胃食道逆流並非單一疾病，有人屬於糜爛性食道炎，也有人是「假性」逆流。
唯有透過更詳細的檢查，才能進一步查明病因、制定合適的治療方案。
很多人都有胃食道逆流的經驗，經調整飲食作息，症狀仍未見好轉，甚至更頻繁發作時，醫師會建議安排胃鏡檢查。
台大醫院內視鏡光學診斷暨治療中心主任曾屏輝解釋，食道癌、胃癌的臨床症狀與胃食道逆流近似，透過胃鏡檢查，醫師可觀察病人的食道黏膜或胃黏膜是否有發炎、潰瘍、息肉、甚至癌變，另外也能確認胃食道逆流是否已出現併發症，如糜爛性食道炎、食道裂孔疝氣、巴瑞特氏食道等問題。
然而，有些病人明顯感受到不適，做了胃鏡檢查卻沒發現異常，或患有嚴重胃食道逆流、糜爛性食道炎等，經藥物治療半年至一年仍沒改善，這時會建議安排「食道功能檢查」，進一步查明原因。
