今年2月1日陽明交大合校至今近八個月，目前還在磨合期，日前因為陽明校區新生手冊封面將「交通」字樣縮小而引發爭議，儘管陽明學生會事後於臉書發表道歉聲明，並澄清絕無矮化交大校區之意，但戰火並沒有因此停下，反而引發更多大咖校友加入戰局。
富鑫創投集團董事長，同時也是交通大學電信60級的老校友邱羅火率先發難，在前幾天發出一封「致林奇宏校長的公開信」，內容提及有關陽明交大新生手冊封面，交通的字體只有陽明字體的四分之一，「站在校友立場，尤其做過交大校友會7年理事長及6年輔導理事長，我心裡非常憤怒！」
邱羅火在接受訪問時解釋：「我在發這封公開信前，就已經跟林奇宏反應過這件事，這樣的做法在包括我與其他交大校友的眼裡看起來，都讓我們非常不舒服。如果我是他，我聽到交大校友這樣反應，應該會說『這是學生思慮不周，會請學生改進』之類的話，但他卻只回我：『這是學生的創意，我們支持學生創意』，這樣的回應我實在無法接受，也因此才發了這封公開信。」
交大校友邱羅火發公開信 控陽明交大合校後爆五點亂象
除了引發爭議的新生手冊，邱羅火同時在公開信中詳列五點合校後的亂象。第一，校長任用其本人碩士班指導學生蔡金吾為研發長，掌控陽明交大兩校知名研究型大學的研發資源，而蔡金吾剛升等為正教授僅6個月，尚缺完整的行政歷練以及學術聲望，這樣用人唯親的態度，令人無法信服。
第二，校長上任半年，除編制內副校長（至多六位）、五長與主任秘書各一位之外，另擴權任命體制外三位校務長、兩位功能性副校長、一位策略長、一位法務長，另增設校區五長、一位校區主任秘書等合計13位，這非編制內主管執行公務的法源依據何在？有雙重馬車與人事浮濫的情形。
第三，剛成立的「創新學院」，本來是單純的一個學院，有一位院長，但現在卻任命「創新學院」總院長、共同總院長、榮譽總院長，還有兩位院長及兩位榮譽院長等七位院長，一個學院共任命七位院長，誤把大學當民間社團，不符合大學治理常規。
第四，最近又再任命一位所謂「功能性的副校長」，完全未經公開透明程序，這些體制外的頭銜及人事任命案可說毫無原則及脈絡可循，缺乏正當性與合理性。
第五，交大的管理學院及科法學院遷往台北校區已討論長達20年以上，台北校區的都更案是一個重要的發展契機，卻不見校方提出宏觀的規劃。
邱羅火對這五點亂象進一步解釋：「我沒有參加校務會議、詳情並不知。除了最後台北校區的規劃意見是我的建議外，其他人事任命及組織等事均是學校院長教授提供譔寫的。」
不過，以第五點的都更案來說，邱羅火表示這是自己對校方的期許，「交大台北校區那塊地未來可能有像是金管會、大型金融機構集團會進駐，有機會變身台北最高金融中心，我希望校方有更宏觀的規劃」。
事實上，除了邱羅火以外，在去年10月兩校併校前就曾於第1242期《今周刊》提出示警的前台北市副市長邱文祥，對於合校後引發的一連串爭端並不意外。
兩校背景、文化截然不同 邱文祥：領導人成關鍵
邱文祥指出：「因為我曾擔任過國立陽明大學醫學院長，深知此事之困難！」他在去年10月就準確的預言：「二間重量級國立大學合校雖立意良善，但執行起來並不簡單，一個校區在台北、一個校區在新竹，單單距離整合就是一個困難的問題。」
此外，邱文祥也分析，兩校的背景、文化截然不同，「醫學人才與科技人才的思維邏輯是很不同的，因此，必須要有極佳的領導人，才能度過這一個難關，否則後果不堪設想。」
邱文祥也透露，他就是在擔任臺北市衛生局長時，把林奇宏從陽明大學借調到臺北市立聯合醫院擔任教研部主任的關鍵人物，後來是邱文祥要緊急去擔任副市長拯救臺北花卉博覽會，在前臺北市長郝龍斌市長的同意下，破格任用了林奇宏，讓他三級跳成為臺北市衛生局局長。
