國內日前爆發本土案例，染疫者是照顧新冠肺炎患者的醫師與護理師，這起院內感染事件震驚社會，過往對於已知訊息通常會立即發布，不過當天中央流行疫情指揮中心卻沒有任何動作，直到隔天下午才對外證實，引發外界質疑不早點公布的原因；對此，今（14）日早上指揮官陳時中說明當時的緊急作業流程，更指出「當晚全院的人都沒睡覺，緊急召回關係接觸者採檢。」
陳時中今（14）上廣播節目《周玉蔻嗆新聞》時指出，指揮中心之所以選在隔天下午才公布院內感染一事，是因為除了滿足民眾知的權利之外，指揮中心也得要先查證才能公布，表示這件事是有先後順序的，「我們趕忙做疫調、訪查足跡、基本核對，並緊急加驗許多人」，就是為了讓感染不要擴大，這些都是當務之急。他形容，疫調過程就像新聞界一樣，接獲到訊息第一件事就是「查證」，並同時判斷事實的風險性，這次在多重作業下，同步做查證的作業，就需要多花一點時間。
針對染疫醫師是否有照著SOP流程走，陳時中表示，目前透過錄影畫面確認，確定該名醫師在負壓隔離病房中有配戴面罩、N95口罩，並直言「若防護衣都沒穿好，疫情早就破了！」至於為什麼醫師還會被感染？陳時中說，負壓隔離病房內，穿脫之間的風險相當高，當然不是碰到就一定會中，這與一定時間、一定接觸、防護適當與否有關。
此外，面對前衛生署長楊志良的指控，「媒體想報導相關資訊都被威嚇說要處罰，卻只有周玉蔻能一早就搶先透露資訊，還說得清清楚楚，結果記者一問陳時中，陳卻僅說：『對言論正確與否都要監控，錯誤訊息會予以更正。』根本就是雙標」，嗆陳時中好自為之！對此，陳時中面對媒體聯訪時回應，「我們一直都好自為之」，同時重申，台灣靠的就是SOP，長期嚴格的演練訓練，台灣防疫才能做得成功。
陳時中也提到變種病毒部分，他強調，我國已採取14天內曾有南非共和國或史瓦帝尼王國旅遊入境的旅客，含在當地轉機者，入境後一律入住集中檢疫所；而下周包括台商、海外華人陸續回國的處理方式，自1月15日起，從各國入境台灣者皆須以防疫旅館、集中檢疫為原則，選擇居家檢疫者，也須嚴守「一人一戶」規定。
至於是否要放寬病房出院，陳時中回應，根據科學證據與國內外研究調查，CT值要在大於/等於34（註：CT值-核酸檢測結果的循環閾值），病毒才無法傳播，目前國內證明CT值27以上只有1例，仍持續對CT值做兩層把關。
最後，陳時中呼籲，為了保持醫療量能，醫院本身就是高風險環境，希望民眾減少不必要的住院；面對散播不實疫情訊息，會對社會造成不良的影響，希望大家自律跟配合，防治法列有最高300萬的罰鍰，為了秉持讓民眾知的權利，相關訊息希望仍以中央流行疫情指揮中心為主。
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