合校一年以來，陽明交大傳出不少爭議，小從LOGO設計，大至人事任命，要如何帶領學校度過磨合期的陣痛，考驗校長林奇宏的領導能力。
二月十六日，國立陽明交通大學迎來合校後的第一個校慶，典禮的第一現場位於新竹光復校區，由校長林奇宏與宏碁集團創辦人施振榮等校友共同主持；他們身後的大螢幕上播放著舉行同樣儀式的陽明、宜蘭、台南校區即時畫面。四個現場連切蛋糕的時間都力求同步，符合林奇宏致詞時形容的：「以『融合』作為主軸……，展現校區間齊心共融又互相尊重的慶祝儀式。」
從人事、經費到校規
師生、校友都有意見
由國立交通大學與國立陽明大學兩校合併成立的陽明交大，二○二一年二月一日掛牌以來，運作上並非一帆風順，從校內人事任命、資源分配、校規文字、學生手冊設計，都曾觸動在校學生與畢業校友的敏感情緒，頻頻引發爭議。
「兩校原本的文化不同，要合而為一，當然必須經過磨合。」校慶前夕，林奇宏接受《今周刊》專訪時也坦言，合校一年來仍有許多挑戰尚待克服，他舉了個最淺顯的例子，合併前兩校的校規形式差異極大，受工程訓練的交大，習慣把每個步驟寫得明確仔細；醫學人為主的陽明則習慣面對不確定性，強調法規應有彈性。光是要制定一部新的校規，就要經過不斷討論。
事實上，早在二○年合校前，曾任陽明大學醫學院院長的邱文祥就曾憂心預測，兩校行政團隊在合併後只剩一組，屆時職務如何分配、由哪一校成員出任，勢必要有細膩安排；另外，他認為，合併後的校務基金與資源分配也像未爆彈，交大因師生規模較大，每年總預算較多，但設有醫學院的陽明生均經費較高，雙方都可能擔心合校後資源遭稀釋，若溝通不足，恐將引發爭議。
合併後，邱文祥的憂慮果然應驗。
