陳水扁及唐飛新政府的內閣人事大致底定，眾所矚目的國防部長人選，也敲定由現任國防部副部長伍世文升任。不過在伍世文出線之前，部長的最熱門人選則是現任參謀總長湯曜明；可是在湯曜明堅辭不就之後，才一路由莊銘耀、顧崇廉，再轉為伍世文。
國防二法草案確立文人領軍、軍政軍令一元化原則
去年三月三十日，我到立法院備詢，立委要求我訂出國防二法的時間表，我告訴立委，一年的時間可以把國防二法送到立法院來。國防二法第一次版本草案於八十七年仲苓蔣部長任內即已完成，呈報行政院，經行政院審查後函送立法院。唯因第三屆立法委員未完成委員會之審查，本屆委員不予繼續審議，退回重新檢討呈報，部長乃斟酌各界對前次草案意見，指示「權責相副」、「分層負責」的原則，成立研編小組，除納編部本部及參謀本部相關人員外，並聘請學者專家，共同參與，重新研擬，經過多次的研討，確立文人領軍，軍政軍令一元化之原則，完成國防二法草案報院。
民主國家的國防事務，本來就應該由文人主持，軍政軍令一元化，所謂文人，就是非現役軍人，軍人退伍之後就是文人了，因此國軍任何一位將領對於文人領軍、軍政軍令一元化的做法，都是百分之分贊成。我接總長之後，唐先生跟我談過，他任內把國軍建軍備戰的國防實務改革做為重點工作，我說我會全力配合，請他不必有任何顧忌，大膽全力推動。
國防二法呈報至行政院後，經行政院審查修訂之，再送立法院，這就是所謂國二法的行政院版。但因立法院眾多委員，包含各黨派對本法非常之重視，也做了深入的研究，分別提出了八個不同的版本，再上院版，總共有九個版本。立法院於去年(八十八年)十一月開始審議兩法草案，期間國防、法制兩委員會共召開八次聯席會議，對於國防二法提出很多的意見，部長率同國防部及參謀本部相關人員全程出席，參與說明，並與各政黨黨團、傳播媒體及社會各界溝通，積極爭取，終於八十九年一月十五日經立法院三讀通過。
在立院審議期間，我除要求業管聯參全力配合外，並多次向部長報告，請部長盡速推動通過該法。因部長曾擔任過空軍總司令、副總長兼執行官、參謀總長，對於國軍現況甚為了解，我則致力於戰備工作，俟該二法通過後，參謀本部當貫徹落實，同時我在多次重要會議中，也做了如此的說明。
很樂意減輕總長的職務壓力
通過之國防二法，基本上是順應世界民主潮流，尊重民意，實現文人領軍、軍政軍令一元化之理念，走向軍隊國家化，並將國防由狹義軍事武力轉換成廣義的全民國防。同時確立軍政、軍令、軍備三區分之國防組織，更能發揮專業分工與組織再造的效能。但經過深入研究，發現與實際情形稍有落差，將造成日後執行上的困難，諸如從通過之國防組織體系表，就可以很明顯看出參謀本部有責無權，指揮系統欠完整。因為國情特殊，我國面對著強大敵人的壓力，而戰略環境是沒有平時戰時之分，稍一不慎，都可能引起戰端。所以我一直強調，參謀本部不論位階高低，只要能權責相副，指揮功能完整，是可立即指揮作戰的機制，因為這關係著國家安全，全民的福祉，不可不慎。
國防二法是針對總長權限做改變，縮減總長的權力，因為我是總長，不宜任意對外發表意見，否則會造成負面的影響，認為我是反對或抵制，因此我一直保持沉默，不要讓外界誤以為部本部與參謀本部存有歧見。所以在大選前，我和部長討論國防二法時，我就請部長全權處理，我會全力配合，不必顧忌。
我不是一個政治上的人物，也不是一個要權力的人，我很樂意能夠減輕總長這個職務的壓力，這是我個人內心的話。尤其唐部長接受媒體訪問時，推薦我接任國防部長，我內心很矛盾，我很高興可以減輕壓力，但是考慮到敵情壓力、部隊定與落實配合推動國防二法，使政權能在安定的狀況下，平順的轉移；這是國軍備戰的使命，更是總長的責任，所以我就繼續背負這重任，沒能順從唐部長愛護提攜之心，實感抱歉。
一九八六年美國高、尼二位參議員推動「國防改組法案」，為因應戰爭方式及戰略思想之改變，靈活調整其國防編組結構，在立法之前經過五十六次的公聽會參與的都是三軍將領、學者專家等與國防事務相關的人員，相當慎重；迄今法案仍與時俱進，不斷地修訂，主要目的就是要能符合時需。國防二法通過後，目前我們也發現了部分理論上與實際運作的落差，同時我也向部長報告，提供意見，部長也了解到其中的問題，因為部長是非常了解國防事務與國軍現況的長官。
國防組織規畫委員會裡說重話
國防二法通過後，大部分幹部對於內容不甚了解，於是向部長反映，是否針對該二法舉辦講習、說明，使各級幹部能了解其精神，不要誤解，妄加臆測。部長甚為支持，於是先舉辦高階幹部講習，由部本部、參謀本部業管單位及國管院分不同角度做說明。由於效果良好，所以部本部、參謀本部業管人員又分別到各級單位宣導，解除其疑慮，部長也認為應讓大家充分了解，方得據以執行。我認為應該如此，有問題就說清楚、講明白、尋求共識，如此才能建立三信心。
