民進黨祕書長吳乃仁一連兩天，對行政院長唐飛開砲，指責唐飛內閣只有構想，沒有方向，又說，唐內閣魄力不夠，將會拖垮民進黨政權。吳乃仁在民進黨內向來有「不吐不快」的大砲性格，眼見唐內閣施政一直未有起色，民進黨立委護航有氣無力，對唐內閣「恨鐵不成鋼」的氣氛早已醞釀多時，看在操盤黨務的黨祕書長眼中，明年底縣市長、立委選舉，中央的綠色執政成績單，至今一片慘綠，大家就別玩了，還談什麼全面執政。
在陳水扁出國之前，吳乃仁突然在媒體餐敘場合中，對唐飛的施政成績單抱怨連連，吳乃仁說，唐飛是個好人，有軍人的開明作風，卻沒有軍人做事的堅持，許多事情瞻前顧後，魄力不夠，造成新政府施展不開來，政務推不動，導致新政府的聲譽節節下降。
唐飛來不及認識民進黨就被送作堆
吳乃仁這番砲火猛烈的解析，對於好不容易從八掌溪事件中慢慢癒合的陳唐體制裂痕，又是一記重擊，雖然事後民進黨主席謝長廷與行政院副院長張俊雄都出面緩頰，謝長廷說，唐飛院長對政務的勞心勞力，應該給予勉勵與時間，不要操之過急，對於吳乃仁的發言，到底是代表民進黨的立場，還是純屬個人牢騷？謝長廷發揮他的太極拳功夫表示：「不清楚吳乃仁談話的實質內容？無法評論。」
一個執政黨的祕書長公然對閣揆開砲，黨主席可以裝迷糊，矇混過關？可見民進黨內對唐飛的心結，錯綜複雜。對民進黨而言，唐飛雖然進入民進黨的新政府，但是心態好像一直沒有調整過來，前陣子，唐飛參加民進黨立院黨團幹部交接典禮，竟然把民進黨講成「民主黨」，雖然是小小口誤，但是在場的民進黨立委都有點苦笑搖頭，唐飛對民進黨而言，好像一位入大家庭的新媳婦一樣，對家中的親戚族譜，來不及認識與熟悉，就被送進洞房了。
其實，唐飛雖然是陳水扁三顧茅廬請來組閣的，但是他對民進黨內部的生態卻是陌生異常，尤其是各派系的運作，常常搞不清楚，而在立法院中，民進黨的立委又是行政院必須依賴的護航部隊，不過，行政院內負責與立法院協調的重要窗口，卻是國民黨籍的祕書長魏啟林與政務委員張有惠，這兩個國民黨出身的官員，行事風格讓民進黨立委不太適應，禮數周到，但是辦事效率有待加強。
民進黨立院黨團從驅逐艦變補給艦
尤其，行政院把大部分的國會疏通擺在反對黨身上，間接地冷落了執政黨，許多應該配合護航的政策，民進黨立委都是臨時才知道，甚至例如縮短工時案，這種在行政院中勞資雙方已經拍板定案的案子，到了立法院，民進黨立委還搞不清楚行政院的底線在哪裡，囫圇吞棗地隨著國民黨起舞，通過了讓行政院難以善了的雙周八十四小時案。
對民進黨立委而言，唐內閣政策充滿不確定性，連護航的方向燈標誌都沒有，讓民進黨立院黨團無所適從，不過，最讓他們氣餒的是，在立法院中，民進黨立委除了當贏不了的舉手部隊外，還要當支安靜的麥克風。由於體諒唐飛的身體負荷，民進黨立委這次放棄總質詢權益，改為書面質詢，雖然這是對新內閣的細心、體貼，但是對立委本身的舞台發揮，卻是嚴重的壓縮。
在七、八月總質詢熱季，眼見國、親、新黨等在野黨摩拳擦掌，準備海報、ＶＣＲ在質詢台前秀個夠，民進黨立委只能一旁坐冷板凳，有些人早早出國遊玩，甚至有人還安排短期遊學進修，只留黨團三長在立法院中配合輿論反應。
「以前民進黨立院黨團是艘戰力旺盛的驅逐艦，四處追趕國民黨的惡行，但是現在好像是一艘被動的補給艦，而且要供應什麼油料與配給，根本不知道！」一位民進黨立委以「龍困淺灘」來形容民進黨立委鬱卒的心情，而且選舉將屆，如果民進黨在行政與立法部門雙雙繳白卷，豈不是未戰先衰，不用打明年底的選戰了？
