一六年，在時任行政院長張善政、台南市長賴清德推動下，余幸司與時任國衛院感染症與疫苗研究所長廖經倫、主任祕書江宏哲，及一五年在台南有防疫成功經驗的蘇益仁等人，共同策畫在國衛院下設新單位「國家蚊媒傳染病防治研究中心」（下稱蚊媒中心）。
前衛生署疾病管制局長、一五年臨危受命擔任台南市登革熱防疫總顧問的蘇益仁教授回憶，「那時候台南市情勢非常嚴峻，九月每天病例數都是一、兩百個，而且這些人全都需要住院。」過去擁有SARS、腸病毒、H1N1防疫經驗，當時剛接下總顧問一職的蘇益仁形容，他從來沒有想過挑戰「會這麼大」。而一二年從高雄醫學大學校長退下來的余幸司，隔年六十七歲之際接下國衛院代理院長一職，他原打算做六到八個月，想不到一做就長達四年。
國家級戰略滅蚊 「一通電話」串聯各領域專家
「過去研究者都是個體戶，現在是透過行政院的幫助，我們是用國家級的戰略做規畫。」當時接下蚊媒中心計畫主持人的余幸司，言談中透露出對國家政策的關心，他也表示當時為了開會，每天往返竹南、台北，「跑來跑去，差點弄到坐骨神經痛。」而身為代理院長的他，也需要常常跑立法院向立法委員報告蚊媒中心最新發展。
而余幸司雖然不是登革熱專家，但擁有豐富看診經驗的他，將長年觀察病人的學問用在處理行政上，「過去我在日本看診時，很多老人家不好意思說很痛，所以你要從他的表情、一舉一動中，知道他的病情是怎樣。」
余幸司擔下了穿針引線、與中央政府溝通的工作。包括台大流行病學與預防醫學研究所教授金傳春、資訊專長的研究員林培生、中興大學昆蟲系系主任杜武俊，以及蚊媒中心主任廖經倫等人，分別擔起各個不同領域的專家角色，余幸司表示：「這些人都是一時之選，每個人也都覺得這是他們發揮一生長才的機會。」接下蚊媒中心總召集人的蘇益仁也笑說，中心不少專家「都是被我們一通電話抓進來。」
最後在余幸司等人的奔走下，中央行政資源順利到位，蚊媒中心在四月火速於高雄、台南兩地揭牌，國衛院正式開始以「智庫專家」的身分協助地方政府消滅病媒蚊。
在蚊媒中心負責臨床研究、高雄醫學大學熱帶醫學研究中心主任陳彥旭也觀察，余幸司當時「對於科技防疫相當有遠見，並且成功整合地方與中央。」余幸司則謙虛地表示：「其實台灣不管技術還是零件人才都有，只是過去沒有統合的計畫，無法解決問題。」他強調防疫的成功「是團隊的功勞」，並且也得到地方政府很多的幫忙。
終於經過國衛院與台南、高雄兩個地方政府的努力，一六年在GIS系統上線、地方政府加聘人力測量誘卵桶，以及海豹部隊等幫助下，當年登革熱確定病例比一五年驟減逾九成。陳彥旭也分析，包括「檢驗試劑下放到診所、境外海關嚴格檢查及衛生教育」等多管齊下的防疫措施，其實也同時發生效果。
鎖定無人機噴藥監測 有信心南台灣不再爆發大流行
而這個模式為何會成功，身為蚊媒中心建立海豹部隊的「發起者」，以及建立GIS系統的協助者、台灣醫學之父杜聰明孫子的杜武俊，就點出「除了策略方法外，最重要的是落實，這點肯定高雄與台南防疫落實很到位。」杜武俊也樂觀表示：「只要這套系統持續保持運作，很有信心南台灣不會再爆發大流行。」
而早在一六年，就替蚊媒中心擘畫好未來的余幸司，也對未來產業的南向發展充滿信心，「無人機噴藥、監測，這些都可以是南向防疫產業。」不過他也認為，這次計畫對台灣最重要的啟示，是能不能把這次成功複製到其他案例上，「我們過去都在做幾千萬元的調查計畫，而這次一年花了兩到三億元建立了一個新模式。」在余幸司眼中，一場防疫作戰，看到台灣厚實的科技研究實力，從中也看到台灣充滿希望的前景。
余幸司
出生：1946 年
經歷： 高雄醫學大學校長、國家衛生研究院代理院長、國家蚊媒傳染病防治研究中心計畫主持人
學歷： 高雄醫學院醫學系醫學士、日本東京大學醫學部醫學博士
