華航空難奪去二百二十五條生命，造成數百個家庭破碎，華航失事率亞洲第一的恐怖紀錄，全台憤慨，連董事長從來不曾至立法院備詢的航發會，蔡兆陽都在民意沸騰下硬著頭皮上場，不管立委對他是冷嘲熱諷還是直接挑釁，他都以一句「不知道自己要負什麼責任」回應，結果在交通部暗示，航發會其他董監事都辭了的情況下，他才被動跟著辭職。
航發會將在六月五日上午舉行董事會，最主要是通過新任董監事名單，「三朝遺老」蔡兆陽將要離開政治圈。據了解，有不少人都拍手叫好，而熟悉航發會運作的人士更指出，這些以高層利益為重的心態，已到達令人匪夷所思的地步。
據了解，在發生空難的前兩日，航發會召開董事會，游芳來竟提出「動議」欲修改章程，讓蔡兆陽的董事長一職成為「有給職」，但監事林全極力反對，與游及部分「護主心切」的董事爆發嚴重口角，在場董事雖知此提議是有強烈的「自肥」色彩，但囿於蔡被視為是總統的人馬及此為交通部提出的議案，明知其欲強渡關山，但只能噤若寒蟬，對外也不願多談。這一點，蔡在立法院接受備詢時也不否認，還對立委說：「這個案子最後還是會通過的」，老實說，他的坦白也讓在場人士皆大吃一驚。
游芳來提議董事長變有給職──林全獨排眾議要求封殺該案
還原事情原貌是，在五月二十三日，華航基金會第五屆董監事召開第九次會議，出席代表共有交通部次長游芳來、航發會董事長蔡兆陽、華航董事長李雲寧、總經理魏幸雄、董事張政雄、陳月霞、郭清江等七位董事，至於先前被「半途」更換董事長一職的張俊彥，及航發會之中的唯二專家之一的黃居正未出席，再加上監事林全共八人參與會議。據了解，會中除例行性報告案之外，重要討論議案包括華航盈餘分配案，依該案，航發會因擁有華航股權約七成，九十年度應可取得現金股利約二至三億元以供運用。
不過，隨後討論議案卻意外演變為一場口角大戰，重頭戲在於議案進入至蔡兆陽主導的「台灣航空訓練中心」之計畫書草案內容修正，其中財務計畫以及將籌備指導委員會改名為指導委員會，由於其內容草率、編排錯誤，引發董事間的議論紛紛，但據指出，由於游芳來展現出「護駕」姿態，多數較無政治色彩的董事選擇噤若寒蟬，只有主計長林全極力反對該案以「包裹表決」方式通過，而與游及蔡兩人開始有言語上的激動討論。
更精采的是游芳來接下來在臨時動議中，提議修改基金會捐助章程，意圖將蔡兆陽原本無給職的董事長制度，變更為坐領高薪的「有給職」董事長。此一動議也獲得華航相關代表的附議，有默契到似乎像是事前曾溝通過，但其他董事們開始議論紛紛，對之前議案表達「異」見的林全，此時再次發揮其「獨排眾議」的勇氣，直言類似重大議案不宜以動議方式提出，再次要求封殺該案，引發數位「護案」心切者幾近當場翻臉。言語一來一往已不像是在溝通，私底下甚至有人以「兩方火拚」形容激辯的程度，雙方最後不歡而散，游芳來等人的「好意」並沒有實現。
但隨後有消息傳出，在案子未能通過下，蔡當晚向總統府相關管道投訴林全的不配合，還有人揣測依陳總統愛護蔡兆陽的程度，林全恐怕被打了相當重的一針！
由於當天現場實在太過精采，消息在私底下漸漸傳開，有立委當場質疑蔡是否自肥？蔡也承認該案是因有人在其他單位兼職有薪水，但也有董監事並沒有其他薪水，因此的確有討論修改成「有給職」，他還說這個案子最後會通過。
歷任航發會董事長均無支薪
這個案子之所以引起爭議，主要是華航基金會自成立以來，捐助章程絕少變更，該會基金因擁有華航股權逾七成，規模總額逾三百餘億元，且不像政府其他單位必須受到立院監督，因此若任意變更章程中以維持基金穩定為主要目的的設計機制，則非但可能因人設制，更可能直接影響其所投資的最大事業體｜｜華航公司的經營，這也是航發會一再被質疑介入華航人事及管理的重點。
且歷任包括董事長在內的董、監事均為無給職，即使是任期中爭議最大的前航發會董事長徐立德，也不敢動變更章程的腦筋，而前董事長張俊彥更是堅守無給職分際，連車馬費都拒領，數次為基金會出國考察也都是自費前往，二十萬元的特支費絕少使用。
據熟悉航發會運作者指出，修改章程等重大議案竟然是由現任交通部次長游芳來主動提出，而且依基金會捐助章程規定，變更章程是一項重大決議，必須有三分之二董事出席，出席董事的四分之三同意，亦即必須至少有六名董事出席，其中五名同意，才能通過，其後尚必須報請主管機關交通部核准，足見該變更是非同小可，且事前應徵詢董事意見，以提案方式為之，游芳來以「突襲性」式的動議提出，手法粗糙，但其中的政治意涵更耐人尋味。
有人指出，這恐怕與蔡兆陽在這波國策顧問名單中，自「有給職」改為「無給職」有關，是否有人關心蔡回復陽春無給職董事長後會沒錢，才有高人授意游脫軌演出？
游芳來隨後雖曾否認是由他提議，但據查證，當日在場者都指向他，表示游對這議案的確主動積極。現在游芳來又在新任董監事名單之中，交通部對游的確厚愛，從不改造到改造，航發會好像都「不能」沒有他？
