BA.5疫情雖已趨緩，但國內卻驗出新型變異株本土個案，BF.7和XBB各一例，分別為60多歲女性及40多歲男性，皆為國內首起本土病例。醫療應變組副組長羅一鈞表示，XBB個案為北部40多歲男性，接種3劑疫苗，沒有接觸國外返台人士，8/30曾確診，10/15有出現發燒、咳嗽、流鼻水，10/17快篩陽性，就醫經醫師評估為重複感染通報確診，沒有境外接觸史，所以判為社區感染。
至於BF.7本土個案則是南部60多歲女性，接種3劑疫苗，10/19因症就醫，PCR陽性確診，經定序確認為BF.7。羅一鈞指出，目前至少有35個國家驗出，XBB為BA.2的重組變異株，重複感染機率可能增加，但重症率並沒有提高。
(原文刊載於2022/10/17，更新時間為2022/10/31)
對於新變異株出現，醫療應變組副組長羅一鈞日前曾表示，目前新興變異株都是輕症個案，應注意3個方向，包括：病毒傳播力增加，以及免疫逃脫導致疫苗保護力下降，目前單株抗體看來預防效果下降，國際上也持續研發新的單株抗體才能因應。
羅一鈞表示，3大變異株流行的區域都不一樣，BF.7集中在中國和歐洲，BQ.1.1則是歐美，XBB主要在東南亞、新加坡、孟加拉等地出現。預防方法就是把疫苗打好打滿，目前次世代疫苗就是針對Omicron病毒株所設計，對這些新興變異株多少有些交叉保護效果。
羅一鈞日前(10/14)曾表示，不論是那一種變異株，都是Omicron的其中一種，症狀為咳嗽、喉嚨痛、流鼻水、發燒這4大常見呼吸道症狀。少數個案會有嗅味覺改變的情形，跟先前的 Alpha、Delta 相比還是少之又少。
根據TVBS報導，有專家認為，這些突變的病毒仍屬於Omicron，症狀也都以上呼吸道為主，至於之前感染BF.7的個案出現聽力喪失，這是零星個案。儘管病徵表現差異不大，未來的觀察重點，要看有沒有新的變異株對藥物出現抗藥性。
高端疫苗爭議，指揮中心6點澄清
此外，對於有關外界針對疫苗採購公文保存、合約保密及價格等疑問，指揮中心6點澄清如下：
一、「保存年限」係指辦理 COVID-19疫苗採購相關公文之保存年限，考量該等採購公文重大性，故將公文「保存年限」最長者訂為30年，未滿30年不得銷毀，並非解密年限。其中公文應以「密件」為之，係指公文處理、傳送過程應採取之保護措施。
二、「保密期限」係指疫苗採購合約內容屬商業上承諾之應保密事項，與各廠商契約之應保密期間長短不同，契約保密年限屆滿後，即可對外公布合約內容。
三、衛生福利部薛瑞元部長已於今(2022)年10月6日立法院財政委員會中，向立法委員說明各疫苗廠商同意於國會揭露各該疫苗合約之保密年限。
四、外界推測高端疫苗採購單價，皆為不實推估，數字本身錯誤，亦無所謂價差之情事，又因本案與高端公司簽訂保密合約，保密期限過後，即可公開相關資訊。
五、另有關高端疫苗交貨延遲罰款一事，皆依據採購契約規定辦理。除逾期部分計罰每日逾期違約金，另廠商逾期30日以上仍未能履約之計罰，已於今年3月24日驗收完成時，依契約規定計罰，絕無不法之情事。
六、指揮中心重申，政府採購疫苗係以是否符合國人健康利益為優先考量，COVID-19疫苗區分為腺病毒疫苗、mRNA疫苗及次單元疫苗，各款疫苗性質不同，高端疫苗屬於次單元疫苗，特性是副作用小，故採購高端疫苗提供民眾多元選擇。針對日本未將高端疫苗列為入境許可名單一事，民眾接種不同COVID-19疫苗考量因素各異，出國與否非唯一考量，相關政府部門也會持續與日方協商溝通。