「他在擔任了第一屆陽明交大校長不到一年的作為，讓我覺得很失望。」邱文祥說，他聽到很多兩所大學的校友及大老向自己抱怨，很多人說林奇宏並不尊重二所大學原來的人員及機制，短時間內拉黨結派，巧立了非常多任務型編組的高階主管。
邱文祥語重心長地說：「這種困難工作的領導人，一定要廣納衆議、排解紛爭、禮賢下士、態度柔軟，並全心做好溝通及管理。要不然交大跟陽明的合校，這麼重要的國家政策如果失敗，將是一個難以彌補的重大國家的損失。這並不是政策的錯誤，而是領導人的不適任。」講到這裡邱文祥深深地嘆了一口氣。
面對外界質疑 林奇宏回應：從不期望陽明交大只有一種聲音
國立陽明交通大學校長林奇宏面對外界質疑，也趁中秋節之際向陽明交大師生校友發了一封信，信中儘管沒有針對人事浮濫等指控做回應，但有提到：「不可諱言，因為所受訓練不同、溝通語言不同及工作場域不同，跨領域間也有不同的文化與理念差異；合校初期的陽明交大，必須迅速經歷這段磨合歷程。」
林奇宏在信中最後也強調：「歷史已經告訴我們，人才流動、文化碰撞時初期的衝突在所難免。但經過彼此融合、學習，這些衝突將會成為自我超越、開創新局的驅動力。」
「我從來不期望陽明交大只有一種共識、一種聲音、一種認同。合校過程中，我們學到異中求同；合校後，我們必須同行致遠，才能成為世界之光。」林奇宏這樣說明他對陽明交大的期許。
發公開信緩頰 莊人祥、施振榮籲：寬容面對磨合過程
不過，除了批評的聲浪，陽明、交大校友會及與陽明交大相關的思源、致遠基金會等單位，也聯名寄發致校友及母校教職員師生的信函，希望能化解大家的疑慮，共同完成陽明交大成為偉大大學的共同願景。
署名發出信函的包括：交大校友總會理事長郝挺、陽明校友總會理事長莊人祥、思源基金會董事長林嘉勳、致遠基金會董事長施振榮，以及喜馬拉雅計畫執行召集人林行憲。
郝挺等人在公開信中指出：「在磨合的初期，出現一些雜音是正常現象，諸如陽明交大學生會陽明分會製作的新生手冊事件，以及邱羅火校友的公開信，恐怕會造成二邊校友彼此誤解加深。」
這些共同署名的大咖校友也認為，發生這些事件是在磨合期無法排除的現象，但更重要的是，「大家要往前看、面對未來的挑戰，共同努力邁向偉大大學，才不負社會大眾、學校師生及校友們的期待。」
他們也為林奇宏緩頰表示：「校友的立場是以飲水思源、感恩圖報的心態來協助學校發展，並支持校長與行政團隊推動校務，長期以來校友都不會介入校務，只對學校策略發展方向提出建言，同時對產學共創的新機制挹注校友企業的新資源。對於校長與行政團隊的決策，建議應有相關論述來做說明，讓各界都能了解校方的想法及立場，但對於不同的意見，請校方多加了解、溝通及參考，但不必因而裹足不前。」
陽明交大合校具指標意義 背負多方期待
在信件的最後，多位大咖校友則表示：「社會大眾與校友都對陽明交大合校後有很高的期望，希望大家都能共同支持校方，師生也要面對磨合過程中的種種挑戰、團結一致，更需要大家寬容來面對磨合過程，才能共同成就未來，完成陽明交大成為偉大大學的共同願景。」
延伸閱讀：陽明交大合併倒數 四大問題還沒喬好
在高等教育全球競爭的態勢下，台灣校院整併是必然趨勢，社團法人翻轉教育與行動學習學會理事長李佳容分析：「台灣的高教談學校整併已經談很多年了，但是整併後的資源分配、學校領導階層的調整，教職員員額是否也會有些改變，這些都是學校在整併時會遇到的問題，也導致很多學校都有意願合併，但沒有付諸行動。」
對於陽明交大的案例，她認為終於有一校完成了這個「壯舉」，雖然過程中出現一些紛擾，也還有一些技術性的問題待解決，但兩校本身科系有互補性，「未來待這些問題解決，『國立陽明交通大學』應該會如預期更有競爭力，也可以成為為來學校整併參考的對象。」
