一成的投票率加上九成八七的得票率，謝長廷以高雄市長身分兼任執政黨主席，又創下一項民進黨新紀錄。不過，雖然謝長廷是黨內派系共推的黨主席人選，但他「兼差」這件事，高雄市民很不能諒解，讓民進黨在高雄市的政權岌岌可危，下屆市長選舉恐怕也必須面臨「政黨輪替」的嚴酷考驗。
長扁「黨府互動」很頭痛
然而，明年的立委和縣市長選舉固然令謝長廷頭痛，但他和陳水扁之間的黨府互動才真正讓謝長廷「戰戰兢兢」，不敢掉以輕心。
謝長廷在表達願意接掌民進黨主席時，在媒體緊迫追問下，一席「黨揆兼閣揆」之說，馬上為自己帶來麻煩，傷害他和陳水扁的共事默契。
謝長廷是個聰明人，在民進黨素有「智多星」之稱，有廣泛的興趣，學識淵博，為人幽默機智，又伶牙俐齒；相較於「埋頭苦幹」型的陳水扁，什麼都苦讀強記，兩人真是不同世界的人。既然行事風格不同，要共事就必須培養默契，可是以他們兩人過去的政治經驗來看，競爭多過合作，缺乏互信基礎。
在參與全國性公共事務上，謝長廷出道比陳水扁早，而且長仔年長於扁仔，也比阿扁早當市議員和立委，但陳水扁卻比謝長廷早出任行政首長。一直到二年多前，陳水扁和謝長廷分別在北、高參選市長，當時很多人看好陳水扁連任，看壞謝長廷挑戰，最後選舉結果卻是「謝長廷上，陳水扁下」，跌破一大堆人眼鏡。
當時，身為高雄市長的謝長廷，儼然是民進黨的頭號政治明星，但因高雄位處南方，遠離台北政經中心，雖然綠色執政的「南方新世界」名氣響叮噹，但謝長廷高雄主政的創意在台北能見度不高，也是不爭的事實。尤其總統選戰開打以後，陳水扁雖然一路走來處於挨打的局面，但阿扁的選情猶如倒吃甘蔗，贏得全國民眾的關注。這時，陳水扁的聲勢又凌駕於謝長廷之上了。
陳水扁當選之後，民進黨更是「唯扁獨尊」，大事、小事都要問過陳水扁的意，舉凡新政府的新人新政、地方代理縣長人選、立法院裡的合縱連橫、民進黨主席留任繼任、教育經費占ＧＮＰ多少比重等等，陳水扁不點頭，誰都不敢擅作主張。包括謝長廷同意接掌民進黨主席之前，考慮了好幾天，就是在等待、測試陳水扁方面對他接任黨主席的反應。
從黨揆兼閣揆到全民政府 長扁認知有差距
謝長廷為了向陳水扁和黨內各派系展現誠意，曾在高雄市副市長繼任人選考量上下過工夫，一度打算由陳水扁市府團隊的環保局長劉世芳接任，由於劉又是新潮流的重要幹部，是現任台中縣副縣長，用劉世芳接原副市長李登木的遺缺，既向陳水扁示好，也有拉攏新潮流的意思。據轉述，劉世芳曾為此求見陳水扁，希望耽擱他十分鐘的時間聽聽阿扁的意見，沒想到阿扁一見劉世芳，就足足念了謝長廷四十分鐘，劉世芳連開口的機會都沒有，即使有時間發問，劉世芳見狀也不必再問了。
在陳水扁六二○的戶外記者會中，他向國人說明絕對不會有所謂的「黨揆兼閣揆」的事情發生，這樣義正辭嚴、意有所指地表態，外界聽來都覺得「刺耳」，何況是當事人謝長廷，想必長仔幾天下來一定忐忑難安。
果然，陳水扁上台後第一次在總統府舉辦總理紀念月會，謝長廷也首度以高雄市長的身分參加。會後，陳水扁邀謝長廷共進午餐，兩人談了一個多小時，「溝通意見」。根據謝長廷的說法，陳水扁對他接掌民進黨有很高的期待，希望明年立委選後，民進黨可以成為立法院的第一大黨，他並重申扁、長之間沒有心結，請外界不必妄加揣測。
