陳水扁總統與前行政院副院長邱義仁的關係，很像「水門案」中的美國總統尼克森與國務卿季辛吉。不同的是，季辛吉因尼克森而不朽，邱義仁卻是落得官司纏身、妻離子散的收場。
當時擔任國安會祕書長的邱義仁，是保護陳水扁政權最後的一根柱子，而透過外交掮客金紀玖居中牽線的巴紐建交案也正在進行。此時的邱義仁對陳水扁的重要性，就像季辛吉對尼克森的重要性一般。
前立委林濁水就表示，扁第一屆任期曾想接國統會主委，邱義仁全力反對，這是兩人最嚴重的一次衝突。自此之後，他沒有在新潮流碰到過邱義仁，但邱的所有作為都扯上新系，讓人無以言復。
季辛吉是當代國際政治搞祕密外交的能手，當年他假借肚子痛，鬧失蹤，實際上是密訪中國，促成美中建交。許多政治人物東施效顰，也想成為季辛吉，卻往往以身敗名裂收場。
熟悉邱義仁或曾與邱共事的人都指出，邱義仁一向扮演軍師的角色，執行從來不是他的強項；而且他過去不碰錢、不碰人事，自然犯不了大錯，就算犯錯也看不出來。但是巴紐案不僅涉及金錢，還涉及用人，因此邱義仁錯一次就摔得粉身碎骨。
巴紐案會讓邱義仁從權力的高峰摔下來，還有一個原因，就是邱義仁的個性，曾經擔任國安會副祕書長約三年多的張榮豐所說：「邱義仁根本不信任制度。」而曾與邱義仁共事的人士則指出，「喇叭（邱義仁綽號）不相信制度，也不相信開會，他喜歡單線領導，方便保密；他也不會用電腦，也不喜歡做筆記，不留紀錄，所有的資訊都放在自己腦袋裡，但一個人的腦子哪能放得下所有的國家機密。」
邱義仁這種不留紀錄或備忘錄的習慣，即使在負責對美工作時依然如此。有一回他奉陳水扁總統指示前往美國溝通，回國後，口頭向總統報告與美國溝通結果，卻沒有任何書面或文字報告。一段時間後，總統對於與美溝通內容有些遺忘，回頭問邱義仁也問不清楚，只好由馬永成再跑一趟美國並做成書面報告。
在擔任國安會祕書長期間，很多外交專案，邱義仁也都習慣單線操作。他資訊很多，知道的內情很多，但執行力差，下達的指示都沒有後續追蹤控管，也沒將有用的資訊化為具體的書面情報或行動方案。
邱義仁在國安會的同僚就指出，「邱義仁除了不喜歡做筆記外，也不相信文官。」李登輝主政時期，由台綜院與美國凱西迪公關簽約，成功推動李登輝前往母校康乃爾大學演講而轟動一時。但○三年因國安密帳風波，台灣中止與凱西迪公關公司合約，改與另一家公關公司簽約。這家公關公司在業界風評很差，但邱義仁沒有徵詢相關人士的意見，就直接跑到美國與這家公關公司簽約，完全不符體制，而且也不問相關人士的意見。簽約後，台灣委辦的任務都沒有達成，沒多久，就和這家公關公司中止合約。這又是一個邱義仁不信任文官、獨斷獨行的例子。
邱義仁不重視細節，不管追蹤考核，不信任文官體制的習性，配合一個外交新手部長黃志芳，加上非外交系統出身的黃志芳機要參事張強生，終於在巴紐案鑄下大錯。
或許是因為黨外時代的種種經歷，讓邱義仁變得多疑，進入體制後，卻不相信體制。不太信任他人、沒有太多朋友的他，和外界也沒有太多聯繫，只喜歡看書、聽聽像披頭四之類與爵士音樂，儼然是個「宅男」。
性格使然，邱義仁也特別喜歡單線關係，因此需要、也喜歡認識一些特別的人。例如，前越共總書記胡志明的孫女來台旅遊，就有中間人會幫忙介紹給邱義仁認識，他也認為這對台越關係可能有用處；另外像前竹聯幫幫主趙爾文與邱義仁也不陌生，邱義仁可以從他口中聽聽外面的瑣聞軼事。認識這些「奇人異士」滿足邱義仁愛搞祕密的習性。
邱義仁的同僚指出，「邱義仁喜歡小祕密、小資訊，卻忽略了公開的情報，金紀玖就是個例子。」
金紀玖在陳水扁擔任台北市長時，先認識陳水扁早年的國會辦公室主任陳淞山，由陳再認識柯承亨等市府「童子軍」，最後在柯介紹下，邱義仁認識了金紀玖，甚至還信任金紀玖。
外界都知道金紀玖充其量只是劉泰英身旁的客卿。劉泰英在擔任中華開發工銀董事長時，金紀玖曾經想藉由劉泰英在開發的影響力，讓開發投資他的力甲營造；案子送進當時開發工銀總經理胡定吾手上時就石沉大海，劉泰英也沒多說什麼。
《文茜小妹大》主持人陳文茜則指出，「金紀玖是個講話很白的掮客，他曾主動跑來告訴我：『泰公很欣賞妳，妳出個名，和我合作，我們可以拿到很多工程。』」陳文茜毫不客氣指出，像金紀玖這種人，怎麼可以相信、可以用！但邱義仁就是用了金紀玖。可笑的是，邱義仁自進入政府體制後，為了「保密」，就與吳乃仁等老友保持距離。其實金紀玖透過中鋼董事長林文淵的安排下，曾三次邀宴同樣是新潮流創流大老、前證交所董事長吳乃仁。如果邱義仁肯向老友吳乃仁打聽一下，或許也不會被騙到身敗名裂。
從邱義仁到黃志芳，當發現台巴無法建交時，黃志芳居然派自己的機要張強生帶著金紀玖出國想把錢拿回來。當時邱義仁或是黃志芳若將金紀玖留在國內，雖然金錢外交的醜聞會爆發，但不至於被騙十億元，乃至於鬧出黃志芳在三月間就拿到吳思材給他的分贓清單，卻等到台北地檢署傳訊時才交出來，顯然黃志芳對邱義仁的操守已不信任，想拿這份分贓清單自保。這也顯示從邱義仁到黃志芳都想「私了」，蔑視了體制與國法。
邱義仁曾被稱為是民進黨內最厲害的情報頭子和大內高手，被形容為心思細密、頭腦清楚、行事低調、行蹤詭祕，不愛錢、不爭功，臉上習慣性微笑的背後，似乎永遠藏著陰謀，渾身上下都是祕密和機密。只要邱義仁一出手，就是高招、奇招、賤招；例如三一九槍擊案，許多藍營人士深信就是邱一手策畫。像他這麼聰明的人，怎麼可能被金紀玖這種掮客騙了十億元？甚至落到可能坐牢的下場！
說到底，其實，邱只是五十八歲的「宅男」。
