我國專利舉發採「四級四審」，智慧局因行政訴訟常列被告，光去年就出庭至少八十次。即使去年有意改變制度，但在產業、法界挑戰及內部人力考量，迄今仍無法完成修法。
大立光、先進光專利訴訟纏訟十年，最終和解，但這期間，連作為國內專利主管機關的經濟部智慧財產局（簡稱智慧局）也「公親變事主」，被大立光列為被告。
事實上，智慧局挨告並不偶然。光去年的三六○件專利舉發案，就有近四分之一進入行政訴訟，也代表智慧局至少列為被告出庭八十次。
為何身為主管機關的智慧局頻頻挨告？這和我國專利爭議制度的設計有關。
台灣專利爭議處理，分為專利民事事件及專利舉發案件兩類。前者指專利權人向智慧財產法院提起民事侵權訴訟；後者則是舉發人向智慧局舉發，擁有專利的專利權人是否有效，也是讓智慧局頻列被告的類型。
先訴願後訴訟 智慧局變被告
現行專利舉發程序採「四級四審」，舉發人先向智慧局提出專利舉發，由局處審查後審定；若不服審定結果，則向經濟部提訴願；若仍不服結果，則可向智慧財產法院提出行政訴訟，並由智慧局列為被告；最後可上訴至最高行政法院定奪。整套流程設計，被認為曠日廢時。
不只如此，智慧局專利三組組長林希彥說明，當舉發案進入行政訴訟，反讓智慧局列為被告，當事人卻不用出庭，導致判決過程出現隔閡；過去就曾發生訴訟過程出現新事證，讓智慧局決定推翻原行政處分，讓原本同陣線的當事人納悶，「智慧局怎麼忽然倒戈？」
除了智慧局無辜變被告，產業界也希望簡併舉發程序，讓過程更快速。
全國工業總會早在二○一三年工總白皮書中建議，「四級四審」專利舉發制曠日廢時，應比照美國、日本專利制度，將智慧局行政處分及訴願簡併為「三級三審」。
