台北地檢署偵辦京華城容積弊案，北檢質疑柯仍是黨主席，恐有與其他證人串證可能，二度提出抗告，讓柯文哲決定要請辭黨主席。民眾黨於2025年1月1日下午15時於中央黨部台玻大樓召開擴大中央委員會議，柯文哲本人親自主持會議，並且處理自己的主席請辭案。
據指出，該場擴大中央委員會議中，柯文哲請辭後，在場15名中央委員按照民眾黨黨章第16條規定，推舉代理主席 2人黃國昌、林富男，而林富男主動表達退出選舉後，黃國昌獲得除自己外14名委員一致推薦，接任代理黨主席。
柯文哲表示，「我非常清楚，我不是那種圖利、貪污、會做違法事情的人」，但為什麼會鬧的風風雨雨，一定有需要檢討的地方。
至於有些輿論分析，柯文哲辭黨主席恐將掀起退黨潮，柯文哲則是多次在影片中拜託，「請大家支持民眾黨，特別是支持柯文哲的人！」
北檢日前擔憂，柯文哲身為民眾黨黨主席，要處理黨務又會接觸到相關證人，如何確保不會有勾串之可能？民眾黨則是認為，北檢9月起不讓柯文哲請辭黨主席，現在又以柯文哲「有實質影響力」要繼續羈押柯文哲，柯文哲已公開允諾會辭去黨主席職務，北檢如此擔心柯文哲與證人串證翻供，就是對自己耗盡心力查4個月所寫的起訴書沒有信心。
民眾黨1日召開擴大中央委員會議，據了解，柯文哲請辭後，在場委員按照民眾黨黨章第16條規定，推舉黃國昌擔任代理黨主席。中央委員、台中市議員江和樹會後受訪時證實，柯文哲拒絕轉任榮譽黨主席，民眾黨只能接受這個決定，陪伴柯文哲面對司法攻防。
江和樹也透露，會議中可說是全場大哭，大家話都沒有辦法好好講話，因為柯文哲不只是黨主席，也是大家的家人跟阿北。接任的黃國昌的壓力很大，現在黨主席不好接，但是還是要勇敢面對，畢竟他是目前唯一沒有涉入案件的人。
根據民眾黨章第16條規定，「黨主席請辭或因故無法執行職權時，由中央委員互推一人代理之。如所餘任期超過1年，應於出缺後6個月內完成補選，其任期至原黨主席之任期屆滿之日」。
5年前創辦民眾黨的柯文哲，則是在民眾黨會議後以影片方式向支持者訴說這四個月以來的心情，以及推薦黃國昌擔任代理黨主席。
▲ 柯文哲透過影片方式向支持者報告決定。圖／民眾黨提供
盼新任黨主席在2/1前後底定 推薦黃國昌任代理黨主席
柯文哲在中央委員會後以影片指出，今天開中央委員會，是因為他不想讓個人冗長的司法程序，干擾民眾黨發展，讓黨被拖累，民眾黨是台灣重要政治力量，他對民眾黨有責任，絕對不會因為個人因素，讓民眾黨發展受到阻礙。
所以他已經向中央委員會正式請辭，也謝謝中央委員支持他請辭的理由，並推出代理黨主席，未來也會盡快辦理主席補選。
今年是民眾黨的選舉年，柯文哲希望可以在今年2/1新的中央委員上任前後，黨主席人選也可以在2/1前後底定，讓新的黨主席和新的中央委員會帶領民眾黨向前進。
柯文哲說，他個人推薦黃國昌擔任代理黨主席，黃國昌的政治經驗和能力，有目共睹，應該可以在這段時間代理黨主席做得很好。當然，最後任何人都可以出來選黨主席，爭取黨員支持，就是訴諸民主機制。
黃國昌則表示，過去四個月全黨團結一致，未來全黨仍會上下一心，攜手一起往前走，實現柯文哲主席對台灣的願景，同時他也宣布，全體黨務主管留任之外，明天上午召開第一次晨會，進行工作會議。
▲ 柯文哲推薦黃國昌擔任代理黨主席，圖為元旦的會議出席人員合影。圖／民眾黨提供
▲ 柯文哲個人推薦黃國昌擔任民眾黨代理黨主席，圖為柯文哲尚未被羈押前與黃國昌和黨公職召開記者會自清。圖／資料照
辭黨主席恐掀退黨潮？柯文哲盼支持民眾黨
對於有評論認為，柯文哲辭黨主席恐將掀起黨員退黨潮，柯文哲則是在影片中多次強調，雖然他辭去黨主席，但他還是民眾黨的終身黨員和終身志工，在這邊要拜託，請大家支持民眾黨，特別是支持柯文哲的人，「支持我的人千萬不要退黨」。
▲ 柯文哲呼籲，支持柯文哲的人，千萬不要退黨。圖／民眾黨提供
柯文哲：我不是那種圖利、貪污、會做違法事情的人
柯文哲透露，在土城看守所裡面很多年輕人都會偷偷跟他說「阿北加油」。他也感謝在看守所外面舉牌的支持者，謝謝支持者，讓他有力量撐過最困難的時候。
最後他感謝上蒼給他這個機會，給他停下來，檢視自已的人生，有需要改善的地方，「我非常清楚，我不是那種圖利、貪污、會做違法事情的人」，但為什麼會鬧的風風雨雨，一定有需要檢討的地方。
柯表示，他沒有放棄，也請支持他的人千萬不要退黨，請大家相信正面的力量。
民眾黨指出，柯文哲主席在中央委員，及黨公職陪伴下，逐一握手離開黨部，在驅車離開黨部之前，柯文哲也特別對在寒風中前來支持的民眾致意。
▲ 柯文哲說，「我非常清楚，我不是那種圖利、貪污、會做違法事情的人」。圖／民眾黨提供
時代力量呼籲黃國昌向柯文哲追討政治獻金、停權退黨
對於前黨主席黃國昌擔任民眾黨代理黨主席，時代力量發出聲明，呼籲黃國昌將柯文哲移送到民眾黨的中評會，並比照被停權的民眾黨新竹市長高虹安予以停權、退黨處分，並代表民眾黨向柯文哲追討遭其侵佔的政治獻金。
時力指出，首先，期許黃國昌代理主席，做到自己所說的「如果柯文哲拿了他不該拿的錢，我一定第一個跳出來批判他」，而不是從8月到現在，第一個跳出來護航，護航到順利當上代理主席，仍對自己的雙重標準視而不見。
最後，時力向黃國昌喊話，請黃代理主席不要忘記，柯文哲競選總統政治獻金高達數千萬的錯假帳，從8月至今還沒有完結，請給社會一個完整的說明和交代。
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