雖然連戰與宋楚瑜搭檔競選總統已是定局，國民黨內的本土派與宋楚瑜之間卻仍然在磨合階段；而且是摩擦的時候多，合作的時候少。每次摩擦冒出的火花，儘管看似短暫而且並未燎原，可是都對國親合作產生負面應力，不斷悶燒的火苗也讓民進黨可以借力使力，持續擴大攻擊國親聯盟是外來政權復辟，專門打壓本土勢力。
宋楚瑜與國民黨本土派之間的衝突，不僅有族群的結構性因素，還有彼此爭取選票的摩擦，再加以綠營的搧風點火，自然欲小不易。
為了立法院臨時會審查公投法時，部分親民黨人士對主持議事的院長王金平「出言不遜」，甚至傳出有親民黨立委與高層揚言要罷免王，先是行政院長游錫堃見縫插針，聲稱是宋楚瑜在幕後主導，接著國民黨本土派立委也發難，抨擊親民黨惡整國民黨本土派代表人物的王金平，中南部選民十分不滿，國親合作也將受到影響。
宋楚瑜咄咄逼人 王金平刀光劍影
由於事態擴大，宋楚瑜上周雖然親自拜訪王金平，但這場本來應該是相互作球給對方以儘速化解糾紛的會面，卻因為一些帶頭批評王的親民黨立委拒絕出席，再加上宋楚瑜當天言語之間咄咄逼人，話語之中總讓人覺得有藏不住的機鋒，把平時脾氣相當好的王金平也激得忍不住刀光劍影了起來，場面有些詭異，一些在場者還一度擔心狀況失控，大家都捏了把冷汗。
宋楚瑜與王金平之間，本來就有些政治上的矛盾。例如，王金平與李登輝的關係向來密切，即使是李離開國民黨之後，兩人還常有公開與私下互動，而李宋關係這些年卻始終在戰爭狀態，因此基於不是朋友就是敵人的政治思維，親民黨方面一直有人擔心王金平是李登輝埋在泛藍陣營的地雷，將在最關鍵時刻引爆。
而且陳水扁三年多前剛上台之際，曾經對王金平、宋楚瑜等在野重量級人物眉來眼去的示好，但後來宋楚瑜為了總統府放出宋求官之說而與扁翻臉，至於扁王之間，卻還是互動頻仍。於是親民黨方面根據自身經驗就更為懷疑，王與綠營的往來必不單純，就算在國親建立政黨聯盟合作平台後，親民黨內還是不時有人對這位國民黨副主席顯露信心不足的眼神。
王金平則認為，自己身為國會議長，為了議事順暢，有些時候不得不降低個人的政黨立場，而且他對國民黨的忠誠經過這幾年的考驗，也與連戰建立了充分的信心與默契，不該對他還有所懷疑。
宋楚瑜重返國民黨 扁、李焦慮
問題是，這種政治上的猜忌，並不是任何解釋或短期就可以化解，更何況宋楚瑜、王金平之間還有某些「個人的恩怨」。
宋楚瑜與親民黨大老、前立法院長劉松藩有十分深厚淵源，親民黨之所以成立，劉也是真正的關鍵人物。但劉松藩與王金平的瑜亮情結，早在兩人還是國會正副議長時期就結下了梁子，劉王爭奪立院院長寶座的幾個回合激戰，宋楚瑜當然都被認為是挺劉的主力，而親民黨與王金平之間的經常性不對盤，政壇也認為恐與劉松藩有關，儘管兩人曾在公開場合作演出哥倆好「一笑泯恩仇」戲碼，卻沒有讓外界的流言因此就平息。
宋楚瑜和王金平的恩恩怨怨，固然是個案，但也相當程度地反映了宋楚瑜與國民黨本土派人士間缺乏互信基礎的狀況。特別是多數本土派與李登輝的關係依舊曖昧，扁政府也有事沒事就向他們拋個媚眼，致使情勢更為複雜。
國民黨高層透露，李登輝與扁政府都清楚看見本土派對於宋楚瑜未來可能重返國民黨之後的權力分配充滿焦慮，所以不時撩撥一下這些本土派，譬如台北縣某位本土型立委的確經由權威管道被告之，只要宣布退出國民黨，就可以準備入閣擔任重要部會首長。雖然大多數本土型立委對扁陣營的策略比誰都明白，不會也不敢輕易跳槽，免得反而沒了退路事小，在綠營更找不到存在價值事大。
本土派牽制 衝突欲小不易
可是，每次只要扁政府略加撩撥，本土派人士還是不免心猿意馬，而且綠營招手的時機又往往與宋楚瑜在國親聯盟中出現強勢言行，或者泛藍內部矛盾升高的時機緊密掛勾，刻意作球給國民黨本土派，為他們在批宋的時候壯膽，幾乎不需要成本就達到深化本土派與宋楚瑜矛盾的效果，使宋楚瑜始終站在本土派的對立面，壓制宋的政治格局。
宋楚瑜並非不知綠營的這項策略，而且以往他也不是沒有與本土型政治人物打交道的經驗，例如在省長任內，就連民進黨籍的省議員與縣市長，都被他安撫得甚為乖順，有些甚至在上次總統大選時還被懷疑黨性有問題，暗中幫宋抬轎。而在國親合作成局後，宋也知道國民黨本土派對他有意見，花了不少心思想改善關係，私下與這些人見面，發揮宋最擅長的人際手腕，有幾位過去反宋的大將也明顯降低了攻擊火力。
但是畢竟宋楚瑜手上並無政經資源，光靠「誠意」並無法真正與本土派建立緊密關係，而反宋又是本土派在國民黨基層還是有一定的選票市場，同時對於國親聯盟「連弱宋強」的不平衡生態，也有某種牽制作用。因此，宋楚瑜與國民黨本土派之間的衝突，非但有族群之類結構性的因素，還有爭取選票的工具性必要，再加以外部力量的搧風點火，自然欲小不易。
