「以後有案子都找他。」長榮集團總裁張榮發曾經指示法商部門主管，以後長榮的法律案件都找陳水扁，這是大約十五年前的事。
張榮發對阿扁印象不錯
在還沒有踏進政治圈之前，阿扁是長榮的法律顧問，長榮集團只要有任何訴訟案子，也幾乎都由他處理，長榮主管說，因為阿扁服務很好，做事很積極，每次有問題找他，他的回答、態度都讓他們印象不錯。一直到當上立法委員，因為比較忙，阿扁才比較少對長榮集團「服務」。
張榮發曾經接見這位幫長榮打官司的年輕人，對他印象很好，和阿扁談過以後，告訴法商主管，以後有案子都要找他。這位主管說，張榮發見多識廣，當初覺得這個年輕人肯做事、用心，值得栽培。不過，怎麼也沒有想到，阿扁從政後，竟然這麼快就當上總統。
由於這層關係，長榮一直被認為是比較親民進黨的企業，張榮發從來沒有承認、也沒有否認過，直到選總統，阿扁邀請他出任國政顧問，成為挺扁的企業大老，不過，張榮發也沒有鬆口，他發表聲明表示，任何一個未來國家領導人，如邀他擔任國政顧問，他當然都樂於接受。不過，這項政治立場很中性的聲明，已經把他和阿扁長久以來的默契搬上檯面。
除了與阿扁的合作關係之外，和民進黨一樣一直以綠色做為集團象徵，也是一個被貼上和民進黨「色彩」接近的因素，張榮發鍾愛鮮綠色，集團大樓建築物、飛機、船、制服清一色都是鮮綠，長榮集團是張榮發的綠色王國。總統大選變天後股市開盤，長榮集團旗下個股演出「慶祝行情」，紛紛漲停，從選舉前一天三月十七日漲到選後，成為盤面上的指標股。
阿扁當選 長榮集團市值增加一七○億
總計長榮集團旗下的上市、上櫃公司，包括長榮海運、長榮運輸、立榮航運、長榮貨櫃、長榮航空等五家公司，從三月十七日收盤到三月二十八日，漲幅一成多，長榮集團的市值因此增加了將近一百七十億元。
事實上，長榮集團的積極演出慶祝行情，與其說是慶祝阿扁當選，不如說慶祝張榮發的三通夢即將實現。
兩年多以前，張榮發一席主張兩岸三通的言論，挑戰李登輝總統的「戒急用忍」主張，掀起政壇、工商界的反駁、聲援，工商界包括統一高清愿、長億楊天生、宏碁施振榮、南僑化工陳飛龍等人響應，要求政府重新檢討戒急用忍，開放兩岸直航。
張榮發說，台灣沒有理由不開放三通，他也願意擔任兩岸談判密使，他曾經建議李登輝三通，但是沒有什麼用，他說他摸不透李總統心裡想些什麼，他認為以安全理由不開放三通是「幼稚的語言」。
張榮發這番言論，引起軒然大波後，李登輝也立刻做出回應，李登輝很直率地說：「三通時機根本不成熟。」李登輝也表示，有些企業人士基於自身利益考量，主張兩岸三通，卻未考慮國家整體利益，暗批張榮發的開放三通論。這兩位老朋友因為「三通」問題，在媒體先後放話，互陳立場，也互批對方沒有遠見。
當時，總統府高層更以兩人的劍拔弩張，形容是「還了李總統清白」，以前外界指李總統、張榮發「政商勾結」的謠言不攻自破。不過後來，張榮發以大阪航線復航，邀請曾文惠為首航貴賓，這個動作卻顯示兩人仍然維持不錯的關係。
阿扁主力三通張榮發笑開懷
李總統明示戒急用忍政策未改變，張榮發也沒有辦法，只好對外澄清長榮在大陸的最新投資案都暫緩，雖然事實上長榮已經在大陸布局甚久，從一九九四年開始，長榮海運即在大陸各港口與中資成立合資公司，包括上海長榮集箱裝貨運公司、寧波長勝貨櫃公司、青島長榮集裝箱儲運公司等，但是，投資金額並不多，而且是經過很深入的市場調查之後才投入。
空運方面，長榮航空也在九六年先與中共國務院民航總局所屬的「中國航空結算中心」簽署聯運結算業務協議，也和民航局「計算機管理中心」簽訂訂位及跨航轉機服務協議。
外界預料，一旦阿扁當選總統，兩岸三通的速度一定會加快，果然，阿扁當選後，已經喊出年底開放三通，李登輝堅持的戒急用忍政策在新總統就職之後，將面臨修正命運。
張榮發選前出任阿扁的國政顧問，其實他本人對於企業家和政治的關係，也有一套看法，他曾經說過，企業家如果完全不關心政治，這個國家就完了，這就是他會在選前接受國政顧問邀請的原因。
他認為，日本的大企業關心日本的國事，他們希望日本的政治社會、國家能夠健全發展，企業家關心政治是應該的，但是，台灣企業家對國家的關心程度都不夠，都是拍馬屁，因為他們都是在國民黨保護下發展起來的，所以不敢批評執政。
張榮發敢批評政府不止在三通方面，一九九八年決定凍省，正當政府為了凍省與否爭議不休，股市重挫之際，張榮發緊急致電行政院，提出包括暫時停止當日銷修正上市公司進場護盤的證交法，及開放庫藏股等，張榮發會著急地「撈過界」關心股市，和當時長榮集團進場護盤，卻發現法令限制重重有關。
張榮發因緣際會在十五年前和阿扁結下良緣，誰也沒有想到，一個年輕的海事法律師，竟然會當上台灣總統，阿扁對這位「一路走來、始終如一」的企業支持者，將來想必會有回饋的做法，阿扁上台後，張榮發將來是不是會像過去一樣，對執政當局適時提出建言，繼續做一個敢講話的企業家，相信很多人都拭目以待。
