一九九九年二月，李登輝出人意料之外的任命具有爭議性格的國安局長殷宗文接替丁懋時出任國安會祕書長。
丁懋時無實質決策權力
殷稱病住院，對相關職務安排，按往例應由總統府祕書長黃昆輝或首席副祕書長胡為真暫代。然而李登輝幾經考量，卻指派前國安會祕書長、現任總統府資政丁懋時重作馮婦暫代國安會祕書長，以維持國安會業務得以恆常運作。李選任丁暫代國安會祕書長，理由雖是丁曾任該職，對國安會業務的處理自然能得心應手。
但事實是否如此？值得商榷。
殷宗文的任事風格與丁懋時迥異，故而丁暫代的國安會祕書長職務，至多是代殷處理相關的行政業務。至於重大決策，以丁的個性絕不會越俎代庖。一則具體的事例為，一九九五年五月李登輝的訪美，時任國安會祕書長的丁懋時曾表示反對之意；而時任外交部長的錢復，也多次呈文表達反對意見。可是李登輝展示堅持的態度，令丁、錢頗有挫折感。爾後李為示疏通之意，特召丁、錢二人說明，結果李在錢復面前，說了丁懋時一頓，丁深知李態度已決，婉勸錢復不必申辯，此事則由丁獨力承擔，以免府、部不和引發外界議論。由此可看出丁懋時處事態度。故而丁暫代國安會祕書長，除非李有重大決策交由丁規畫、執行；否則以丁個性而言，絕不會逾越本分做出令外界震撼的決策。
殷宗文聖眷日隆 宋心濂莫可奈何
相對於丁懋時而言，殷的處事向來是勇於任事。如殷當年由澎防部司令調任軍情局長，原先郝柏村屬意的對象是羅文山；然而羅的老太爺羅友倫對此人事有意見，於是郝轉向殷徵詢出任軍情局長的意願，殷考慮幾天，同意郝的派令後，殷接替黃世忠出任軍情局長。在擔任軍情局長期間，殷確實整頓軍情局不少事務，而為李登輝賞識。
殷軍情局長任滿後內調國安局副局長兼執行官，任內因李登輝與時任國安局長宋心濂關係發生變化；李指示殷直接越過宋心濂，向李報告國安局業務。為此殷雖躊躇許久，但還是屈從李的指示，越過宋直接向李報告業務。此事宋心濂知悉，相當震怒。尤其是在宋得知李有意提拔殷出任國安局長後，為殷退役和晉升上將問題，府、局之間搞得相當不愉快；為此宋還當面向蔣仲苓表達內心的不滿。待宋、殷交接國安局長時，宋仍意有所指的諷刺殷。無奈殷宗文當時聖眷正隆，宋心濂對他也莫可奈何。
殷宗文升任國安局長不久，首先對宋心濂多位親信部屬如總務人員及辦公室人員進行整頓，接著引進不少澎防部的舊屬出任要職，於一年期間就完成國安局的人事部署。
其實殷宗文在擔任國安局長期間介入政治事務之深，僅次於宋心濂。如一九九年二、三月間台海危機發生時，殷宗文與時任副參謀總長唐飛之間，即因「情資」運用問題，當著連戰的面有所爭執；若非連戰打圓場，殷、唐之間能否共事？頗有問題。
殷宗文與國防部長擦肩而過
台海危機結束後，時任國防部長蔣仲苓、參謀總長羅本立二人均萌生退意，結果是羅先退，改由唐飛升任參謀總長。在唐擔任參謀總長期間，由於蔣仲苓不堪部務繁劇，有意推薦殷宗文由國安局長轉任國防部長。為此殷也表示當仁不讓之意，對外談論治軍理念，詎料卻引起軍系的議論。由於殷於軍系最高歷練的職務，僅是軍級單位的澎防部司令；爾後脫離作戰指揮系統轉往情治系統發展，時間十一年，對軍系發展已難掌握。何況殷以情治龍頭入主國防部，對特務領軍的形象傷害很大；於是經軍系的運作，使殷與國防部長職位擦肩而過，令殷相當尷尬。
軍系斷絕殷回任國防部長之路，而殷擔任國安局長亦長達七年，在出路難以安排的狀況下，李登輝為示倚重之意，將殷調升為國安會祕書長。對於殷的任命，乃是國安會創立以來，前所未有的特例。只不過在殷任命發布的同時，殷的肺部腫瘤也逐漸擴散，即將成為不治之疾。
殷宗文轉任國安會祕書長，名義上負責外交與大陸政策的制定，其實殷對情治系統的掌控並未忘懷。如殷於辭卸國安局長前夕，一手主導國安局內部人事調整，一至四處的處長幾乎全遭更換；而主祕韓●、電訊室主任黃磊雙雙調升國安局副局長，首席執行官胡為真調任國安會副祕書長，另一位副局長蔡朝明則外放駐美特派，顯示殷於去職前夕頻頻調動人事，事態頗不尋常。
而殷入主國安會，囿於個人語文程度不行，故而找外交系統出身的胡為真調任國安會副祕書長，另指派擁有美國戰爭學院學歷的三軍大學戰研所所長劉湘濱出任祕書處主任，以彌補殷語文能力的不足。從殷對國安會人事布局的掌控，顯示殷入主國安會欲思有所作為。
連戰對殷宗文任事風格另有一番體會
一則具體的事例為，殷為解決國安會有將無兵的窘境，有意研修組織法成立研究處，與相關業務協調部門，以強化國安會政治決策功能，由此顯示殷想將國安會由諮詢幕僚機構，提升為戰略決策機構，以主導決策的執行。如經援科索沃三億美元和特殊的兩國論，幾乎均在殷的主持下定案；表現出殷宗文勇於任事的風格，令人深感震駭。
以經援科索沃三億美元而言，原先國安會幕僚規畫的版本，與事後公布的數據落差很大；為此該位幕僚承受極大壓力，連行政院、外交部對國安會大手筆支出，均不敢多所質問，只有私下請教該位幕僚規畫的數據究竟從何而來？令該位幕僚相當尷尬。
再者，以特殊的兩國論而言，在制定該項政策前，副總統連戰、外交部、國防部與陸委會事先都不知情，直到公布後，連戰、胡志強、唐飛與蘇起等人，才知悉該案的內容，令連戰等人對於殷勇於任事風格頗有另一番的體認。
事實上，特殊的兩國論，在殷宗文主導下定案後，殷預料到美國與中共的反應。為此殷曾有意訪美，以化解美國的疑慮。不料殷有意訪美，卻遭美國拒絕，使殷的構想在得不到美國支持下，能否實行？頗有問題。
從上述幾項實例觀察顯示，殷宗文是位頗有創見的情治首長，在他擔任國安會祕書長不到九個月時間內，連續提出幾項令外界震驚的決策，絕不能說是殷宗文發奇想。相反的，殷所提出的構想，全然是殷經與李登輝交換意見後，才進行幕僚規畫作業。尤其是殷多次熟讀李登輝言談集，對李的想法較多數人更有深層的了解，故而殷所提出的構想並非是奇想。只不過殷係情治首長出身，過分注重制定決策隱祕性及戰略性的結果，引起外界的不諒解或關切也是必然的。
