《 壹週刊》及中國時報刊載國安局機密專案經費流向，經高檢署搜索壹週刊，並將相關新聞從業員列為外患罪被告。這件複雜而具爆炸性的事件，有諸多角度值得探討，惟爭議的根源是國家安全與新聞自由分際如何劃分。
《五角大廈文件》是六七年由當時國防部長麥納馬拉( Robert McNamara )延聘三十六位專家，以一年半完成有關美國捲入越南戰爭經過的機密專案研究。這些文件共四十七冊，紐約時報於七一年春天收到其中四十五冊，另兩冊被認為「真正具有保密必要的資料 」，當事人並未交給時報。
時報收到此一機密報告之後，研讀認定它基本上屬於歷史文件，公開不致危及在越美軍生命，卻有助公眾了解美國涉入越戰始末。經此判定，時報召集三十多位編採人員祕密作業，仔細反覆推敲審閱，考量所有可能敏感的資料，避免提供敵人有利情報，有損當時為結束越戰而進行中的巴黎和談。
經三個月審慎作業，時報把七千頁、二百五十萬字的文件濃縮成三十萬字，於六月十三日連載三天後，隨即引發官方強烈反應，透過司法程序限制時報刊登，官司打到最高法院。六月三十日，最高法院九位大法官以六對三裁定時報可以繼續登載，時報於七月一日恢復因官司而已停止十五天的連載，後來並出單行本。時報不但打贏此一成為新聞自由判例的重要官司，且獲頒當年普立茲新聞公共服務獎。
最高法院雖然以多數裁定紐約時報可以繼續發表越戰機密文件，九位大法官卻罕見地做成九個不同的意見書。如果進一步分析大法官的見解，至少就新聞自由與國家安全的關係而言，其同異之間的折衝仍有基本上不悖離常識的結果。
大法官的意見大致可以分成三類。其一是有三位大法官認為，新聞機構與政府在本質上是對立的部門，各司其職，彼此尊重，法院無權禁止、管制或檢查任何新聞，即令新聞刊布危及政府安全；這是所謂新聞絕對自由的主張。
第二種意見強調，新聞自由基本上不受政府限制，但為防止對國家產生直接、立即而無可挽回的損害，可有例外。就本案而言，持這種看法的三位大法官認為，並無具體充分證據顯示，刊載越戰機密文件將危及國家安全，因此不必限制時報刊登。這是新聞自由相對論，因案論事。
第三種意見則同意，法院對於行政部門認定的機密資料保密，應徹底執行；時報刊登越戰機密文件的確可能危及國家安全。持這種國家安全論者，包括首席大法官柏格( Warren E.Berger )。
這三種意見折衝的結果，是裁定紐約時報可以繼續刊載《五角大廈文件》。不過，從上述意見歸納看來，只有三位大法官主張新聞自由不受限制，卻有六位大法官認為新聞自由並非無限上綱，必要時應加以限制；其間判定的標準，應在於刊登這些文件是否立即而明顯危及國家安全。顯然，《五角大廈文件》的性質，屬於「歷史文件 」的成分大於「機密文件 」，時報乃贏得官司。
台灣一報一刊所登載的國安局機密經費流向，與紐約時報連載的《五角大廈文件》一樣，都屬於提供者竊取的機密文件。現在本案已經進入司法程序，其最終判定的標準，應在是否對國家安全造成損害。新聞自由與國家安全的平衡，仍須透過個別案件不斷試煉，而達成對台灣整體較為有利的結果。另外，新聞媒體絕非搜索禁地，但檢方仍須遵守程序正義且理由充分。紐約時報案美國行政部門採取聲請禁止刊載的禁制令，台灣也有類似的假處分，似較直接搜索媒體較少負面效應。
