先前長榮完整接種2劑疫苗的機師（案16066）仍遭感染新冠病毒，屬於突破性感染；指揮中心公布其病毒定序結果，確定該機師中鏢的是印度Delta變種病毒，相關接觸者已全數PCR採檢完畢，結果皆為陰性。
今（3）日驚傳，長榮又有兩名接種完兩劑疫苗的國籍機師，從澳洲返台後確診。
對此因應，邊際管制指揮中心遂宣布9月15日零時起（航班抵台時間）實施：
1.長程航班（入境旅遊疫情第三級地區）機組員
- 未完整接種疫苗者：7天居檢（PCR採陰）+7天加強自主健康管理+D10、D14 PCR採檢（得採深喉唾液或鼻咽拭子）。
- 完整接種者（完整接種疫苗達兩週且抗體檢測陽性者）：5天居檢（PCR採陰）+9天加強自主健康管理+D9、D14 PCR採檢（得採深喉唾液或鼻咽拭子）。
2.短程航班(當班往返且未入境第三地)機組員
- 未完整接種疫苗者：14天加強自主健康管理+每7天PCR採檢（得採深喉唾液）。
- 完整接種疫苗者（完整接種疫苗達兩週且抗體檢測陽性者）：7天一般自主健康管理+每7天PCR採檢（得採深喉唾液）。
根據《聯合報》報導指出，兩名「國籍機師」8月底同飛澳洲布里斯本，之前也飛芝加哥，該次航線完畢後，返國被篩檢出來染疫；2位機師，皆已皆種兩劑疫苗。消息一出，已讓機組員人心惶惶。
根據知情人士說明，正機長中間會休息，位置會交換坐，也就是說，坐個該位子的人都確診，「右邊副機長都是陰性，可見可能有一位已經身上帶有病毒」。
對此，長榮航空則表示，疫情相關的消息，皆會以指揮中心說明為主。
