李登輝提出兩國論的用意，外界有許多解讀，其中，黨政高層官員的說法最耐人尋味。
李總統真正的用意，是確立台灣未來十年發展的基調，正如蔣經國過世之前，明確宣示「解嚴」，訂下隨後長達十年不斷的民主改革方向一般；李登輝的兩國論，確立了未來台灣與中國政治談判的基調，任誰主政，都不能擺脫這個既定的範疇。
對政治人物來說，安排接班人以確定自己的路線，雖然是交班時必然的做法，但是時事的變遷太大，想必蔣經國也未能料到自己欽定的接班人，在兩岸關係的發展上，會走出與他完全不同的路線。
李登輝雖然堅定支持連戰，卻沒有把握自己的路線一定會百分之百地被堅持，更何況，萬一宋楚瑜或是陳水扁當選，「李登輝路線」恐怕會有遭到清算的可能。此時唯一的辦法，只有明確宣示談判的底線，把台灣人民心底最深處、最不敢講的話給說出來，使得將來不論誰擔任總統，在兩岸談判時都得從「兩國論」開始，如此，李登輝的歷史地位自然確保。
從這個角度來看，所謂利用「中美關係矛盾」、「擠壓宋楚瑜、協助連戰勝選」、「對抗中共以提高國民黨得票率」、甚至「一時衝動」等說法，都只是旁枝末節的戰術考量。
如果要說不同之處，蔣經國在晚年確立台灣解嚴的政策，的確滿足了台灣絕大多數人民隱藏許久的期盼；而李登輝的兩國論，雖然也說出台灣人民的心聲，但是面對的卻不是台灣內部單純的問題，反而激怒了數以億計反對台獨的中國人民，把台灣的前途推向更不確定的未來。
如果「兩國論」是江澤民下台前的宣示，那就完美了。
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