胃食道逆流並非單一疾病，有人屬於糜爛性食道炎，也有人是「假性」逆流。
唯有透過更詳細的檢查，才能進一步查明病因、制定合適的治療方案。
很多人都有胃食道逆流的經驗，經調整飲食作息，症狀仍未見好轉，甚至更頻繁發作時，醫師會建議安排胃鏡檢查。
台大醫院內視鏡光學診斷暨治療中心主任曾屏輝解釋，食道癌、胃癌的臨床症狀與胃食道逆流近似，透過胃鏡檢查，醫師可觀察病人的食道黏膜或胃黏膜是否有發炎、潰瘍、息肉、甚至癌變，另外也能確認胃食道逆流是否已出現併發症，如糜爛性食道炎、食道裂孔疝氣、巴瑞特氏食道等問題。
然而，有些病人明顯感受到不適，做了胃鏡檢查卻沒發現異常，或患有嚴重胃食道逆流、糜爛性食道炎等，經藥物治療半年至一年仍沒改善，這時會建議安排「食道功能檢查」，進一步查明原因。
造成胃食道逆流症的原因很複雜，其中，食道結構異常或蠕動功能低下是關鍵因素之一。
曾屏輝說明，食道是一條由肌肉組成、長度約二十至二十五公分的中空通道，在最尾端與胃相接處的賁門，有一條下食道括約肌，確保胃酸不會逆流至食道裡，當下食道括約肌無法放鬆，食物會堆積在食道下不去，也可能出現類似胃食道逆流的症狀。高解析度食道壓力檢查就是藉由偵測食道蠕動功能狀態下的壓力圖形，確認括約肌是否正常運作。
「檢查時，醫師會將一根量測食道壓力及阻抗的細管放入鼻腔並向下探入食道，緊接著注入小量（五c.c.）食鹽水至口腔，請受檢者吞下去，共十次。」曾屏輝表示，此檢查不能麻醉，因病人必須配合醫師指示做吞嚥動作，當下透過電腦軟體分析就能得知食道、上下食道括約肌收縮力量有無異常。
食道酸鹼值檢測則是分辨「真假逆流」的重要工具，原理是透過持續性的監測，獲得「食道暴露胃酸時間百分比」、「逆流次數」及「症狀相關性」三項重要數據。
曾屏輝說明，三項數據的判斷標準分別是：病人食道暴露胃酸時間超過四％即屬異常；一天之內逆流超過八十次即可確診胃食道逆流，四十到八十次為疑似，未達四十次則可排除；症狀相關性，則是由機器測得的胃食道逆流時間與病人自行記錄症狀發作時間對照，確認兩者是否相關。
食道酸鹼值檢測有兩種。二十四小時食道酸鹼度併阻抗檢測（以下稱酸鹼阻抗檢測），醫師會將一條非常細小的導管，經鼻腔將管線置放於胃食道接口上方五公分處，定位後，將導管連接到一台手掌大小的儀器，隔天回醫院取出管線，下載資料分析。
另一種監測為時間長達九十六小時的無線食道酸鹼膠囊（以下稱無線酸鹼），醫師在無痛麻醉下將酸鹼測定膠囊固定於胃食道接口上方六公分處的食道黏膜上，透過無線傳輸，傳送酸鹼偵測資料到體外的接受器中，一周後，膠囊會自行隨糞便排出。
酸鹼阻抗檢測不僅能監測逆流物的酸鹼度，還能判斷逆流物成分是液體或氣體，以及逆流高度與次數；無線酸鹼則只能監測逆流物的酸鹼度，無法得知逆流高度，由於測定膠囊含有金屬成分，病人檢查結束後一個月內不宜接受核磁共振檢查。
檢測的適用對象略有不同，經胃鏡檢查發現糜爛性食道炎且藥物治療效果不理想的病人，建議接受酸鹼阻抗檢測；胃鏡檢查下無發現異常者可使用無線酸鹼，透過長時間監測是否真逆流的現象。
不論採哪一種檢查，病人都須記錄胃食道逆流症狀。當感覺不舒服時可以按機器上的按鈕，隨時記錄出現不適症狀的時間點，並搭配日誌記錄吃飯、睡覺時間，讓醫師能夠得知症狀和逆流關聯性。
病人在進行食道酸鹼值檢測是否該停用胃藥？曾屏輝表示，若病人從未經過詳細檢查就被診斷為胃食道逆流或吃胃藥仍無法改善，會建議暫停兩周胃藥再做檢測。反之，若病人胃鏡檢查發現糜爛性食道炎B級以上，藥物治療仍無法緩解，則建議繼續使用質子幫浦抑制劑，再搭配酸鹼阻抗檢測，透過阻抗感應器，得知逆流的次數及症狀關聯性。
