國民黨原本開低走穩的選情，在陳鴻基、陳雪芬突然公開主張選後應該由國、民兩黨合作組成超穩定政治結構之後，整個選舉節奏就被打亂，黨內的路線之爭從隱藏的歧見升高為立即的矛盾。
國民黨充斥「連皮李骨」、「連皮宋骨」、「連皮扁骨」
國民黨因為立委、縣市長選情遭到衝擊，而困窘及倉皇失措，根據估算，國、民選後合作議題炒熱，最直接獲利者將是選情陷入瓶頸的親民黨，因此不但親民黨見獵心喜，不斷釋放投票給國民黨候選人只會便宜了民進黨的訊息，試圖重建親民黨的正統藍軍地位。民進黨方面雖然了解自身獲利應該有限，不過民進黨的策略是拉抬親民黨聲勢、降低國民黨的當選席次，藉由選戰槓桿操作使民進黨成為第一大黨，再利用這種有利情勢收編泛藍軍出走人士，擴大選舉戰果，並主導選後政局發展方向。
遭遇左右夾擊的國民黨，固然氣憤雙陳挑起國、民合作話題，造成原先有從親民黨回流跡象的右翼選票再度鬆動，例如桃園縣方面就在第一時間向黨中央告急，指稱立委與朱立倫競選縣長的選情都已經受到影響，各縣市黨部也紛紛反映，要求盡速有所因應。
不過國民黨高層也承認，陳雪芬、陳鴻基的問題很難處理，一方面是選前根本不宜動用黨紀，否則事態只會更進一步擴大。另一方面，雙陳的主張也的確是黨內部分人士的想法，國民黨雖然已經撤銷李登輝的黨籍，可是黨內的路線矛盾只是在選舉前暫時壓了下來，選後仍會爆發，雙陳只是提前讓問題浮上桌面而已。
其實國民黨高層早就針對選後政局，做過各種沙盤推演，並對若干黨籍立委叛的可能了然於胸，一位掌握相關動態的主管就指出，黨內目前有不少人是「連皮李骨」、「連皮扁骨」以及「連皮宋骨」，選後勢必會有一波出走風暴。
論及受氣程度 連戰不會只記得扁卻忘了宋
這些人最後究竟有多少人真的會付諸具體行動，將會受到幾個因素影響：國民黨能否繼續維持國會第一大黨地位；民進黨能否克服中央執政績效欠佳不利狀況，在立委與縣市長席次上仍有所斬獲；親民黨在這次選舉中，能夠接收多少宋楚瑜去年總統大選所贏得的選票﹔以及陳水扁願意釋出多少政治資源，供出走的國民黨政治人物分享。
國民黨高層透露，過去一段時間以來，黨內本土派的確受到有形無形壓抑，而且這些所謂的本土派，絕不是只有雙陳這類的公職而已，就連一些在黨內層級很高以及掌握實權的幹部，也認為國民黨逐漸偏離了本土化路線，無論政策思惟或權力結構都漸漸有老國民黨的味道，如果循此方向演變，別說選舉會越來越吃力，宋楚瑜也可能將成為藍軍的領導人，影響這些國民黨當權派的利益。
由於國民黨本土路線人士深知，在立委、縣市長選前，吸收總統大選時大量流向宋楚瑜的選票，穩固國民黨數十年來大小選舉的基本盤，才是最優先目標。而連戰也曾經透過管道，和一些在李登輝時代獲得重用，擔任黨政要職，目前還留在國民黨內的人士私下溝通，希望大家了解主客觀形勢，不要認為自己會成為黨內的邊緣人，而等到選後局面穩定下來，決策方面自會調整策略，整合泛藍軍固然是可能的選擇，卻不會是必然或唯一的選擇。
熟悉高層運作的核心人士指出，就像民進黨在選舉期間為了區隔選票，立場會偏獨一樣，國民黨要鞏固藍色選票，選前的言論當然也相對調整，但這些都不會影響決策者選後的務實思考。雖然連戰去年在核四案遭到陳水扁羞辱對待，可是宋楚瑜又何嘗不是給連戰穿了好多次小鞋，若論受氣程度，連戰絕不會只記得扁卻忘了宋，國民黨日後要與誰合作或不與誰合作，乃至於維持目前的狀況，都是依據現實政治利益考量，不會自綁手腳。
至於李登輝與黨內本土派都質疑，連戰身邊圍繞著一批外省籍的老國民黨政客官僚，這位與連戰關係十分密切的人士指出，外界顯然忽略了目前重要黨務主管的省籍背景，兩相對比，外省籍人士多屬連戰的智囊或幕僚，台籍人士則擁有正式黨職，兩者有種微妙的平衡。
一旦選舉失利 國民黨將出現「逃亡潮」
但是陳雪芬、陳鴻基掀起國、民合作的話題，卻已經改變了這種微妙的平衡，不僅一些出身基層的黨務主管與公職要求連戰，務必體會本土派的鬱卒心態，連戰身邊的外省籍幕僚也比較注意自己的姿態、語言，避免升高黨內矛盾。而此一氛圍可望對選後情勢造成一定程度影響，就算整合泛藍軍是國民黨既定政策，本土派的聲音也會比先前獲得更多重視。
所以，對於雙陳的動作，某些黨務主管雖然在公開場合都表示無法認同，私下卻又認為，把這個問題早一點提出來也未嘗不是好事。
據了解，國民黨的路線之爭其實只是權力鬥爭的表象，省籍情結也依然存在，例如所謂的本土派立委就很擔心都會區選出的立委，比他們有較多機會參與黨的決策，握有較多的政治資源，甚至成為下一梯隊的權力核心。
而相對的，在黨務系統方面，一些傳統黨工或官僚系統出身者，又有重要黨職都已經全盤本土化的不安全感，懷疑連戰終究還是會走上李登輝的同一條路。這種相互猜疑的氣氛在國民黨內流竄，最後就是以路線之爭的方式宣洩。
因此，立委、縣市長選舉結束後，國民黨內爆發一波路線鬥爭很難避免。不過高層人士認為，只要保得住國會席次的相對優勢，尤其是民進黨的選票與席次不如預期，顯示二○○四年的總統大選可能會再次出現政黨輪替，那麼國民黨雖然不敢保證完全不會有人出走，卻可以確定叛逃的人數及影響將非常有限。
反之，若國民黨選舉失利，一場足以令國民黨崩潰的逃亡潮就會來臨，與雙陳背景類似者固然可以名正言順投向民進黨，親民黨也將吸收一些國民黨公職，左右拉扯的結果，別說連戰個人的領導地位恐將不保，國民黨的命運更難以樂觀。
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