邱義仁重返總統府祕書長位置，旁人都嗅出了陳總統在蟄伏一段時間後又靜極思動了；打選戰是「割喉割到斷」，打外交則是「遍地烽火」，邱義仁這三個字正象徵著腥風血雨的政壇氛圍要來了。
正當國民黨主席馬英九陷入首長特別費案泥淖動彈不得，同時又面對立法院長王金平挑戰之際，原國安會祕書長邱義仁第二度擔任總統府祕書長，也象徵陳水扁總統正式開始對二○○八年總統大選進行部署。
崇尚理性 個性不浪漫
對陳總統而言，後扁時代最重要的有三件事，第一是安全，因此陳總統準備卸任後在高雄市購屋落籍。第二是確保影響力，力保民進黨繼續執政，這包括○七年的立委選舉與○八年的總統大選。第三是平衡，平衡民進黨內二大巨頭謝長廷與蘇貞昌，同時不對陳總統心生怨懟，因此必須讓兩人對扁雖不滿意，但可以接受，以避免連戰在李登輝卸任後清算的情勢在陳總統身上發生。這也是邱義仁接掌總統府祕書長最重要的任務。
邱義仁曾形容自己是「古典主義者」，即是以理性為基礎思考，性格並不浪漫。在政治上，邱篤信基本盤，認為一時的事件不會改變整個選舉或政治大形勢，只要他設定了主題，就不會改變，堅定地往目標走去。
在這個過程中，他的韌性非常驚人，有人形容他是「對敵人極有耐心，對朋友毫無耐性」。堅定、冷靜的性格，使他往往扮演民進黨在混亂中方向指引者的角色。而陳總統在處理趙建銘、吳淑珍與國務機要費案等政治危機的過程中，堅守深綠基本盤，忍耐等對手犯錯的策略，就可以看得到邱義仁的味道。
雖然外界一直以為邱義仁是陳總統最核心的幕僚長，但陳總統並非事事和邱義仁商量。以二○○四年總統大選前為例，陳總統在台中縣造勢大會宣布要推動公投，但邱義仁卻是在宣布前五、六個小時才被告知，邱義仁能做的只是幫忙向美方解釋。
儘管陳總統與邱義仁不是長年肝膽相照，為何邱義仁不曾在扁最弱勢時棄之不顧？民進黨內高層指出，陳總統和謝長廷、蘇貞昌最大的不同，就在於他不記仇、肚量比蘇、謝都大。因此邱義仁曾失勢，卻不曾離開。
事實上，當扁嫡系立委高志鵬，去年底對新潮流系口誅筆伐時，陳總統反而曾約了新系大老吳乃仁進總統府長談好幾次，只是兩人對外都不講。對吳乃仁尚且如此，更何況邱義仁還曾為了保扁、經濟西進和吳乃仁爭得面紅耳赤，當扁要為○七年的立委與○八年的總統選舉操盤做準備，邱義仁自然也就浮上台面。
選戰拒溫情 要割喉割到斷
在兩次總統大選中，邱義仁職稱雖然只是副總幹事，卻實際扮演選戰總幹事的角色。邱義仁操盤到底有何特殊能耐？一名兩度參加總統大選輔選人士指出，邱義仁厲害之處，不在於選舉的精算，在於他過人的冷靜與理性。這種超越常人的冷靜，讓他在遭逢選舉形勢巨變時，仍能牢牢掌握選舉方向及節奏。
二○○○年總統大選時，陳水扁的選情一開始極低迷，接著又碰到九二一大地震，更讓民進黨的能見度降到最低，競選總部相當焦慮。不少人建議總部做協助災民的軟調工作，將競選主軸放在「溫暖」上，但邱義仁力排眾議，堅持拉回政治主軸，藉由雲林縣長補選一役，重新打出清廉改革訴求，炒熱政治氣氛。
對改變二○○○年選舉的宋楚瑜興票案，當時民進黨總部也拿到興票案資料，總部為此反覆開會討論，但邱義仁堅持不拿興票案出來打。當時他認為，民進黨的策略是讓連宋互咬，統派才不會形成棄保，若民進黨出手打宋，反而便宜了連戰。且他研判國民黨手中一定也有興票案的資料，連陣營鐵定「凍未條」。
任憑眾人說破了嘴，邱義仁堅持不應由民進黨開興票案記者會。相關人士事後認為，興票案證據如此明確，當時宋的氣勢又如日中天，邱義仁能忍住不出手，的確需要過人的定力。
○四年總統大選前，連宋合讓國親陣營士氣旺盛，民進黨內一片愁雲慘霧。邱義仁卻有獨到的觀察，他將這場選舉定位為「實力相近的割喉戰」。依他分析，二○○○年，連加宋得票是六成，民進黨約四成，基本盤是六四比，但前總統李登輝投入約可帶來五％的選票，選舉基本盤已成為「五五比四五」，民進黨想要勝選，必須突破五％。
邱義仁當時四處解說他的理念，希望鼓舞黨內士氣，並據以擬定選舉戰略。當邱向記者解釋如何進行「五％割喉戰時」，有記者問「萬一割不動，或割不到五％呢？」他立即迅速回答「那就割喉割到斷！」這句腥風血雨的名言，也為○四年總統大選下了最佳注腳。如今陳水扁總統打出邱義仁這張牌，也正象徵著腥風血雨的選舉要來了。
