我國健保資料庫扮演關鍵防疫角色，過去貢獻六千多篇國際醫療研究，被視為救命資料庫，人權團體則認為，政府蒐集資料、不讓民眾退出，損害資訊自主權，有違憲之虞。
四月二十六日，憲法法庭針對健保資料庫資料，能否在去識別化後提供學術研究的釋憲聲請案，召開言詞辯論庭。釋憲聲請方台灣人權促進會主張，衛福部大規模蒐集民眾資料，有連結外部風險，並限制民眾退出權，侵害資料自主權。衛福部分析，台灣防疫成功關鍵，即在善用健保資料庫與移民等資料的串聯，若大法官宣告學術使用資料庫違憲，讓民眾退出資料庫，恐發生取樣偏誤，傷害公益目的。
台權會前祕書長蔡季勳等人主張，民眾就醫的健保資料長期在未經當事人同意下，被衛福部提供外部單位進行學術研究，有民眾想退出研究卻遭拒絕，形同強制無條件貢獻資料供「目的外利用」，無法保障公民資訊隱私不受侵害。
答辯方衛福部認為，健保個資供學術研究使用具有正當性，且衛福部採取的去識別化加密措施及防止資料外洩之保護措施，已盡最大保護可能且使個人資料無恣意受侵害之疑慮，符合最小侵害性原則；即使認為現行法律規範仍有不足，仍應由立法者衡酌決定處理方式，而非逕行宣告違憲。
整起釋憲案的爭執點「全民健康保險研究資料庫」，是中央健保局（現中央健保署）認為，納保率達九九％以上的健保資料，對醫藥衛生相關研究領域是具代表性的珍貴實證資料，因此在一九九八年委託國家衛生研究院建置資料庫。資料庫在二○○○年上線後，國衛院就開放學術界申請資料從事研究，所有資料都會經加密、去識別化處理。
資料對國內外醫療確有貢獻
開放退出權恐致破窗效應
目前，健保資料庫累計八．五億筆資料，引用資料庫數據撰寫而成的國際學術期刊已有六五五○篇，均屬於SCI期刊，例如一三年，由中國醫藥大學公共衛生學系副教授陳培君所帶領的研究團隊，發現糖尿病與憂鬱症具雙向關係，將此研究作為我國糖尿病照護建議，後被美國糖尿病醫學協會引用作為美國照顧糖尿病患的指引。
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