有人認為參謀本部派人到下級宣導，就是抗拒該法，基本上，參謀本部無所謂「抗拒」，或說是「阻力」，我已再三要求軍令系統，目前法已經通過了，我們就按法執行，有任何問題，可於國防組織規畫委員會中提出，尋求解決，但一經裁示，則貫徹執行，不可有任何人隨意對外放話，表達意見。
四月八日國防部召開「國防組織規畫委員會」第一次會議，我說了重話，因為人在外隨便發表意見，造成外界誤解；大家應該在委員會裡很坦誠地把意見表達出來，公開、公正、公平地討論，尋求共識才對，依據共識做成決策，當決策形成後，則大家須共同遵行，戮力達成。而這些決定的事情和討論的問題，應該由國防部發言人統一對外發布，個人不要隨意對外發言，免生事端。就我個人而言，我可以不講，但為了推動二法，使國防二法有效率、有步驟地進行，免得為了些無謂的枝節，而延誤了主題。我是就事論事，一切為整體、為單位考量，這就是我行事的風格。
國防二法要如何執行，這是一個非常嚴肅的問題，我給了自己一個期許，希望能在總長任內配合完成國防二法的編組與運作，向歷史負責，為良心負責。參謀本部目前兼具建軍與備戰的職責，將來建軍的部分轉移至部本部，參謀本部單純負責備戰的工作，而建軍、備戰分屬不同的系統，如何能有效結合，是我所關心的。
組織調整對部隊衝擊大
大家都知道，所有的國防事務均是以求勝為目的，備戰就是求勝的手段，所以要如何使建軍與備戰不要有落差，是非常重要的。「軍以戰為主」，各級組織設計必須以滿足戰需為著眼，建立軍令系統參與軍政、軍備重大政策之正式管道，如此才能使「打、裝、編、訓」合為一體。其次是軍事組織調整必須謀定而後動、循序漸進，「軍政、軍令一元化」應策訂周詳計畫，區分階段，逐次執行；各業務銜接與新編單位須經驗證、評核，始得實施組織簡併與權責轉移，故期程不宜過度壓縮，否則將造成混亂，致使工作無法推行。
二法落實後，總長的權限有所調整，我在這過渡時期仍繼續擔任總長，是因為我與國軍有三十幾年的淵源，所以不能不承擔這個重擔；假如我是一個有私心的人，我應該接受唐部長的提攜，離開這個位子，擔任部長，然而這樣將如何面對部下，三信心如何建立。再加上海峽兩岸的緊張情勢，稍一不慎就可能引起戰事，這如何使第十任總統政權平順轉移？
當然陳水扁先生以前的言論風格，使得國軍對他有些看法，但那是因為在野黨的身分使然，有其憲法賦予言論自由的權利，更何況並未施行。但是總統選舉結果，他是中華民國第十任總統，依據憲法賦予職權，國軍必須服從其領導，這是無庸置疑的。我們在陽明山座談會後，大家都已建立共識，也體認到唯有國軍的穩定才是國家安全的基礎，所以我不輕言離開，是為了防制敵人不理性的異常行動，是為了國軍的穩定，社會的安定與國家的安全。
我很理解軍隊組織調整對部隊衝擊很大，我擔任台南軍軍長職務時，軍部精簡掉了，擔任陸軍總司令時，陸軍精實案在我手中完成規畫、推動；精實案屬陸軍變革最大，精簡人數最多，疏處的人員最多，但是經過縝密的規畫，求得大家的共識，徹底地執行，所以沒有出現什麼大問題。
絕非大陸軍主義
至於外界質疑精進案停下來了，其實這是很自然的，因為國防二法通過後，國軍編制出現空前的變化，而且變動的都是指揮階層，組織體系調整、指揮流程丕變、業務職掌未明，又如何能實施全軍各階層的精簡。就好像攀登高山一樣，應該是三點不動一點動，但是我們現在是全部都在動；尤其在海峽兩岸目前這種緊張的狀況之下，更是危險。所以精進案不得不先暫緩下來，等到二法更明朗後再做調整。
未來無論任何人接任部長，我都將全力配合，推動國防二法，落實軍政、軍令一元化，這是國軍幾十年來最大的變革，也是歷史的機緣，讓我有幸躬逢其盛，希望在我任內能配合部長順利完成。至於軍中過去發生的一些弊端，各位相信我，只要有任何證據，我一定追查到底。國軍為了沒結的案子(如尹清楓案)，長期以來備受各界指責，所以我就任總長以後，首重軍紀的要求，於去年三月分召國軍軍紀檢討會，徹底檢討，逐級貫徹，年來已有進步，違法案件大幅減少。同時針對人事、採購、工程等三項，要求透明化，絕對要做到公正、公平、公開，杜絕任何的關說，維護國軍尊嚴，使國軍的作為能獲得全體人民的支持。
有人認為國軍是大陸軍主義，到底是不是，從歷年來預算的分配就很容易了解了。最近五年制空、制海、反登陸的平均預算分別是二五．四三％、二六．七七和一八．五二％，這樣的財力分配算是大陸軍主義嗎？目前海、空軍均已完成新代兵力整建，陸軍迄今傳統武器仍缺裝嚴重，怎會有大陸軍主義呢？本人多次強調，總長是三軍的總長，絕不可能偏袒或打壓任一軍種。我認為未來我們應該朝向三軍聯合作戰架構發展，而這也是我們目前的建軍方向，到時就不會再有軍種預算分配不均的爭執了，更不會有軍種本位主義的現象。
