對很多人來說，李遠哲是台灣的「國寶」。頂著諾貝爾化學獎得主的頭銜，李遠哲接掌中研院已經六年。他埋首學術研究領域數十載，從來都與政治保持距離，一顆沉靜的心，卻因為九二一大地震起了變化。辭去中研院長之職，參與政治態挺扁，對李遠哲而言，是人生一大抉擇。而證嚴法師一句「為了災民，我義無反顧」的話，對李遠哲有醍醐灌頂之效。擁扁，只是他積極參與政治的開始。
而上一次台北市長選舉時，陳水扁和馬英九決戰選情緊繃，當時陳水扁以現任市長的身分，去參加中研院舉辦的活動，身為主人的李遠哲當然說了一些肯定陳水扁能力的客套話。結果，被陳水扁競選幕僚「擴大解釋」成李遠哲支持陳水扁，讓國民黨陣營緊張不已，對李遠哲多所用力，平白為李遠哲增添不少困擾。這件事，李遠哲心裡頗有微詞。
民進黨不斷創造機會接近李遠哲
後來陳水扁落選，經過極短時間的沈潛，在民進黨的期待、徵召下復出江湖，代表民進黨參選第二屆正副總統選舉。當時，有人覺得為培育國家未來領導人，等待陳水扁成熟，所以主張敦請李遠哲擔任總統候選人，阿扁先當副總統候選人，但因內部意見不一，李遠哲也未必同意而作罷。
之後，連戰、宋楚瑜和陳水扁都為找副手而傷透腦筋，每個人都想找一個能互補、可加分的搭檔，大家找來找去，不約而同相中李遠哲。不過，李遠哲沒有參政的意願，連、宋、扁各自透過管道使力，都不得要領。
不過，陳水扁陣營一直沒有放棄爭取李遠哲的支持，他們以議題討論的方式，不斷「創造機會」向李遠哲請益國是。如果不是九二一大地震，李遠哲親眼看見民的無助和政府的無能，聽到來自台灣最底層的聲音，又見識到黑金體制對基層建設的為害，他這一輩子，應該會留在學術界發展自己的興趣。
據了解，在九二一以後，扁陣營針對救災、重建、社區建立和李遠哲有很多意見交換，李對國家大政也有很多憂慮和看法，他認為未來兩岸關係很重要，但他對陳水扁在這方面的主張有點不放心。
在幾次會談培養了相當共識之後，陳水扁以新中間路線為主軸的兩岸政策白皮書也出爐了。李遠哲很仔細地看完，再加上陳水扁向李遠哲保證未來施政方向是「內政優於兩岸」、「內政改造擺第一」，不以言語挑釁，刺激兩岸對立，才讓李遠哲找到和陳水扁共事的「交集」。
游錫●居中牽線
李遠哲拜訪過中國大陸，和前中共領導人鄧小平會晤過，他對最近幾年兩岸互動頗有感觸。在充分了解陳水扁的兩岸政策主張和執政優先順序之後，他相信陳水扁「應該不會亂來」，而李遠哲也同意目前台灣的內政改造必須借助政治手段，才能打破黑金共生結構。所以扁陣營說服李遠哲出面整合朝野改造內政的意見，因為目標顯著、方向明確，李遠哲有些心動，不再拒政治於千里之外，但他仍有所顧忌，沒有給陳水扁任何承諾。
二月中，李遠哲接受今周刊專訪，一向不願對政治表態的他，首度透露他對政黨輪替的看法，並暗示只要有好的改造方案，他是可以被說服的。
爾後，民進黨祕書長游錫●二度面見李遠哲。這是民進黨和李遠哲接觸的「第二管道」，並未得到陳水扁的授意。游錫★和李遠哲是一起推動社區總體營造的心人，兩人相識多年，並不時對教育、文化政策交換心得。而以游錫★和李遠哲的公交私誼，又兼任扁陣營發言人，對撮合李遠哲和陳水扁合作頗有助益。
游錫★請李遠哲出面呼籲基層員警查賄，推動乾淨選舉運動，並號召學界寫文章鼓吹風氣，營造輿論壓力。幾經討論，李遠哲同意登高一呼，以展現民間制衡的力量。但據了解，就在二月下旬，也在李遠哲和民進黨扁陣營的默契下，扁陣營開始蒐集各界優秀人士的資料和背景，並和李遠哲充分討論，接受李遠哲和他中研院核心幕僚的推薦，於是產生了「國政顧問團」的初步參考名單。
後來，因為消息曝光，李遠哲有些不悅，但來自各界的勸進之聲陸續湧進，批評李遠哲學術不中立、是偽君子的聲音也有，但李陳二人在台大校友會館晤談一小時，確定了李遠哲願意擔任陳水扁國政顧問一事，帶給扁陣營莫大士氣鼓舞。
其實，陳水扁陣營一直很禮遇李遠哲，不敢給他壓力，也不忍心把他推上選舉最前線面對炮火，「放手，怕他遠去；緊抓，又怕捏碎」，因為珍惜這好不容易才培養起來的默契，所以用戰戰兢兢的心情處理和李遠哲的關係。陳水扁只好含蓄地呼籲選民在三月十八日，用選票來實現李遠哲政黨輪替的夢想。
帶領知識分子走出獨善其身小圈圈
在李遠哲答應出任國政顧問之後，陳水扁陣營已經感激不已，沒想到李遠哲還有更「勁爆」的後續動作。他和核心幕僚反覆討論之後，儘管有幕僚反對，但面臨外界對他人格和學術中立的諸多質疑，李遠哲還是為自己的人生作了一個重大抉擇｜｜辭去中研院院長之職，因為他覺得「誠實比學術中立更重要」，他不想給中研院的同仁帶來政治困擾。
李遠哲辭中研院長，這是陳水扁陣營不意外卻最不願意看到的結果。因為他們不敢給李遠哲為阿扁站台、輔選的壓力，就是知道以李遠哲的個性，一旦他公開挺扁，一定會辭職，這會讓學界痛失一位真正能做事的人才。而他們更擔心萬一阿扁未能如願當選，李遠哲又沒了可以做事的舞台，到時侯那才是國家、人民真正的損失。果然李遠哲的辭職驚動各界，連李登輝都不願意放他走。
從學者的矜持，到全部豁出去了，李遠哲的心路歷程很值得玩味。因一場地震，讓他領悟到政治並非那麼一無可取，尤其在政府失能的時候，透過政治手段可以改善不完美的現況，解救苦難同胞。而三月十二日清晨七時，李遠哲為了災區重建與證嚴法師會面，應是他態度轉變的重大關鍵。
一大早，李遠哲頭腦還不是很清醒，但證嚴法師在與他交換重建工作意見之後，一句：「為了災民，我義無反顧！」有如醍醐灌頂一般，讓李遠哲丟掉知識分子的矜持，誠實面對自己，也為困擾自己許久的情緒找到出路。
辭去中研院長挺扁，對李遠哲來說，未必就能解決災民的所有問題，或為國家人民作出更多的實質貢獻。但無可否認，他的辭職，已為學界帶來一個良性的示範，帶領多數知識分子走出「獨善其身」、「畫地自限」的心態。他勇敢的一大步，已經跨越斷層，給整個社會帶來向上提升的力量。
「李遠哲」是台灣最後一個神聖不可侵犯的「神」，如果連他都願意落入凡間從事庸俗的政治事務，或可為台灣社會帶來一股清新的氣息，不過，這也將為台灣前一波的「造神運動」畫下句點。