但實際情況卻是，謝長廷認知的「聯合政府」概念與陳水扁「全民政府」的作法頗有相異；而且對「黨揆兼閣揆」一事，扁、長兩人也意見相左；在黨中央人事考量上，派系均衡共治的理想如有差池，事關兩項重要選舉的成敗，也關係到新政府政權能否穩定，陳水扁不可能視而不見。
至於明年的選舉，還真是謝長廷不大不小的麻煩，尤其民進黨各派系美其名無異議一致公推他出來參選黨主席，但在未來選舉提名之時，只要涉及派系利益，加上以往民進黨勇於內鬥的「傳統」，謝長廷所屬的福利國連線，甚至是新動力、福利國、正義連線、台獨聯盟「四合一」的主流聯盟，能釋出多少資源給各派系分享，擺平派系的門戶之見，單單這一點，就足以讓謝長廷頭痛大半年。
立委、縣長選舉難關重重
其次，目前民進黨立法院黨團有七十二席立委，其中許添財、李慶雄是無黨籍加盟，再扣除張俊雄、陳定南、葉菊蘭、范巽綠四人入閣，後又補了一位不分區立委王麗萍，加加減減民進黨真正只有六十七席。下屆立委選舉，因廢國大而製造了一大群失業國代，大家都搶破頭要參選立委，但素質卻良莠不齊。謝長廷如何既能解決國代失業問題，又能為勝選考量精挑細選合適人才參選，這是謝長廷的兩難。
而且陳水扁對未來國會生態改變寄予高度厚望，如何定義「立委選舉勝選」就是個問題。如果選舉結果民進黨只維持原席次，或再增加個三、五席，只要距離過半席次仍有很大努力空間，陳水扁一定不會認為謝長廷「功在黨國」。但要拿下過半一百一十三席立委，對謝長廷來說，又是「不可能的任務」。
地方百里侯之爭更是如此，已經兩屆任滿的桃園縣、台南縣、高雄縣三縣，都是國民黨勢在必得的一級戰區，再加上桃園縣雖有呂秀蓮高升副總統，但從她的得票數看來，桃園縣民顯然是「因了解而與她分開」，有很多人成了她口中的「賣鄉賊」；陳唐山則因入閣引發的代理縣長之爭，索性和陳水扁夫妻鬧開了，陳唐山的支持者和想競逐下屆縣長寶座的蘇煥智樑子結得太深，如果國民黨抱雪恥的心情一致對外，分裂的民進黨很難敵得過團結的國民黨；高雄縣也出現後繼無人的窘境，究竟誰來接班？不只是余家班的問題，更是民進黨如何解決「家天下」的難題。
而第一任縣市長就做得搖搖晃晃的也不少，被九二一地震重創的台中縣長廖永來，災後重建工作如果不能積極展現成果，綠色執政的招牌很可能被民怨拆下；新竹市長蔡仁堅，任內與新竹科學園區的回饋糾紛，也大大影響高科技產業界對民進黨的支持；台中市長張溫鷹，也有一本難念的家經，她先生陳文憲「佐政」流言四起，而且又掌控了地方黨機器，引來台中市「黨政一家親」的譏評，黨內黨外反彈不斷，民進黨要保住江山，謝長廷可得煞費心思。
在縣市長一役，要民進黨「守成」維持十二席已經很難，更何況眾家兄弟姐妹問題不斷，而且不少黨內優秀人才紛紛入閣，謝長廷連找人參選都很困難，遑論以民進黨這個體質孱弱的黨機器，再加上一個「兼職」的黨主席領軍，說要開疆闢土談何容易？
對謝長廷而言，以高雄市長兼黨主席也許已是他個人政治生涯的最顛峰，該怎麼做？能怎麼做？或許相信天命的謝長廷心裡早已有數。