所以，民進黨立委聽到吳乃仁砲轟唐內閣，都有種心有戚戚焉之感，不過，他們也認為唐飛是個好人，所以，吳乃仁不是砲轟唐飛，而是吹起出征的號角，希望唐飛內閣能整軍出發，盡快跟上民進黨的腳步，為明年底打一場全面執政的勝仗。
大家想當政客 唐飛想當政治家
民進黨由吳乃仁戰鼓頻催，希望唐飛跟上民進黨的戰鬥團隊，不過，對唐飛而言，施政與搞選舉是兩回事，他率領的唐內閣是要為歷史負責，而非幫民進黨立戰績。唐飛一輩子從軍，沒有搞過選舉，雖然作風開明，但是他的施政有個中心思想，就是為國家做事，但不見得是為民進黨做事，這種正直不阿的人格特質，是當初陳水扁挑上唐飛組成「全民內閣」的因素，不過，如果唐飛一直堅持他的政務中立色彩，對於亟欲全面執政的民進黨而言，有點「不太上道」。
在組閣初期，陳水扁有一次因為加稅問題，找來財經部會首長溝通，對於外界質疑新政府加稅態度前後不一，陳水扁找了游錫堃討論，會中做成了任內不加稅的決議，並請游錫堃跟唐飛委婉轉述，不過，唐飛當場向游錫堃質疑，不加稅，怎麼推動社會福利？游錫堃的反應是「我們是政客，許多問題有政治考量」，不過，唐飛想了一想，他告訴游錫堃「我要當政治家」。
所以，唐飛事後在立法院總質詢中，面對立委追問是否加稅時，他的回答是，「如果社會福利不斷加碼，我不能保證不加稅。」唐飛有軍人的耿直性格，不過，他的腦筋直線思考，也常常讓總統府有點吃不消。例如，八掌溪事件，陳水扁速戰速決讓游錫堃下台，以平民怨，同一天送到唐飛手中的辭呈也有消防署長陳弘毅與警政署長丁原進兩人，但是唐飛一定要找到適當接手人選後才批，結果一個多星期後，才批了陳、丁兩人辭呈，在政治效果上，讓新政府壯士斷腕的風格、氣魄稍嫌不足。
阿扁恨不得自己操盤
陳水扁是天生的政治動物，善於掌握政局節奏；但是唐飛是奉公守法的軍人，一切按部就班，兩人默契不足，光是理念結合、實務操作就是倉卒成軍，加上拖著國民黨五十幾年的老舊機器運轉，原本就容易發生走火或是引擎故障毛病不斷，讓新政府的車子開上路，光是換了車牌，但仍是走走停停。
對陳水扁而言，新政府的績效牛步化，他恨不得親自坐上駕駛座操盤，不過，在尊重「雙首長制」制度下，表面上他又必須尊重唐飛，但是一個習慣飆車、超越別人的人，突然身旁換了一個遵守交通規則、限數四十的老駕駛，讓陳水扁有說不出口的鬱悶。
「雙首長」設計讓陳水扁猶如陷入「父子騎驢」的困境，他管太多，外界質疑他是「太上行政院」，他授權唐飛，外界又抨擊新政府沒有作為。在八掌溪事件，陳水扁在接見民進黨立委時，拿出憲法大吐苦水，總統只有軍事、兩岸、外交權力，內政、財政權力屬於行政院長，果真如此，那為什麼八掌溪事件，有民調認為他應該負責的有八萬多人，而認為唐飛應該負責的只有六百多人？
其實，陳水扁的困惑，來自他熟讀憲法，卻忘了民眾認定的政府是一體的，不總統、院長，而總統又比院長強勢，當然應該負起更多責任，這是民眾對新政府的主觀判斷，也許不符憲政體制，但卻是陳水扁不得不接受的政治現實。
唐飛曾經說過，如果做不好，他三個月下台，唐飛可以撒手走人，但是陳水扁能沒有唐飛撐住局勢，尤其在明年底選舉前，新政府已經折損了一個副閣揆，如果又換閣揆，等同提前崩盤，因此，吳乃仁的一席話，只能算是透露陳水扁的憂慮，還不到陳唐體制分道揚鑣的時候。
