九日才開議，邱正雄等人向劉兆玄回報，還是以調整體質為上策，劉兆玄也要求經建會加緊推出因應景氣振興經濟方案的「十全大補帖」。
同時，財政部長李述德在九月八日股市盤中先講出證交稅將朝降稅方向的談話，當天下午就被行政院修正，台股隔天大跌；最後行政院在十一日晚間宣布證交稅減半徵收半年，但過程已讓馬英九與劉兆玄的施政威信元氣大傷。
觀察馬英九上台後，全台只有自行車產業一枝獨秀，因為在這個不景氣的年代，又不知道台灣要往何處去，於是人人瘋自行車健身，先把健康照顧好，但卻失去了讓人拚命的夢想。
馬英九身為總統，卻不能提出有吸引力的願景，讓民眾在不景氣中有信心，加上劉內閣反應又老是慢半拍，這也就難怪馬總統上任百日後，竟然被名嘴諷刺為，「走了個壞蛋，來了個笨蛋！」
